Pierwszy etap papieskiej pielgrzymki przewiduje spotkanie z królem i władzami Jordanii, Mszę na stadionie w Ammanie, wizytę w domniemanym miejscu chrztu Jezusa w Betanii za Jordanem oraz spotkanie z syryjskimi uchodźcami.
Następnego dnia Franciszek z Ammanu poleci śmigłowcem do Betlejem, gdzie spotka się z władzami Autonomii Palestyńskiej, odprawi Mszę na Placu Żłóbka, nawiedzi Grotę Narodzenia i pozdrowi dzieci z obozów dla uchodźców palestyńskich. Tego samego dnia po południu Papież poleci do Jerozolimy via Tel Awiw, gdzie przewidziano oficjalnie powitanie. Pewnym problemem mogą tu być nie załatwione kwestie protokolarne z uwagi na strajk izraelskich służb dyplomatycznych, jednak, jak zaznaczył watykański rzecznik, jest nadzieja na przygotowanie na czas papieskiej wizyty.
Trzecim etapem pielgrzymki Ojca Świętego będzie Jerozolima. Jeszcze 25 maja wieczorem Franciszek gościć będzie w delegaturze apostolskiej patriarchę ekumenicznego Bartłomieja i podpisze z nim wspólną deklarację. Następnie będzie na spotkaniu ekumenicznym w bazylice Grobu Pańskiego. Na kolejny dzień przewidziano spotkania z wielkim muftim Jerozolimy, naczelnymi rabinami Izraela oraz prezydentem i premierem tego kraju, a także odwiedziny przy Murze Zachodnim świątyni, na Wzgórzu Pamięci Herzla i w Instytucie Yad Vashem.
Po południu Papież na Górze Oliwnej zobaczy się jeszcze raz z Bartłomiejem, a następnie z miejscowym duchowieństwem. Odprawi też w Wieczerniku Mszę z katolickimi ordynariuszami Ziemi Świętej. Będzie to ostatni punkt jego pielgrzymki. Jeszcze tego samego dnia, po pożegnaniu na lotnisku w Tel Awiwie, Franciszek powróci do Rzymu.