Według magistratu, obecność ubogich studentów obciąży kasę miasta, a ponadto przyniesie falę rozbojów, kradzieży, zabójstw, rozruchów, przed którymi handel ucieknie do innych miast. Ponadto stracą garbarze, których zakłady mieszczą się obok gmachu uczelni. Tak naprawdę protestancka Rada Miejska obawiała się wzrostu znaczenia jezuitów, których jednym z zadań było dążenie do rekatolizacji Wrocławia.
Mimo protestów, rektor wrocławskiego kolegium jezuickiego Fryderyk Wolf von Lüdinghausen nie ustawał w zabiegach u cesarza o przekształcenie kolegium w czterowydziałowy uniwersytet (teologia, filozofia, medycyna i prawo). Argumentował, jakich pożytków miasto już doznało ze strony kolegium, a jak one jeszcze bardziej wzrosną, gdy będzie to już uniwersytet. Na kilka lat sprawa ucichła, bo magistrat był uparty. Nie - i kropka. W końcu cesarz Leopold I postanowił działać, nie oglądając się na rajców. Akt fundacyjny zwany „Złotą Bullą” Wrocławskiego Uniwersytetu podpisał 21 października 1702 r. w Wiedniu. Patronem uczelni został św. Leopold, będący jednocześnie patronem fundatora. Początkowo posiadała on dwa wydziały: filozoficzny i teologiczny.
Rozwiązanie Towarzystwa Jezusowego w 1773 r. i wojny śląskie przyczyniły się do zmiany charakteru i obniżenia poziomu nauczania. Skutkiem zmian w państwie pruskim było połączenie w 1811 r. przez króla Fryderyka Wilhelma III protestanckiego uniwersytetu we Frankfurcie nad Odrą z wrocławską katolicką Leopoldiną. Powstał w ten sposób Schlesische Friedrich - Wilhelms - Universität, na którym było pięć wydziałów: teologii katolickiej, teologii ewangelickiej, prawa, medycyny i filozofii. W Auli Leopoldyńskiej stanęło popiersie króla, autorstwa wybitnego rzeźbiarza Krystiana Raucha.
Nowe dyscypliny na Uniwersytecie Wrocławskim powstały w połowie XIX wieku, głównie na wydziałach medycyny (farmacja, stomatologia) oraz na filozofii (filologie: romańska i angielska, fizjologia i geografia). W roku akademickim 1938-1939 wyodrębniono z Wydziału Filozoficznego nowy Wydział Przyrodniczy, w skład którego weszły nauki typowo przyrodnicze. Z Uniwersytetem Wrocławskim związanych było wielu laureatów Nagrody Nobla, co dobitnie świadczy o jego dawnym wysokim poziomie nauczania. To wysokie wyróżnienie otrzymali: Theodor Mommsen z literatury (1902), Paul Ehrlich z medycyny (1908), Fritz Haber z chemii (1918), Friedrich Bergius z chemii (1931), Erwin Schrödinger z fizyki (1933), Otto Stern z fizyki (1943) i Max Born z fizyki. Wielu wybitnych uczonych, ludzi kultury, sztuki i świata polityki znajduje się też wśród doktorów honorowych tej uczelni. Są wśród nich m.in. biolog Karol Darwin, filozof John Stuart Mill i prezydent RFN Roman Herzog.
Główną siedzibą Uniwersytetu Wrocławskiego jest barokowy gmach, w którym urzęduje m.in. rektor. Mieści się w nim też m.in. muzeum uniwersyteckie. Podczas II wojny światowej legł w gruzach. Z okazji 300-lecia dostał nową elewację, uzupełniono szereg elementów kamieniarskich, odnowiono bramę główną z orłami cesarskimi. Powróciła sprawa powrotu teologii na uniwersytet, którą usunięto z niego podczas okresu stalinowskiego. Teologia pozostaje jednak wciąż poza nim, jednak na stałej ekspozycji w Muzeum Uniwersyteckim eksponowane jest berło Fakultetu Teologii.