Szczególne miejsce dla krakowian stanowi papieskie okno Pałacu Arcybiskupów krakowskich przy ul. Franciszkańskiej 3. Tym razem w oknie widać było tylko krzyż z przewieszoną czerwoną stułą - symbol zmartywychwstania. Tysiące osób modliło się na placu przed kurią i w bazylice Franciszkanów, gdy kapłan przerwał modlitwę i poinformował o śmierci Ojca Świętego. Wszyscy usłyszeli potężny głos dzwonu Zygmunta. Obecny wśród modlących się kard. Franciszek Macharski, nawiązując do tego głosu, mówił: „Zygmunt bije na śmierć, ale i na nowe życie...”.
Dni modlitwy i refleksji pod papieskim oknem trwały do 17 kwietnia 2005 r. - od godz. 21.00 do 21.37 - do dnia rozpoczęcia konklawe.

Na krakowskich Błoniach, przy kamiennym obelisku upamiętniającym spotkania z Ojcem Świętym, gromadziła się w dniach żałoby młodzież na modlitwie. W przeddzień pogrzebu Ojca Świętego z krakowskiego Rynku Głównego wyruszył Biały Marsz Wdzięczności za pontyfikat Jana Pawła II.

Milion osób modliło się podczas Mszy św. dziękczynnej za pontyfikat Jana Pawła II, którą nazwano - w odpowiedzi na wezwanie Ojca Świętego, abyśmy byli świadkami miłosierdzia - Eucharystią Świadków Miłosierdzia.
Na zakończenie odśpiewano Barkę. Po Mszy św. rozpoczęło się czuwanie modlitewne przed obrazem Matki Bożej Stolicy Mądrości - darem Ojca Świętego dla środowisk akademickich - który nawiedza archidiecezję krakowską.

Ponadmilionowa rzesza wiernych modliła się na Błoniach w dzień pogrzebu Ojca Świętego podczas Mszy św., której przewodniczył bp Józef Guzdek. Po Mszy św. dzięki telebimom ustawionym w kilku miejscach wierni łączyli się z uczestnikami uroczystości pogrzebowych na Placu św. Piotra.