Historia sanktuarium w Szczyrku sięga czasów zaborów, kiedy to 25 lipca 1894 r. 12-letniej wówczas Juliannie Peździe, w pobliżu tzw. Przykrej Kępki, na buku ukazała się Matka Najświętsza. Widzenia miały także młodsze koleżanki Julianny - Marianna Pezda i Marianna Marek. Najświętsza Panna poprosiła je, by przekazały dalej, jak bardzo zależy Jej, aby wierni nosili szkaplerz, odmawiali Anioł Pański i śpiewali Godzinki. Jej słowa miały zachęcać wiernych zniewolonego kraju do trwania przy Bogu - i wierze w odrodzenie państwowości. Z polecenia Pani w tym miejscu miała również powstać świątynia, w której będzie się odprawiać „dużo Mszy św.”.
Wieść o tym wydarzeniu rozeszła się po okolicy, po Śląsk Cieszyński, Białą i Żywiecczyznę. Coraz liczniej przybywały pielgrzymki. Pątników było tak wielu, „aż ziemi było ciężko”. Wkrótce na buku, na którym ukazała się Pani, zawieszono obraz Matki Bożej Częstochowskiej. Przywieźli go tutaj wierni z niedalekiego Ustronia. W listopadzie 1894 r. podjęto decyzję o postawieniu tutaj drewnianej kaplicy. Murowaną zaś zaczęto budować w 1912 r. Obecny kościół powstał w latach 1948-53.
W 1939 r. do Szczyrku przybyli z Oświęcimia Księża Salezjanie i przystąpili tu do budowy domu zakonnego. II wojna światowa zatrzymała jednak budowę. Okupanci zabrali zorganizowany przez wiernych materiał budowlany. Po wojnie rozpoczęto budowę nowego kościóła, a w 1960 r. artysta malarz Stefan Just w dowód wdzięczności za otrzymane łaski podjął się namalowania wizerunku Matki Bożej, który przedstawiła mu sędziwa już wówczas Julianna. Obraz od razu skojarzył się ludziom z obrazem Matki Bożej Częstochowskiej, a przybyłym z Oświęcimia Salezjanom - z kultem wizerunku Wspomożycielki Wiernych.
- Wszystko, co Maryja przekazała Juliannie, wypełnia się. Codziennie sprawowane są tu trzy Msze św., a dodatkowo Eucharystię odprawiają grupy pielgrzymów. W niedzielę przed Mszą św. o godz. 7.30 śpiewa się tu Godzinki - mówi kustosz sanktuarium. Wprawdzie opiekunowie kościoła na Górce, który należy do parafii św. Jakuba Apostoła w Szczyrku, formalnie mają pod opieką ok. 500 wiernych, to jednak w ciągu roku przybywa tu 250-300 tys. pielgrzymów. Najczęściej przybywają oni na Górkę podczas uroczystości odpustowych 3 maja i 15 sierpnia. Nie brak zorganizowanych grup pielgrzymkowych oraz osób korzystających z posługi duszpasterskiej. Odbywają się tu nocne czuwania modlitewne. Szczególny udział w ich zorganizowaniu miał ks. Józef Wawrzyniak SDB. Podjął tę inicjatywę w porozumieniu ze swoimi przełożonymi, na prośbę miejscowych parafian. Pierwsze czuwanie odbyło się 24/25 maja 1983 r.
Rok 1994 był czasem przełomowym dla tego miejsca, dla posługujących tutaj salezjanów i dla wszystkich pielgrzymów. Była to 100. rocznica kultu Matki Bożej Królowej Polski w Szczyrku. Ten jubileuszowy rok obfitował w wydarzenia, które podkreśliły nieustanną i ciągle rosnącą przez dziesięciolecia cześć oddawaną przez wierny lud Szczyrkowskiej Królowej.
4 kwietnia 1994 r. bp Tadeusz Rakoczy poświęcił i konsekrował ołtarz i kościół, zaś 3 maja osobnym dekretem ogłosił kościół lokalnym sanktuarium pod wezwaniem Matki Bożej Królowej Polski.