Tego samego dnia, kiedy obradowała 92. Komisja Plenarna Episkopatu Polski, 23 marca 1966 r., na ręce kard. Stefana Wyszyńskiego nadszedł list od Władysława Gomułki, I Sekretarza KC PZPR, odpowiedź na pismo Księdza Prymasa z 12 marca tegoż roku. Gomułka potraktował sprawę niezwykle poważnie. Przez tydzień wraz z najbliższymi współpracownikami napisał projekt odpowiedzi. Przygotowany tekst 19 marca otrzymali z poleceniem ustosunkowania się do niego członkowie Biura Politycznego i sekretarze Komitetu Centralnego: Edward Ochab, Witold Jarosiński, Piotr Jaroszewicz, Artur Starewicz, Ryszard Strzelecki, Eugeniusz Szyr, Józef Tejchma i Władysław Wiacha. Szybko oddali oni tekst do Kancelarii Sekretariatu KC. Do oddanych dokumentów dotarł historyk Peter Raina i stwierdził, że poprawki były raczej stylistyczne niż merytoryczne.

Ksiądz Prymas ocenił list jako okropny i wprost nieprzytomny. Nie ma więc chyba sensu publikować go w całości. Dlatego pozostanę przy jego omówieniu i ewentualnych komentarzach.

Gomułka rozpoczął agresywnie: Każdy człowiek może mieć własny pogląd na różne zjawiska i problemy - posiada to prawo i Ks. Kardynał - lecz przy uzasadnianiu swego poglądu kierować się winien elementarną zasadą: nie wolno ignorować obiektywnych faktów. Pomijanie tej zasady sprowadza człowieka na manowce woluntaryzmu. (...)

W liście swym Ks. Kardynał nawiązuje do tego przemówienia ( przemówienie Gomułki z 14 stycznia 1966 r. na sesji Ogólnopolskiego Komitetu Frontu Jedności Narodowej - przyp. ks. A. J.). Za niektóre fragmenty wyraża mi podziękowania, z innymi dyskutuje, a pozostałe, bardzo istotne, przemilcza. (...)

Po tym wstępie Gomułka w dwunastu punktach przedstawił swój punkt widzenia, który dosadnie określił Prymas Tysiąclecia. Zaczął od:

Podziękowania przyjmuję, gdyż rzeczywiście broniłem hierarchię kościelną w obliczu wypowiedzi prasy zachodnioniemieckiej, która w orędziu biskupów polskich dopatrywała się poparcia dla rewizjonistycznej polityki rządu bońskiego. Obronę tę podyktował mi patriotyzm i obywatelski obowiązek, zwłaszcza na tle tej okoliczności, że Episkopat uchylał się wówczas od zajęcia stanowiska wobec rewizjonistycznej interpretacji orędzia przez prasę zachodnioniemiecką.

Zaczął zatem od oczywistego kłamstwa, bowiem Episkopat nie uchylał się od jednoznacznego określenia swego stanowiska na Ziemiach Zachodnich. Już 15 grudnia 1965 r., a zatem na długo przed pamiętnym wystąpieniem I Sekretarza, wydał komunikat, w którym oświadczył, że Episkopat Polski stoi na stanowisku nienaruszalności granic zachodnich Polski. Komunikatu tego nie pozwolono opublikować w Tygodniku Powszechnym i był tylko odczytany z ambon.

W dalszym ciągu swego listu Władysław Gomułka, wbrew faktom, uważał, że polskiej prasie nie można nic zarzucić w sposobie przedstawiania sprawy Orędzia. Stwierdził, iż przytaczała w tej sprawie jedynie głosy prasy zagranicznej. A musiała to robić, bo... I znowu pojawia się kłamliwy zarzut o to, jakoby polscy biskupi w tej sprawie milczeli. Znowu nie sposób tego nie skomentować. Gomułka nie chciał widzieć, że polskie środki przekazu nie wspomniały ani razu o pozytywnych reakcjach na list biskupów polskich do biskupów niemieckich.

W dalszym ciągu swego listu ustosunkował się do sprawy historyka Oskara Haleckiego, mieszając fakty i obrażając Księdza Prymasa. Potem wypomniał kard. Stefanowi Wyszyńskiemu, że w liście pominął te fragmenty jego przemówienia, które dotyczyły koncepcji " przedmurza", problemu Niemieckiej Republiki Demokratycznej. Dalej jeszcze raz polemizował ze zdaniem Księdza Prymasa, że Episkopat nie musiał konsultować z rządem tekstu Orędzia. Punktem wyjścia dla niego w tej sprawie było jego osobiste przekonanie, iż list miał charakter polityczny. Niezrozumienie charakteru Kościoła było także podstawą do kolejnego zarzutu: biskupi przekroczyli swoje kompetencje. Gomułka uważał, że jedyną instytucją uprawnioną do "dialogu" polsko-niemieckiego jest rząd. Nikt inny nie ma prawa prowadzić swojej polityki zagranicznej, również Episkopat, bo jest określoną instytucją Kościoła i czy chce, czy nie chce, instytucja ta posiada określony swoisty status polityczny. Kiedy to było wygodne, Gomułka odmawiał Kościołowi jakichkolwiek praw jako istniejącej w społeczeństwie instytucji, kiedy politycznie to było korzystniejsze, "awansował" go do instytucji odgrywającej ogromną rolę polityczną. I z takiej pozycji swobodnego zmieniania rozumienia pojęć podstawowych, w zależności od koniunktury, podejmował polemikę z kard. Wyszyńskim i na niej opierał wszystkie działania wobec Kościoła.

Kolejna część listu to dyskusja na poziomie... Na skargę na działalność cenzury Gomułka mówi o tym, że cenzura istniała w Kościele. Zarzut, że prasa o światopoglądzie katolickim jest dyskryminowana, I Sekretarz KC PZPR odpiera, iż przed wojną podobnie była traktowana prasa komunistyczna. Na uwagę, że Prymas Polski jest atakowany przez polską prasę, Gomułka odpowiada, że "Wolna Europa" z jednej strony obdarza kard. Wyszyńskiego pochlebstwami, a z drugiej krytykuje komunistyczne władze. Trudno nawet skomentować tę część argumentów I Sekretarza w dyskusji za pomocą listów.

Nic dziwnego, że tak mocnymi słowami podsumował ten list sam Prymas Tysiąclecia. Właściwie nie warto byłoby zajmować się tym listem, gdyby nie: po pierwsze - obowiązek odnotowania go w życiorysie kard. Stefana Wyszyńskiego (co czynią wszystkie szczegółowe biografie Księdza Prymasa, niekiedy cytując list w całości lub obszernych fragmentach) i po drugie - ukazanie w ten sposób "logiki" działania tych, którzy na wszelkie sposoby dążyli do zniszczenia Prymasa Polski.