W tym czasie w rezydencji Arcybiskupów Warszawskich trwała nieustanna modlitwa najbliższych współpracowników umierającego Prymasa. Lekarze cały czas czuwali. Nad ranem pogłębiły się zaburzenia pracy serca. Podawane leki nie przynosiły poprawy. Oddech stawał się coraz słabszy. Czuwający całą noc kardiolog stwierdził nadchodzącą agonię. Przy łożu zebrali się lekarze i domownicy. Ks. Bronisław Piasecki, kapelan Prymasa, prowadził modlitwy za konających. Kard. Wyszyński trzymał w dłoni zapaloną gromnicę, znak zmartwychwstania i życia. Leżał na prawym boku z przechyloną głową.

O godz. 4.40 nastąpiło zatrzymanie oddechu. Ustała praca serca. Lekarze stwierdzili zgon. Zebrani wokół odmawiali różaniec – tajemnice dźwigania krzyża, śmierci, zmartwychwstania i wniebowstąpienia. „Tej ostatniej chwili – jak zanotował ks. Piasecki – towarzyszy cisza i spokój. Jest to śmierć niezwykle spokojna, bez dostrzegalnych oznak konania”.

W kaplicy Domu Arcybiskupów ks. prał. Jerzy Dąbrowski celebrował o godz. 5.00 pierwszą Mszę św. żałobną za zmarłego Prymasa. Po niej ciało Kardynała zostało ubrane w purpurową sutannę, szaty liturgiczne, fioletowy ornat. Na piersi krzyż biskupi z wizerunkiem Matki Bożej Częstochowskiej, na palcu pierścień, dłonie oplecione różańcem, z którym za życia nigdy się nie rozstawał. W momencie przenoszenia ciała do trumny ubierający dostrzegli na twarzy Prymasa pojawiający się uśmiech.

Zgodnie z wolą kard. Wyszyńskiego, jego trumna została zamknięta i przeniesiona do sali audiencjonalnej na parterze domu arcybiskupiego. Obok trumny postawiono obraz Matki Bożej Częstochowskiej, która towarzyszyła mu każdego dnia.

Wydano komunikat lekarski o śmierci Prymasa. Gdy wiadomość podały rozgłośnie radiowe, do Domu Arcybiskupów zaczęły przychodzić tysiące mieszkańców stolicy, aby oddać hołd swojemu biskupowi.

Telegram na ręce kard. Franciszka Macharskiego przesłał z polikliniki Gemelli w Rzymie Ojciec św. Jan Paweł II. „Na wiadomość o śmierci umiłowanego brata w biskupstwie, wielkiego syna Kościoła i naszego narodu, księdza kardynała Stefana Wyszyńskiego, arcybiskupa metropolity gnieźnieńskiego i warszawskiego, Prymasa Polski, łączę się w bólu i modlitwie z całym Kościołem w Ojczyźnie i wszystkimi moimi rodakami. Przeżywając tajemnicę Wniebowstąpienia Pańskiego, proszę Najlepszego Ojca o wieczną nagrodę dla niestrudzonego pasterza i nieustraszonego świadka Ewangelii Chrystusowej. Ufam, że Pani Jasnogórska, Matka Kościoła, której tak bezgranicznie zawierzył, okaże Mu swojego Syna. Wsparty nadzieją chwalebnego zmartwychwstania, krzepię zbolałe serca wszystkich drogich braci i sióstr moim apostolskim błogosławieństwem” – napisał ranny po zamachu Jan Paweł II.

Wieczorem do Domu Arcybiskupów Warszawskich przybył kard. Franciszek Macharski, który przewodniczył obrzędom pogrzebowym przy trumnie zmarłego. Wśród gości był też m.in. brat Roger z ekumenicznej wspólnoty w Taize. Z ul. Miodowej kondukt pogrzebowy wyruszył do kościoła seminaryjnego przy Krakowskim Przedmieściu.

Rozpoczęła się wielka, narodowa żałoba. Już pierwszego dnia wpłynęło ponad 1600 listów kondolencyjnych z całego świata. Osób chcących pożegnać się z Prymasem były już nie tysiące, ale dziesiątki tysięcy. Do kościoła seminaryjnego ustawiały się długie kolejki. A pogrzeb, który odbył się 31 maja na ówczesnym pl. Zwycięstwa stał się wielką manifestacją religijno-patriotyczną. Zgromadził ok. pół miliona osób, które przybyły, aby oddać cześć swojemu Prymasowi i niekoronowanemu królowi Polski.