Założeniem programu ikonograficznego głównej części świątyni winno być sprowadzenie dekoracji do takich, które skupiałyby uwagę wiernych na misterium Mszy św. „Nie może on w żadnym wypadku odwracać uwagi od ołtarza i stanowić konkurencji dla świętych obrzędów” (instrukcja Episkopatu Polski o ochronie zabytków i kierunkach rozwoju sztuki kościelnej z 16 kwietnia 1966 r., za: Dokumenty duszpastersko-liturgiczne Episkopatu Polski, 1966-93, oprac. ks. Cz. Krakowiak i ks. L. Adamowicz, Lublin 1994) ani zakłócać ich pobożności. Symbolika dekoracji winna być zrozumiała i wyraźna, pomagająca w skupieniu i kontemplacji Boga. Dlatego konieczne jest kierowanie się tu siedmioma podstawowymi zasadami:
Po pierwsze - świadomością, że nowo wznoszona świątynia nie da się w momencie jej budowy jednoznacznie określić stylowo. Jej program ikonograficzny powinien jednak harmonizować z układem wnętrza (kopuła, nawa, kaplice), tak by nie sprawiać wrażenia eklektycznego zamętu. Oczywiste jest, że program ten nie musi być w pełni zrealizowany w chwili oddania kościoła do użytku i miast pośpiesznie zapełniać wnętrze wytworami miernej wartości, lepiej stopniowo dopełniać wyposażenie wybitnymi dziełami. Instrukcja Episkopatu Polski wydawałaby się pod tym względem precyzyjna - zalecając, by „do kościołów i innych miejsc świętych nie dopuszczać dzieł (...) niskiego poziomu, przeciętności lub naśladownictwa”, zalecając ich wykonywanie przez „utalentowanych i wybitnych twórców” - gdyby nie fakt, że osoby okrzyczane wybitnymi przez krytyków sztuki często nie są takimi, a zwłaszcza nie zawsze rozumieją, czym jest sztuka sakralna. Dzieła tworzone na chwałę Bożą powinny bowiem być przede wszystkim wyrazem wiary.
Po wtóre - skupieniem się na liturgii świętej, czemu służyć ma cały wystrój i całe wyposażenie wnętrza świątyni. I ta sprawa winna być konsultowana z duchownymi specjalizującymi się w liturgice, nie zaś pozostawiona swobodnej inwencji artystów.
Po trzecie - bezbłędnością dogmatyczną. Nie należy - jak już wspomniano wyżej - dopuszczać do wnętrza kościelnego przedstawień niezgodnych z Pismem Świętym, błędnych dogmatycznie lub teologicznie, niezgodnych z tradycjami, sprzeciwiających się wierze i pobożności chrześcijańskiej. Dlatego każdy projekt zarówno ołtarza, obrazu, rzeźby, polichromii, witrażu, jak i całego układu wnętrza kościelnego winien być konsultowany z teologami oraz przedstawiany do zatwierdzenia Diecezjalnej Komisji Sztuki Kościelnej.
Po czwarte - zrozumieniem, że „każdy kościół jest czymś niepowtarzalnym”, jak głosi cytowana instrukcja Episkopatu. Oznacza to, że nie powinno się umieszczać w nim seryjnych wyrobów rzemiosł: obrazów, posągów, stacji Drogi Krzyżowej, lecz - o ile to możliwe - powierzać ich wykonanie artystom rozumiejącym doniosłość wykonywanych prac. Dzieła ofiarowywane do świątyni przed lub w trakcie jej budowy - niezależnie od tego, czy są to obrazy, rzeźby czy szaty albo paramenty liturgiczne - muszą być oceniane przez władze kościelne dla uniknięcia wprowadzania do niej obiektów niepasujących do niej gabarytowo czy kompozycyjnie, a także odbiegających treścią od całości.
Po piąte - umiarem oraz hierarchicznym porządkiem w umieszczaniu wizerunków świętych zgodnym z przepisem art. 125 Konstytucji Soboru Watykańskiego II z 4 grudnia 1963 r. o liturgii świętej, tak by uprzywilejowane miejsca świątyni: ołtarz główny, ołtarze kaplic i tabernakulum zdobione były w sposób odpowiadający ich znaczeniu sakralnemu.
Po szóste - zrozumiałością programu artystycznego nie tylko przez twórców dzieł, ale przez ogół wiernych, w tym również pielgrzymów nawiedzających świątynię. Tendencja do upraszczania programu nie powinna jednak równać się jego ograniczaniu do podstawowych symboli krzyża, kłosów zboża, kielicha, światła...
Po siódme - uzmysłowieniem twórcom, że „klucz ikonograficzny”- tj. zdobnictwo i dobór dzieł - powinien służyć założeniu wyrażonemu w tytule kościoła, w tym przypadku Opatrzności Bożej. (Nie jest to zadanie łatwe, gdyż w zasadzie jedynym powszechnie używanym symbolem jest tzw. Oko Opatrzności. W pobliskim wilanowskim kościele św. Anny jest jednak bardzo rzadki XIX-wieczny feretron, przedstawiający Boga Ojca rzucającego z nieba chleb rodzinie wieśniaczej).
Kościół dolny ma stać się - zgodnie z intencją Księdza Prymasa - sepultorium. Jest on zbudowany w kształcie okręgu: symbolu Wieczności, w środku którego znajdzie się ołtarz otoczony wieńcem dwudziestu ośmiu krypt - kaplic grobowych.
Sepultorium w podziemiach nawiązuje do wielowiekowej tradycji grzebania zmarłych pod posadzką oraz wokół kościołów, czego wyrazem były nagrobki, epitafia, tablice inskrypcyjne. Choć tradycja ta obecna już w IV wieku została przerwana na przełomie XVIII i XIX wieku, kiedy to rozpoczęto tworzenie cmentarzy „w polu”, tj. poza miastami (wtedy powstawały m.in. zabytkowe cmentarze warszawskie), to jednak jest kontynuowana w odniesieniu do biskupów i osób zasłużonych.
Kościół dolny będzie w przyszłości pełnił funkcję cmentarza, powinien zatem ikonograficznie odpowiadać wspólnej idei miejsca liturgii i miejsca grzebania zmarłych. Rozwiązaniem ciekawym mogłoby być nawiązanie w jego ikonografii do katakumb rzymskich - najstarszego miejsca pochówku chrześcijan i jednego z pierwszych miejsc spotkań wyznawców Chrystusa.
Ksiądz Prymas sugerował, aby ta część świątyni odznaczała się szlachetną surowością. Nie oznacza to jednak, że należy ją pozostawić bez jakichkolwiek wymownych ozdób. Będzie to bowiem miejsce odwiedzane przez licznych pielgrzymów, tak jak odwiedzane są cmentarze. Należy jednocześnie dodać, że rzymskie katakumby, mimo że surowe i mroczne, jednocześnie są przepełnione kolorowymi freskami przedstawiającymi sceny biblijne. Sceny katakumbowe w doskonały sposób wyrażają idee Opatrzności Bożej, przez którą Bóg ratuje ludzi i narody, oraz doskonale pasują do ozdabiania miejsc związanych z chowaniem zmarłych. Nazywa się je scenami ocalenia, ponieważ symbolizują wyzwolenie człowieka z niewoli śmierci. W pierwszych wiekach chrześcijaństwa ilustrowały one tajemnicę zmartwychwstania. Można by konkretne krypty ozdobić następującymi scenami starotestamentalnymi: Jonasz uratowany z wnętrzności potwora, trzej młodzieńcy w piecu ognistym, Daniel w jaskini lwów, Zuzanna między starcami, Noe w arce, gołębica z gałązką oliwną; oraz ewangelicznymi: Dobry Pasterz ratujący owce, liczne sceny uzdrowień, wskrzeszenie Łazarza, nakarmienie głodnych na pustkowiu i inne.
Łącznikiem całej wymowy kościoła dolnego i jej zwieńczeniem powinien stać się umiejscowiony w środku ołtarz, który w tradycji Kościoła był grobem Chrystusa i jednocześnie symbolem Jego zmartwychwstania. Należy ozdobić go scenami wyrażającymi tę najważniejszą prawdę wiary. Może wskazane byłoby, aby pod względem dekoracji ołtarz nawiązywał do sarkofagów rzymskich, które streszczały historię Jezusa Chrystusa, uwieńczoną Jego śmiercią i zmartwychwstaniem. Przy przyjęciu takiej koncepcji w odniesieniu do ołtarza dolnego mensa ołtarzowa w kościele górnym mogłaby zostać ozdobiona płaskorzeźbami ukazującymi sceny ściśle ilustrujące fakt zmartwychwstania (np. Chrystus wychodzący z grobu, niewiasty i uczniowie przy pustym grobie), starotestamentalne zapowiedzi zmartwychwstania oraz płaskorzeźby męczenników rzymskich - świętych Piotra i Pawła oraz polskich - św. Wojciecha i św. Stanisława. Taki blok kamienny, znajdujący się w centrum mauzoleum oraz uwydatniony przez wiązkę światła (symbol Boskości), przechodzącą z kościoła górnego, mógłby być dekorowany płaskorzeźbami ze wszystkich stron.
Zgodnie z przesłaniem ideowym świątyni - przynajmniej trzy z tak licznych krypt powinny stać się symbolicznymi grobami wszystkich Polaków, którzy oddali życie za wiarę i za wolność Ojczyzny, i wyrażać dojście do wolności drogą męczeństwa. Należałoby złożyć w nich ziemię z miejsc kaźni Polaków, z cmentarzy polskich żołnierzy rozsianych po całym niemal świecie oraz z pól bitewnych. Powinny się tam znaleźć: Krypta Powstańców Warszawskich, Krypta Obrońców Ojczyzny oraz Męczenników za Ojczyznę. Pozostałe krypty powinny być pozostawione puste. W przyszłości będą miejscem pochówku osób zasłużonych dla Kościoła i Narodu. Dlatego też nie należy w nich organizować żadnych kaplic ani miejsc pamięci, gdyż doprowadziłoby to do zmiany ich funkcji i zatarcia wspaniałej wymowy kościoła dolnego, który ma przecież stać się cmentarzem, a więc miejscem sakralnym. Tak zaplanowane wnętrze będzie głosiło podstawową nadzieję i fundament wiary chrześcijańskiej oraz wyrażało należną wdzięczność pokoleniom Polaków, którzy z wiary tej czerpali siły do złożenia w ofierze własnego życia za braci. Sepultorium z pewnością stanie się miejscem licznych pielgrzymek i mogłoby sprzyjać wytworzeniu się specjalnego rodzaju liturgii nawiedzania grobów, nawiązującej do wielowiekowej tradycji pielgrzymowania po katakumbach wokół Rzymu, według wyznaczonych szlaków, w celu nawiedzania grobów męczenników.
Mimo sakralnego charakteru kościół-sepultorium ma służyć nie tylko sprawowaniu liturgii, lecz także innym zgromadzeniom o charakterze modlitewnym. Jest oczywiste, że powinny się w nim znajdować elementy właściwe każdemu wnętrzu kościelnemu. Wystrój i zdobnictwo powinny być jednak ograniczone do niezbędnego minimum. Kościół dolny nie powinien też być miejscem odczytów i wykładów o treści religijnej, spotkań z politykami lub propagandy świeckiej, choćby dotyczyła zagadnień istotnych politycznie i społecznie. Należy podkreślić, że wszelkie sugestie mające na celu wprowadzenie do kościoła treści ideologicznych, politycznych lub ekonomicznych są sprzeczne z funkcją, przeznaczeniem i duchem wnętrza kościoła katolickiego i należy je rozumieć jako wciąż odradzającą się próbę instrumentalnego traktowania zarówno wspólnoty Kościoła, jak i świątyni katolickiej.
Projektując wnętrze Świątyni Opatrzności Bożej, należy mieć na uwadze, by w sposób czytelny, zrozumiały i niewymagający zawiłych tłumaczeń przypominała ona, że:

Bóg naszych ojców zawsze będzie z nami
i nie pozwoli upaść żadnej klęsce,
dopóki On był z naszymi ojcami,
byli zwycięzce.
(Juliusz Słowacki, Pieśń konfederatów barskich)