Matkę Bożą Jasnogórską Rosjanie nazywali główną Częstochowską Rewolucjonistką, a Polacy uważali Ją za Swoją Opiekunkę i duchową Hetmankę. Wizerunek Matki Bożej Jasnogórskiej widniał na powstańczych sztandarach.

Powstanie Styczniowe, największy zryw narodowo-wyzwoleńczy Polaków, wybuchło 22 stycznia 1863 r., gdy Centralny Komitet Narodowy ogłosił się Tymczasowym Rządem Narodowym i wezwał naród do powstania przeciwko Rosji.

W latach bezpośrednio poprzedzających Powstanie Styczniowe wyraz swych uczuć patriotycznych dawały pielgrzymki wchodzące na Jasną Górę z pieśniami religijno-patriotycznymi i chorągwiami z polskimi orłami. Zakonnicy wygłaszali powitania i kazania w duchu patriotycznym, co władze uznawały za podburzające do manifestacji.

O wydarzeniach Powstania Styczniowego przypominają na Jasnej Górze liczne pamiątki. Są wśród nich pierścienie, krzyże i brosze wykonywane rękami więźniów Cytadeli czy zesłańców syberyjskich, biżuteria z końskiego włosia, a także krzyż ostatniego komendanta powstania z 1863 r. ks. generała Stanisława Brzóski.

Na 87 paulinów, którzy w 1861 r. stanowili prowincję polską około 40 było czynnie zaangażowanych w działania niepodległościowe - przypomina o. Grzegorz Prus, paulin i historyk zakonu. „To wsparcie ze strony ojców płynęło przez modlitwę, przez głoszone kazania patriotyczne. Przechowywali też druki powstańcze. Paulini świadczyli pomoc finansową także dla powstańców. W oddziałach powstańczych brali udział też niektórzy młodzi zakonnicy, nowicjusze czy klerycy. Tu najbardziej zasłynął br. Zygmunt Trawiński, który zginął w bitwie pod Lelowem 30 września 1863 r.”, podkreśla o. Prus.

Za pomoc powstańcom całą polską prowincję paulinów dotknęły liczne represje. Zakonnicy byli aresztowani, skazywani na więzienie i zsyłkę, niektórych zamordowano. Zamknięto wiele paulińskich klasztorów, a te, które pozostawiono, znalazły się pod całkowitym nadzorem władz carskich.

Nadzór nad Jasną Górą przekazano biskupom kujawsko-kaliskim, zlikwidowano działające tu od XVII w. aptekę i drukarnię, zamknięto bibliotekę.