Z czasem jednak nastąpiła ewolucja miejsca relikwii w świątyni. Nie było już potrzeby, aby partykułę kości świętego trzymać w ogromnym sarkofagu. Relikwie zaczęto lokować w ołtarzu. Ołtarz przestawał być miejscem tylko Ofiary Przeistoczenia, stawał się grobem relikwii. Stąd sama Eucharystia zaczęła być postrzegana jako rodzaj relikwii. Niekiedy umieszczano w nowym ołtarzu trzy konsekrowane hostie z trzema ziarenkami kadzidła, symbolem wonności, z którymi złożone było w grobie ciało Chrystusa. Praktykę taką potwierdza m.in. pontyfikat moguncki z X wieku oraz kilka innych z XI wieku, z terenu Niemiec i Francji. Praktyka, która dziś byłaby ogromnym nadużyciem, trudnym do zrozumienia, wówczas uznana była za prawomocną. Obowiązywała w większości diecezji Francji, Italii, Niemiec, Anglii i Hiszpanii. Dopiero papież Innocenty IV (+1254), pytany o jej dopuszczalność, nie uznał jej za słuszną, nie podając jednak powodów.
Na takim podłożu wyrósł kult eucharystyczny, tak żywy w Kościele rzymskokatolickim. W końcu w 1264 r. papież Urban IV ustanowił święto Bożego Ciała. Hostia stawała się relikwią; miała czynić cuda: leczyć, uzdrawiać, uwolnić od złego. Doszło do tego, że zaczęto zmarłych chować wraz z Eucharystią.
Jednak kult relikwii krytykowano coraz bardziej z różnych pozycji. Czynili to zarówno ludzie Kościoła (św. Bernard z Clairvaux, św. Bernardyn ze Sienny), jak i papież Innocenty III. Jednak decydujący cios dla kultu relikwii wyszedł z kręgów reformatorów kościelnych. Luter i cały ruch reformacyjny całkowicie zanegowali kult relikwii. Protestancka krytyka relikwii nie została oficjalnie przyjęta przez Kościół. Ale nie została niezauważona i wywarła wpływ na dalszy los kultu. Sobór Trydencki (1545-63), który sformułował podstawy kontrreformacji i ukierunkował doktrynę i praktykę kościelną na dalsze 400 lat, potępił co prawda przeciwników kultu relikwii, obrazów, świętych. Ale potępienia przeciwników kultu relikwii w nauczaniu soborowym nie rozwijano, nie udzielono szczegółowych nauk, mających na celu wskazać jak postępować. I tu jest pewnego rodzaju paradoks.
Po Trydencie kult relikwii rozwijał się, przyjmując de facto zasadność krytyki Lutra. Powrócono, oczywiście, stopniowo i po sporym czasie, do traktowania relikwii jako obiektu stricte sakralnego i pomocniczego w zasadniczym kulcie Bożym. Wskazywano, i to już bardzo wcześnie (np. nasz ks. Wujek), że relikwie są środkiem, a nie celem. Dbając o relikwie, dbamy o pamięć świętych, „świadków i przyjaciół Boga”. Podkreślano, że kult relikwii jest dopuszczalny, choć nie ma mocnego uzasadnienia biblijnego, bo sama Biblia odwołuje się do praktyk niezrozumiałych dla nas (np. post Jezusa na pustyni - Bóg poszczący?).
Polemika katolicko-protestancka pomagała w wykrystalizowaniu się nowoczesnego pojmowania kultu świętości i relikwii. Lud w dalszym ciągu „wiedział swoje”. Jednak instytucjonalny Kościół i jego pasterze powoli, ale konsekwentnie, odrzucali wszystkie wynaturzenia kultu relikwii.
W XVIII wieku prowadzono dyskusje na temat siły wegetatywnej tkwiącej w zwłokach, które zakończyły się konkluzją, że trup jest martwy całkowicie i z powodu tworzącego się w nim jadu może być wręcz niebezpieczny dla żyjących. Przeciwstawiono się całowaniu kości, a józefińskie reformy kościelne przewidywały zaprzestanie pochówków w świątyniach i usuwanie z nich relikwii, którym brakowało wiarygodnych dokumentów. Kończyło się przeważnie na przewidywaniach, ale i tak słabł już wielowiekowy żywioł kultu relikwii.
Dziś relacje katolików ze świętymi, jednostkowo i zbiorowo, nie są tak intensywne jak ongiś i słabiej wiązane z ich szczątkami. Pielgrzymki przeważnie zmierzają nie do owych kości, lecz tam, gdzie komuś miała się objawić Matka Boża, lub gdzie znajduje się Jej słynny obraz. „Oglądalność” tych wizerunków wzrosła mocno w wiekach XVII-XIX. W miarę jak okazywały się wielce cudowne, usuwały w cień relikwie.
Z tego cienia wynurzy się niekiedy piękny gotycki relikwiarz, stawiany na ołtarzu w doroczną uroczystość patrona. Czasem pojawi się wiadomość, że szczątki beatyfikowanych - założycielki lub założyciela - klasztory rozparcelowały między siebie. Niekiedy, jak przed wiekami, dowiemy się o wędrujących po diecezji relikwiach patrona. Ostatnio sporo parafii zaopatruje się w Łagiewnikach w cząstki kośćca św. Faustyny. Jednakże na głębszy a długotrwały rezonans religijny takich powtórek z dość przebrzmiałych form pobożności raczej nie ma co liczyć. Łatwiej urządzić uroczyste powitanie takich relikwii, niż powstrzymać proces zapominania o nich. Nasza doraźna i uboga w środki wyrazu pamięć o obecnych w kościele relikwiach byłaby dla dawnych pokoleń równie niepojęta jak dla nas poziom ich fascynacji ową obecnością i jej rozliczne konsekwencje.
Skoro jednak - jak napisał ks. Jan Kracik - relikwie zagrały parę melodii w orkiestrze wieków, warto się w nie wsłuchać. Cokolwiek bowiem przez stulecia ogniskowało tęsknoty i nadzieje milionów ludzi, absorbując ich emocje, czas, trud i materialne środki - warte jest poznania.