Sąd zdecydował, że duchowny, który zmarł przed rozpoczęciem procesu sądowego, został aresztowany niezgodnie z prawem i orzekł o jego rehabilitacji. Z wnioskiem występowała prokuratura rejonowa, ponieważ ksiądz Toufar nie miał rodziny i bliskich. Inicjatorem procedury zrehabilitowania duchownego był twórca Muzeum Czeskiej i Słowackiej Emigracji XX wieku w Brnie Jan Kratochvil.

Ksiądz Toufar to jedna z najbardziej znanych ofiarą komunistycznej kampanii przeciwko Kościołowi. Zmarł w lutym 1950 roku po okrutnych torturach w areszcie. Proboszcz z wioski Czihoszt' w pobliżu Hawliczkowego Brodu został zatrzymany przez StB po tym, gdy krzyż na głównym ołtarzu miał poruszyć się kilka razy podczas mszy w jego kościele w grudniu 1949 roku. To wciąż niewyjaśnione zjawisko podobno powtórzyło się później. Komuniści postanowili wykorzystać tzw. cud w Czihoszti do zdyskredytowania Kościoła, ponieważ dostrzegli w tym zdarzeniu możliwą przeszkodę w kolektywizacji wsi.

W styczniu 1950 roku StB aresztowała Toufara, a następnie próbowała zmusić go do przyznania się, że sam zainscenizował ruch krzyża. Reżim zlecił też nakręcenie filmu propagandowego o rzekomym spisku. StB wykorzystała również sprawę do aresztowania i osądzenia hierarchów kościelnych.

W 2013 roku rozpoczął się proces beatyfikacyjny księdza Toufara.