Msza św. celebrowana była 9 kwietnia, w tydzień po odejściu Jana Pawła II do domu Ojca. Była wielkim dziękczynieniem Bogu za ten pontyfikat i za wszystko, co Papież uczynił dla diecezji warszawsko-praskiej. Mimo późnej pory do katedry przybyły rzesze wiernych. Ci, którzy nie zmieścili się w świątyni, mogli na zewnątrz w niej uczestniczyć w liturgii, dzięki ustawieniu specjalnego telebimu.
Na uroczystość przybył abp Sawa, zwierzchnik Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego wraz ze swoimi najbliższymi współpracownikami. Obecni byli członkowie kapituł - katedralnej i kolegiackiej, alumni, osoby konsekrowane, przedstawiciele władz samorządowych, strażacy, żołnierze i policjanci.
Eucharystię pod przewodnictwem abp. Sławoja Leszka Głódzia celebrowali biskupi diecezji warszawsko-praskiej i archidiecezji warszawskiej.
W homilii abp Głódź mówił o klimacie ostatnich dni, jako o „niezwykłych, wstrząsających rekolekcjach, nie ujętych w żaden program duszpasterski, o wymiarze globalnym”, które swoim przejmującym cierpieniem, milczeniem, umieraniem i śmiercią poprowadził sam Ojciec Święty. Odszedł On od nas, aby żyć z Chrystusem w wieczności. Swoje cierpienie i odchodzenie ze świata nasycił chrześcijańską nadzieją.
Moc i piękno tej nadziei ukazał pogrzeb Papieża. Wyraził on przejmująco komunię Kościoła ze zmarłym Następcą św. Piotra, który stanął przed obliczem Pana. - Blask prawdy, veritatis splendor bił od tej prostej trumny i złożonej na niej księgi Ewangelii, której wiatr, Duch, przewracał stronice, jakby chciał zamknąć księgę życia - powiedział abp Głódź. Dodał, że słowa „Pójdź za Mną” stanowiły klucz do zrozumienia życia Jana Pawła II.
- Jeszcze nie obeschły nasze łzy, które popłynęły obficie. I jeszcze nieraz popłyną wywołane falą wzruszeń, wspomnień i śladów jego obecności w naszym życiu - mówił wzruszony pasterz Kościoła warszawsko-praskiego. Podkreślił, że ponad łzy, w miarę upływu czasu przebijać będzie inny nurt odczuć - zamyślenie nad znaczeniem i wielkością tej śmierci i tego życia.
Abp Głódź mówił o przeświadczeniu ludu rzymskiego o świętości Papieża. Szedł on ze swą apostolską posługą aż po krańce ziemi. Ten sługa sług Bożych był świadkiem i nauczycielem prawdy. Zapalał światło Chrystusa w ludzkich sercach i osłaniał kiedy ono gasło. Ukazywał człowiekowi drogę do Boga miłującego i miłosiernego. Jego posługa zmieniała ludzkie serca, ale także współczesny świat. Dopomogła w demontażu pojałtańskiego porządku, niosła nadzieję uciemiężonym, wzgardzonym, odepchniętym. Posługa ta dziś nie gaśnie, ale zdaje się trwać nadal. Papież pozostawił Kościołowi wielkie wiano, plon swego apostolskiego trudu.
Zwracając się do młodzieży abp Głódź podkreślił, że Ojciec Święty stał się dla milionów wiernych świadkiem, mistrzem, wzorem wciąż aktualnym. Trwa w sercu Kościoła i narodu, który Go wydał. - Pójdziecie, droga młodzieży teraz w dorosłe życie bez Niego. Zabraknie radosnego przekamarzania się na ul. Franciszkańskiej, ale wciąż powinniście pamiętać o słowach pozostawionych przez Niego i o postawionych zadaniach.
Przypominając słowa Jana Pawła II „Brońcie krzyża” Biskup warszawsko-praski powiedział, że dziś bronić krzyża, to znaczy bronić polskiego dziedzictwa, wiary, kultury, tożsamości, to przyznawać się do Chrystusa.
Nawiązując do pozostawionego przez Ojca Świętego testamentu, abp Głódź powiedział, że jest to dokument głębokiego ducha i utrwalone jest w nim świadectwo bezgranicznego trwania w Bogu i pewność, że nadzieja zwycięży. W Testamencie objawia się też głęboka miłość do Matki Bożej, którą Papież nazywa Matką nadziei.
Dziękujemy dziś Janowi Pawłowi otwartym sercem. Dziękuje Kościół, naród, każdy z nas. Dziękuje diecezja warszawsko-praska, którą ustanowił w 1992 r. i której teren odwiedził dwukrotnie jeszcze przed jej powstaniem, a potem w 1999 r. już po jej erygowaniu.
O godz. 21.37, w godzinie śmierci Jana Pawła II abp Głódź przerwał kazanie i po chwili powiedział: „Wykonało się”. Po dłuższej chwili kontynuował homilię.