21 grudnia 1966 r. kard. Stefan Wyszyński otrzymał telegram od Ojca Świętego Pawła VI z upoważnieniem do udzielenia przez wszystkich biskupów ordynariuszy błogosławieństwa apostolskiego na zakończenie roku Tysiąclecia Chrztu Polski. W depeszy były także życzenia dla narodu polskiego. Upoważnienie oznaczało jedno - Papież nie przyjedzie do Polski. Oczywiście, Ksiądz Prymas przewidywał, że tak się stanie, bo takie zakończenie sprawy sugerowały komunikaty Radia Watykańskiego na temat bożonarodzeniowych planów Pawła VI, jak i artykuły w polskiej prasie, będące wyrazem aktualnego nastawienia władz komunistycznych do ewentualnego przyjazdu Następcy św. Piotra. Jednak gdzieś w sercu tliła się jeszcze nadzieja, że wiara narodu polskiego wsparta zostanie obecnością Ojca Świętego.

Ostatnie godziny roku jubileuszowego kard. Stefan Wyszyński spędził w archikatedrze św. Jana w Warszawie. Tuż przed północą przy wtórze dzwonów katedralnych i wszystkich warszawskich świątyń zostały odśpiewane Ciebie, Boga, wysławiamy i Wierzę. Zarówno katedra św. Jana, jak i kościoły w całej Polsce, mimo noworocznych zabaw i bali, były wypełnione wiernymi.

O północy rozpoczęła się Msza św. Prymas Tysiąclecia wygłosił kazanie, w czasie którego dokonał pierwszego podsumowania zakończonego

Milenium Chrztu Polski, podkreślając dary, jakich Bóg udzielił całemu narodowi i każdemu Polakowi z osobna. Nakreślił zadania duszpasterskie Kościoła w Polsce, które miały opierać się na "Społecznej Krucjacie Miłości".

Po powrocie do domu raz jeszcze wrócił do oceny minionych dziesięciu lat: Wielkiej Nowenny i Tysiąclecia Chrztu Polski. Zapiski z tą datą są wyjątkowo obszerne. O osobowości Księdza Prymasa najwięcej zdaje się mówić krótki końcowy fragment podkreślający zasługi ludzi, którzy zaangażowali się w to dzieło. Kard. Wyszyński, autor samej koncepcji obchodów Milenium i przygotowań do niego, jak również inspirator wielu konkretnych działań, nie przypisał sobie zasług, lecz dostrzegał innych:

O zasługach ludzi trudno mówić dziś sprawiedliwie. Działali oni w środowisku ludzi wierzących, mogli drażnić obojętnych i "postępowych", którzy w swej zarozumiałości przypisywali sobie pełniejsze rozumienie katolicyzmu. Środowisko modlących się było głównym odbiorcą pracy Wielkiej Nowenny. Ostrożnych zraziła polityczna propaganda antynowennowa. Również tych, dla których tematyka Wielkiej Nowenny była zbyt trudna i obfita, tak że za nią nie nadążali - praca pozostawiła na boku. Nie mówię o wrogości do Wielkiej Nowenny ateistów z "Argumentów", członków partii i "Paxu". Rezerwę zachował "Tygodnik Powszechny" i "Znak", wraz z ośrodkami KIK. - Mocno poparły Wielką Nowennę zakony, zarówno męskie, jak i żeńskie. Wielką zasługę w dziedzinie organizacji wykonawczej ma zakon Ojców Paulinów, głównie ojcowie Wrzalik, Tomziński, Kosiak i o. Teofil, przeor; poparli oni pracę Instytutu Prymasowskiego i nieśli pomoc członkiniom w ich pracy organizacyjnej i propagandowej. - Wielkie zasługi ma Komisja Maryjna, a głównie biskup Z. Goliński i biskup J. Czerniak. Wszystkich innych ludzi, którzy od początku Wielkiej Nowenny stanęli wytrwale przy Episkopacie, nagrodzi Jezus Chrystus, którego Matka została tak uczczona w Polsce milenijnej.

Po zakończeniu niezwykle pracowitego roku Ksiądz Prymas udał się na zimowy odpoczynek do Lasek, gdzie przebywał w dniach 10-29 stycznia.

W tym czasie, 20 stycznia, w Warszawie doszło do posiedzenia Komisji Wspólnej Episkopatu i Rządu. Już początek zapowiadał, że atmosfera będzie gorąca. Szczególnie "podminowany" zdawał się być reprezentant rządu Zenon Kliszko. Dopiero wrócił z Moskwy, z tajnej narady z przywódcami sowieckimi. Nie potrafił ukryć atmosfery tamtych obrad i zmęczenia. Już na wstępie pełnym pretensji głosem zapytał o to, co dzieje się z bp Klepaczem, który jest członkiem Komisji, a nie przybył na spotkanie. W tym czasie bp Klepacz już bardzo poważnie chorował, a właściwie umierał.

Na początku biskupi złożyli protest przeciwko planom likwidacji seminariów.

Posiedzenie dotyczyło uchwalenia regulaminu seminariów. Trwało blisko dwie i pół godziny i mimo wybuchów wściekłości Zenona Kliszki miało dość monotonny przebieg. Najpierw Kliszko mówił, że punktem wyjścia jest fakt, że seminaria podlegają Minsterstwu Oświaty na podstawie rozporządzenia tegoż Ministerstwa z 1961 r. Na co bp Zygmunt Choromański odpowiadał, że nie, i nie ma mowy o nadzorze Ministerstwa nad seminariami. Wtedy Kliszko ze wściekłością odczytywał przywieziony przez siebie regulamin seminariów, który zawierał: prawo wizytacji i hospitacji, dołączenie do przedmiotów obowiązkowych wykładanych w seminariach nauki o Polsce współczesnej, prawo do wydawania zarządzeń powizytacyjnych, prawo do oceny programów nauczania, również teologii, obowiązek zgłaszania kandydatów na rektorów i wykładowców, przedstawienie szczegółowego programu wykładów. Oczywiście, biskupi sprzeciwili się kategorycznie takim żądaniom, argumentując, że nie pozwalają na to ani przepisy prawa kościelnego, ani odpowiednie rozporządzenia Stolicy Apostolskiej. Zaraz też próbowali przedstawić swój projekt regulaminu opartego na naczelnej zasadzie, że seminaria nie mogą być nadzorowane przez państwo. Ale rozwścieczony do czerwoności Kliszko nie pozwalał. I tak kilka razy według tego samego schematu. Kliszko i Sztachelski - jak to określił na podstawie relacji bp. Choromańskiego Ksiądz Prymas - byli usposobieni odpornie na wszelkie argumenty, bp Dąbrowski z tej samej parafii, a bp Choromański odpowiadał spokojnie i wytrwale - Nadzór nie.

Nic zatem dziwnego, że w tym składzie, zwłaszcza z nie panującym nad sobą Kliszką, nie mogło dojść do jakiegokolwiek porozumienia. Storna kościelna przystała na propozycję przedstawicieli władzy, aby odpowiedni dokument przygotowała podkomisja z udziałem bp. Bronisława Dąbrowskiego i kierownika Urzędu do Spraw Wyznań Aleksandra Skarżyńskiego. Widać było, że komunistom bardzo zależało na pośpiechu. Kard. Wyszyński domyślał się, że związane jest to z udaniem się do Moskwy, tym razem z oficjalną wizytą, przedstawicieli rządu.

27 stycznia zmarł bp Michał Klepacz. Cztery dni później Ksiądz Prymas podczas pogrzebu podkreślił jego zasługi dla Kościoła w Polsce. Mówił m. in.:

Mimo swej niezwykłej dyskrecji i subtelności, miał biskup pełne rozeznanie i zrozumienie doniosłości problemów i spraw, które musiał dotykać. A dotykał ich wielokrotnie. [...] Pozostał tej pracy wierny do końca.

30 stycznia doszło do spotkania podkomisji w sprawie seminariów. Aleksander Skarżyński zapoznał się z propozycją regulaminu przedstawioną przez Episkopat, ale nie zajął w tej sprawie żadnego stanowiska. Bp Dąbrowski przedłożył mu natomiast pisemną opinię o projekcie rządowym.

Tego samego dnia świat obiegła sensacyjna wiadomość: papież Paweł VI 2 lutego miał przyjąć przebywającego we Włoszech przewodniczącego Rady najwyższej ZSRR Nikołaja Podgornego.