Jest to też drugi pobyt następcy św. Piotra w Kraju Kwitnącej Wiśni. W lutym 1981 przebywał tam Jan Paweł II. Franciszek przybywa do Japonii w 470. rocznicę przybycia tam św. Franciszka Ksawerego – Apostoła tego kraju.

U stóp samolotu papieża powitał wicepremier japońskiego rządu Taro Aso. Dwoje dzieci w tradycyjnych strojach ofiarowało Ojcu Świętemu bukiet kwiatów. Oddano honory wojskowe.

Ze strony kościelnej na lotnisku papieża witali m.in. kard. Thomas Aquinas Maeda z Osaki, abp Tarcisio Isao Kikuchi z Tokio, abp Joseph Mitsuaki Takami z Nagasaki i nuncjusz apostolski w Japonii abp Joseph Chennoth.

Po krótkiej ceremonii wicepremier udał się z papieżem do sali VIP-ów na krótką prywatną rozmowę.

Podczas pobytu w Japonii tłumaczem papieża jest argentyński jezuita, którego ks. Jorge Bergoglio jako prowincjał tego zakonu w Argentynie wysłał na misję do Kraju Kwitnącej Wiśni.

Z lotniska Tokio-Haneda Franciszek przejechał do nuncjatury apostolskiej w tokijskiej dzielnicy Chiyoda, która jest jego rezydencją w czasie pobytu w Japonii. W nuncjaturze spotka się z miejscowymi biskupami.

Jutro rano, w niedzielę Chrystusa Króla Wszechświata, Franciszek odleci samolotem do Nagasaki – najbardziej katolickiego miasta kraju, nazywanego "japońskim Rzymem". Tam w Parku Pokoju, na którego miejscu znajdowało się epicentrum wybuchu bomby atomowej zrzuconej na to miasto 9 sierpnia 1945 r. wygłosi orędzie na temat broni nuklearnej. W wybuchu bomby zginęło tak ok. 74 tys. osób.

Następnie na Wzgórzu Nishizaka przy Pomniku Męczenników – miejscu zagłady tamtejszych męczenników, katolików i misjonarzy – złoży hołd ofiarom trwających ponad dwa i pół wieku prześladowań katolików. Ten bolesny okres zakończył się dopiero pod koniec XIX wieku. Jednym z zamęczonych na wzgórzu Nishizaka w 1643 r. misjonarzy był polski jezuita o. Wojciech Męciński. Tam też Franciszek odmówi modlitwę „Anioł Pański”.

Po obiedzie w Domu Biskupim Ojciec Święty odprawi Mszę św. na miejscowym stadionie baseballowym, po czym uda się samolotem do Hiroszimy, która jako pierwsza na świecie padła ofiarą ataku jądrowego w czasie II wojny światowej i wygłosi tam, przy Pomniku Pokoju przesłanie na rzecz pokoju. Następnie odleci do Tokio. W tym jednym dniu papież przemierzy w sumie 2400 km.

Kościół katolicki w Japonii to "mała trzódka" liczącą ponad 440 tys. wiernych co stanowi 0,3 procent ludności liczącego ponad 127 mln kraju.

Katolicy są najliczniejsi na obszarze metropolitalnym Tokio, przy czym miasto to jest największą metropolią świata z około 37 milionami mieszkańców. Na tym obszarze istnieją trzy diecezje: Tokio, Jokohama i Saitama i liczą one w sumie ponad 174 tys. wiernych, wśród których 97 tys. mieszka w archidiecezji tokijskiej.

Następne największe skupisko katolików znajduje się na wyspie Kiusiu, "katolickim centrum Japonii", którego większość wiernych wywodzi się od „ukrytych chrześcijan” z okresu, gdy chrześcijaństwo było zakazane. Katolików w czterech diecezjach na Kiusiu jest ponad 106 tys., z czego ponad 60 tys. żyje w archidiecezji Nagasaki.

Kościół w Japonii ma 29 biskupów, 1047 kapłanów i 29 diakonów. Spośród nich 529 to nie-Japończycy. Pod koniec 2018 r. do kapłaństwa przygotowywało się 74 seminarzystów, w tym 31 diecezjalnych.