Franciszek podjął też konkretne, restrykcyjne kroki prawne. Najpierw zmienił watykański kodeks karny, wprowadzając nowe kategorie przestępstw: werbowanie i przemoc seksualna wobec małoletnich, pornografia dziecięca i jej posiadanie oraz akty seksualne z udziałem małoletnich. Za wykorzystanie seksualne grozi do 12 lat więzienia. Nowym przepisom podlegają nie tylko mieszkańcy i pracownicy Państwa Watykańskiego, ale także personel dyplomatyczny Stolicy Apostolskiej.

Ustanowił Papieską Komisję ds. Ochrony Małoletnich, która doradza mu w sprawach dotyczących zaangażowania Stolicy Apostolskiej w ochronę dzieci i młodzieży oraz opieki duszpasterskiej nad ofiarami nadużyć seksualnych, jakich dopuścili się duchowni.

Zaapelował do biskupów i przełożonych zakonnych na całym świecie, by byli „gotowi do spotkania z ofiarami i osobami im najbliższymi: są to cenne okazje, by wysłuchać i prosić o przebaczenie tych, którzy wiele wycierpieli”. Sam dał tego przykład, spotykając się nimi nie tylko w Watykanie, ale również w czasie swoich podróży: do Stanów Zjednoczonych, Peru, Chile i Irlandii.

W czerwcu 2016 r. w liście apostolskim „Come una madre amorevole” Franciszek ogłosił, że za poważne zaniedbania w sprawowaniu swej funkcji, zwłaszcza w odniesieniu do ochrony osób małoletnich i „bezbronnych dorosłych”, biskupi mogą zostać usunięci z urzędu. Dzięki temu w prawie kościelnym znalazła się podstawa prawna do wyciągnięcia konsekwencji od biskupów za zaniedbania umożliwiające popełnienie przez duchownych przestępstw seksualnych (np. brak egzekwowania dyscypliny duchowieństwa, świadome wyświęcanie i kierowanie do posługi duszpasterskiej osób o skłonnościach pedofilskich, brak zdecydowanej reakcji na wiarygodne doniesienia o przestępstwie) lub tuszowanie takich przypadków w swoich diecezjach.

W lutym 2019 r. Franciszek zwołał do Watykanu spotkanie w sprawie ochrony małoletnich w Kościele z udziałem przewodniczących konferencji biskupich z całego świata, przedstawicieli kurii rzymskiej, wyższych przełożonych zakonnych i ofiar wykorzystywania. Celem szczytu było uświadomienie kościelnym przełożonym dramatu wykorzystywania osób małoletnich.

Owocem szczytu jest motu proprio „Vos estis lux mundi”, którego postanowienia obowiązują od czerwca 2019 r. w całym Kościele. Stanowi ono m.in., iż przestępstwem kanonicznym jest czyn seksualny popełniony przez duchownego „z nadużyciem władzy”, czyli względem osoby pozostającej wobec niego w relacji zależności. Ofiarą niekoniecznie musi być małoletni, ale może być nim dorosły, który podlega danemu księdzu (kleryk seminarium, siostra zakonna, osoba świecka), bądź „osoby bezradne” np. niepełnosprawne. Przestępstwem kanonicznym jest również utrudnianie dochodzenia prowadzonego przez świeckie organy ścigania. Doniesienie może złożyć każdy, nie tylko ofiara bądź jej rodzina, natomiast księża i zakonnicy mają od tej pory taki obowiązek, gdy tylko dowiedzą o przypadku wykorzystania seksualnego (za wyjątkiem informacji uzyskanych podczas spowiedzi i „z racji sprawowania świętej posługi”). Dokument wskazuje też konkretne działania, jakie należy podjąć, gdy oskarżenie dotyczy biskupa, także w przypadku utrudniania stosowania obowiązujących procedur.

Owocem wdrożenia motu proprio „Vos estis lux mundi”, jest wszczęcie postępowań kanonicznych wobec wielu biskupów z całego świata - za możliwość bagatelizowania bądź tuszowania przestępstw dokonanych przez podlegających im kapłanów. W Polsce postępowania takie zostały wszczęte wobec kilkunastu hierarchów, z czego dotąd siedmiu zostało obłożonych sankcjami.