Starania o pozwolenie na budowę kościoła w Puławach trwały przeszło 30 lat. Już w latach 50. ks. Zygmunt Adamczewski, będąc proboszczem parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, kupił plac położony między ulicami Aleja Mała i Czartoryskich z myślą o budowie kościoła. Plac ten został zabrany w latach późniejszych przez ówczesne władze państwowe i przeznaczony pod budowę innych obiektów, które do dzisiaj są dowodem na to, jak to w czasach PRL-u bezprawie było jedynym obowiązującym prawem. Kiedy w latach 60. w związku z budową Zakładów Azotowych nastąpił gwałtowny napływ ludności do Puław, potrzeba budowy nowego kościoła stała się jeszcze bardziej oczywista. Jednak władze konsekwentnie odmawiały pozwolenia. Dopiero pod koniec 1980 r. udzielono koniecznej zgodny na rozpoczęcie prac przygotowawczych do budowy zespołu sakralnego i z czasem zatwierdzono jego program. Odpowiedzialnym za budowę nowej świątyni, która rozpoczęła się w 1982 r., został ks. Ryszard Gołda. Dwa lata później przy powstającym zespole sakralnym (kościół, plebania i dom sióstr benedyktynek) bp Bolesław Pylak erygował parafię Miłosierdzia Bożego, ustanawiając jej proboszczem ks. Gołdę. Wznoszony z niemałym trudem kościół został uroczyście poświęcony w 1990 r.
Na przestrzeni zaledwie 20-letniej historii parafii Maryja odwiedziła już wspólnotę w znaku Fatimskiej Figury (luty 1996 r.), gromadząc wówczas wszystkich mieszkańców Puław. W roku jubileuszu 200-lecia diecezji lubelskiej Maryja przybyła w znaku Jasnogórskiej Ikony do parafialnej wspólnoty, zbudowanej na fundamencie wiary i miłości do Boga, Jezusa Chrystusa i Jego Matki. Proboszcz ks. kan. Ryszard Gołda z wielkim wzruszeniem witał Madonnę, rozmawiając z Nią jak z najlepszą Matką: „Przez te kilkanaście godzin usłyszysz, Maryjo, wiele wyszeptanych opowiadań o naszych radościach, ale najczęściej słuchać będziesz o naszych dramatach osobistych, rodzinnych i społecznych, o naszych niepokojach i cierpieniach. Z tym wszystkim przychodzić będziemy do Ciebie, Maryjo, bo do kogóż ma iść dziecko, jeśli nie do matki?”. W słowach powitania Budowniczy kościoła i twórca wspólnoty parafialnej przypomniał lata cierpień narodu polskiego i powierzonej mu wspólnoty. „Chcemy złożyć w Twoim matczynym sercu jedną, najważniejszą prośbę, która wypływa z głębi naszego doświadczenia z nieodległej przeszłości i teraźniejszości. W ostatnich dziesiątkach lat ubiegłego wieku byliśmy świadkami, jak inżynierowie ze Wschodu usiłowali zbudować u siebie i u nas dom szczęścia bez Boga, bez Twojego Syna i Jego Ewangelii. Zamiast tego zbudowali getto cierpienia dla milionów ludzi, depcząc ich godność i elementarne ludzkie prawa. Zbudowali dom, w którym naczelną zasadą jego funkcjonowania było kłamstwo, którego echo daje się jeszcze dziś słyszeć. Poznałaś i Ty klimat tego domu, kiedy chcąc dać wyraz, że jesteś z nami w latach zniewolenia i upodlenia człowieka, nie pozwolono Ci odwiedzić nas, tak jak dziś w znaku Obrazu. Przyszłaś więc w symbolu pustej ramy i świecy. Tamtych odwiedzin nic nie zdoła wymazać z naszej pamięci. W końcu zawaliła się ta konstrukcja na naszych oczach. Dziś na jej zgliszczach inżynierowie z Zachodu chcą zbudować nowy dom dla narodów Europy, powielając ten sam błąd; chcą budować tak, jakby Boga nie było, w imię rzekomej wolności i tolerancji. A my wiemy, że nie będzie to dom przyjazny człowiekowi, bo ten, który zdradza Boga, wcześniej czy później zdradzi i człowieka, choćby to ukrywał pod najpiękniejszymi hasłami. Dlatego w Twoim sercu składamy dziś tą jedną, najważniejszą prośbę: wyproś nam u Syna swego łaskę wierności Bogu, Krzyżowi, Ewangelii i Kościołowi. Wyproś nam łaskę wypełnienia do końca duchowego testamentu Jana Pawła II, aby wszystko w życiu naszym nowym stać się mogło”.
Dzieci, młodzież, dorośli oraz przedstawiciele władz samorządowych Puław z wielkim szacunkiem witali Maryję, zawierzając Jej codzienne sprawy mieszkańców parafii i miasta. Podczas czuwania, prowadzonego pod kierunkiem dzieci szkolnych i młodzieży, sióstr benedyktynek, Rodziny Radia Maryja, Legionu Maryi, Żywego Różańca oraz Parafialnego Zespołu Caritas wszyscy zgodnym głosem prosili, by Jezus Chrystus za pośrednictwem swej Matki hojnie udzielał łask, potrzebnych do życia w zgodzie i miłości Boga i bliźniego.