Nadanie imienia jest uwieńczeniem pracy Szkoły od chwili powstania, czyli od 1999 r. Decyzja o wyborze patrona zapadła w kwietniu 2005 r. i została zaakceptowana przez społeczność szkolną oraz Radę Rodziców. Inicjatywę tę poparła Rada Miasta Zamość, podejmując w tej sprawie stosowną uchwałę. Wybór imienia Sybiraków to oddanie hołdu tym, których męka i bohaterstwo wytyczyły drogę do wolnej Rzeczpospolitej. Jest to także idea łączenia kolejnych pokoleń osadzonych w jakże różnych momentach historii. Od tych, którym odebrano wolność, poprzez pokolenie zmian ustrojowych, aż po generację młodych Polaków.
W ciągu sześciu lat, zanim podjęto oficjalne starania o nadanie imienia, Gimnazjum przygotowywało się do tego wydarzenia pracując nad własnym wizerunkiem. W 2003 r. Szkoła otrzymała z rąk Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej certyfikat „Szkoły z klasą”, a w 2004 r. certyfikat szkoły przyjaznej uczniom w konkursie „Super Szkoła”. Gimnazjum uczestniczyło również w programie „Moja Szkoła w Unii Europejskiej” zorganizowanym przez Urząd Komitetu Integracji Europejskiej i MENiS, a także w wielu innych przedsięwzięciach na terenie miasta i województwa. Wyniki egzaminów gimnazjalnych potwierdzają bardzo dobre przygotowanie młodzieży do dalszego etapu kształcenia.
W ubiegłym roku Szkoła nawiązała współpracę z Zamojskim Oddziałem Związku Sybiraków. Od tego czasu organizowano spotkania z członkami Związku, podjęto wiele inicjatyw i przedsięwzięć w celu poznania losów Polaków zesłanych na Sybir, a tym samym historii Polski tego okresu.
Uroczystość nadania imienia Szkole rozpoczęła się o godz. 10.00 w kościele Świętej Bożej Opatrzności Mszą św. celebrowaną przez bp. Mariusza Leszczyńskiego. Sztandar Gimnazjum nr 5 im. Sybiraków, na którym widnieje herb Związku Sybiraków, godło Polski i inskrypcja: „Bóg, Honor, Ojczyzna, Nauka”, został ufundowany przez Zamojski Oddział Związku Sybiraków oraz Radę Rodziców Gimnazjum nr 5 w Zamościu.
Po ceremonii poświęcenia nastąpiło uroczyste przekazanie sztandaru Dyrektorowi Szkoły i szkolnemu pocztowi sztandarowemu, którego członkowie, przejmując sztandar z rąk prezesa Zarządu Zamojskiego Oddziału Związku Sybiraków - Barbary Szleszyńskiej-Malec i przewodniczącej Rady Rodziców - Grażyny Pysiewicz, złożyli przysięgę: „Będziemy dbali o jego cześć i honor”. Było też uroczyste ślubowanie delegacji uczniów przed nowym sztandarem.
Po zakończeniu Mszy św. poczty sztandarowe Gimnazjum nr 5 oraz Związku Sybiraków zostały odprowadzone do budynku szkoły.
W uroczystości wzięło udział grono Sybiraków, przedstawiciele władz samorządowych i oświatowych miasta, przedstawiciele Kościoła, dyrekcje szkół, sponsorzy, rodzice, nauczyciele i uczniowie Gimnazjum.
Po oficjalnym powitaniu przez dyrektora szkoły - Marię Trześniowską odbyła się część artystyczna: montaż poetycko-muzyczny pt. Na nieludzkiej ziemi. Poezja przepełniona bólem, tęsknotą, patriotyzmem, wspomnienia świadków historii, zapiski tych, którym nie dane było wrócić do ojczystej ziemi, zostały przedstawione przez uczniów w scenerii syberyjskiego łagru.
Po chwilach wzruszenia, zadumy, w klimacie echa historii rozpoczęła się część oficjalna uroczystości nadania Szkole imienia Sybiraków, zainicjowana referatem przedstawionym przez Panią Dyrektor. Następnie zaproszeni goście wygłosili okolicznościowe przemówienia.
Wagę uroczystości nadało wbicie gwoździ w drzewce sztandaru i jego dekoracja Honorową Odznaką Sybiraka, którą szkoła otrzymała w uznaniu zasług dla Związku Sybiraków od Zarządu Głównego Związku Sybiraków w Warszawie. Indywidualne odznaczenia otrzymali: Maria Trześniowska - dyrektor Gimnazjum nr 5, Beata Wojtyło i Ewa Zygmunt.
W związku z nadaniem imienia podjęto wiele przedsięwzięć i wiele starań. Myśli, odczucia, własne wyobrażenia historycznej rzeczywistości znalazły odzwierciedlenie w pracach uczniów, w licznych szkolnych i międzyszkolnych konkursach. Dla zwycięzców przygotowano nagrody książkowe i pamiątkowe dyplomy.
Akcentem kończącym spotkanie było zwiedzanie wystawy historycznej Golgota wschodu, wpis do kroniki szkolnej oraz podziękowania dla wszystkich, dzięki którym mogła się odbyć tak ważna dla Szkoły, a także dla miasta uroczystość.
Ta niezwykła podniosła atmosfera szkolnego wydarzenia pozostanie na pewno na długo w pamięci uczniów, nauczycieli i gości, a hasło przewodnie - słowa wiersza Adama Mickiewicza: Jeśli ja zapomnę o Nich, to niech Bóg zapomni o mnie - wytyczą kierunek dalszej pracy wychowawczej nastawionej na kształtowanie utylitarnych wartości, świadomości i tożsamości narodowej.