Miesięczne uposażenie trzydziestu pięciu koron nie było kwotą rewelacyjną. Nie to jednak było najtrudniejsze. Józefowi brakowało kontaktu z klerykami na wykładach. Brak ten starał się nadrabiać, co zresztą było jego zadaniem, szukaniem osobistych kontaktów z młodymi adeptami do kapłaństwa. Spacery w ogrodzie, wspólne przechadzki w okolice Przemyśla, stwarzały ku temu wielkie możliwości. Młody prefekt szybko poznał problemy swoich podopiecznych i w czasie konferencji służył radą profesorom i rektorowi. Z czasem zdobył sobie miano znawcy serc i dusz młodych kleryków i liczono się z jego zdaniem.
Czas wykładów wyciszał seminaryjne korytarze, stwarzał czas dla Józefa do osobistej modlitwy w kaplicy, ale także pomagał, a nawet obligował do podjęcia pracy naukowej. Najpierw zaczął porządkować rękopis Życia duchowego - dzieła, które powstawało w zamyśle podczas pierwszego pobytu w Samborze, a znalazło urzeczywistnienie w czasach „nocy” zawiedzenia, jaką był pobyt w Wojutyczach. Wertując kartka po kartce rękopis, odkrywał na nowo jak wielkim darem był ten czas. Cisza, wewnętrzne zmaganie się z dylematem dalszych losów, tęsknota za kontaktem z wykładami sprawiały, że problemy duchowości nie były owocem lekkości słowa, ujawnianiem bogactwa przeczytanych lektur, ale wszystko to zostało „zmielone” przez jego osobiste doświadczenie Boga, który jakby na chwilę ukrył się za górą tajemnicy swojej woli, którą młody doktor prawa i teologii starał się rozczytywać. Dumny był ze swego dzieła. Nie poprawiał tego, co napisał. Niczego nie skreślał. Codziennie z kolejną kartką, rozdziałem szedł do kaplicy i tam medytował napisane słowa. Często coś dopisywał, uzupełniał. Dzieło, jakby trochę zastygłe w czasie, zaczęło nabierać rumieńców doświadczenia nowej drogi.
Niemal równocześnie z porządkowaniem Życia duchowego pracował nad nową książką, której roboczy tytuł określił jako Apologia wiary katolickiej.
Rzadko miewał kazania. Od czasu do czasu wygłaszał je w katedrze. Nie wiadomo czy ktoś, kto je słyszał, czy życzliwie obserwujący młodszego konfratra ks. Jakub Glazer podpowiedział jego kandydaturę, dość, że któregoś dnia zapukał do seminaryjnej furty mężczyzna w sile wieku, z prośbą o spotkanie z ks. Józefem Pelczarem. Wiadomość przekazana przez portiera zdziwiła Józefa. Myślał - kto to może być? Nie znajdował jednak odpowiedzi na pytanie i niepewny wszedł do rozmównicy.
- Niech będzie pochwalony Jezus Chrystus.
- Na wieki wieków. Amen - odpowiedział.
- Ksiądz mnie nie zna, dlatego śpieszę z wyjaśnieniem. Jestem prezesem Stowarzyszenia Rzemieślników „Gwiazda”. Poszukujemy kierownika duchowego i wybór padł na osobę księdza. Wiem, że ma ksiądz profesor wiele obowiązków, niemniej bardzo prosiłbym, żeby ksiądz nam nie odmawiał.
- Nie wiem, czy podołam. Nie bardzo znam ten problem.
- Ale my wiemy, że ksiądz jest dokładnie zorientowany. Wielu z naszych ludzi słuchało księdza w Samborze i ma tam krewnych. Do dziś opowiadają o pracy w Stowarzyszeniu św. Wincentego à Paulo. To dzieło do dziś wspaniale działa.
Serce Józefa zabiło mocniej. - A jednak warto było. To ostatecznie zdecydowało, że porzucił pierwszą zrodzoną myśl, żeby odmówić.
- Skoro tak zdecydowaliście, to nie odmawiam.
Omówili formy i czas spotkania i pożegnali się serdecznie.
Podczas poobiedniej przechadzki podzielił się wiadomością z Jakubem.
- Cieszę się bardzo - odpowiedział Jakub. Pelczar zauważył błąkający się na twarzy kolegi uśmiech. Był już pewny, że to właśnie Jakub podpowiedział jego osobę na to stanowisko. Nie zdradził się jednak ze swoim spostrzeżeniem. Był raczej wdzięczny, że oto będzie miał możliwość kontaktu z ludźmi, którzy pomocy potrzebują szczególnie. Trudne warunki bytowe, lekceważenie ze strony pracodawców, niepewność pracy - to wszystko stwarzało dobre podłoże dla socjalistów, którzy wciągali w swoje szeregi biednych rzemieślników i niewiele pomagając, prowadzili agitację przeciw Kościołowi, ludzi Kościoła oskarżając o istniejącą sytuację.
A Kościół szukał nowych dróg głoszenia Ewangelii. W tym celu Papież Pius IX zwołał Sobór Powszechny. W listopadzie, już w aurze zimowego klimatu wybrał się do Rzymu bp Antoni Monastyrski. Uroczyście żegnano go na dworcu kolejowym w Przemyślu, gdzie dołączył do jadącego ze Lwowa bp. Wierzchlejskiego.
Wiadomości z obrad Soboru dochodziły bardzo wolno i szczątkowo. Józef był rzecznikiem inicjatywy ukochanego Papieża. Jak to zwykle w takich sytuacjach bywa, kapłani byli podzieleni w sądach co do sensowności zwoływania Soboru. Pelczar znał dobrze Piusa IX i był przekonany, że dzieło to nie jest ludzkim dziełem, ale świątobliwy papież zwołał biskupów do Rzymu kierowany nakazem Ducha Świętego.
Przemyskich kapłanów oczekujących na informacje z Rzymu poraziła wiadomość o chorobie bp. Antoniego. Niedługo potem nadeszła wiadomość o jego śmierci.
Zwołana pośpiesznie kapituła wybrała na wikariusza kapitulnego ks. infułata Józefa Hoppego. Pojawił się problem pogrzebu pasterza diecezji. Decyzja nie była łatwa. Przewiezienie doczesnych szczątków zmarłego wiązało się z dużymi kosztami i trudnościami natury formalnej, które w istniejącej sytuacji były niemal niemożliwe do pokonania. Z bólem, ale kierując się racjonalnymi przesłankami zdecydowano, że pogrzeb odbędzie się w Rzymie. Jako miejsce spoczynku obrano bazylikę Santa Maria sopra Minerva. W katedrze odprawiono uroczyste Msze św. i trwano na modlitwie. Smutno dobiegał końca rok 1869.