Papież Bonifacy IX 11 stycznia 1397 r., na prośbę króla Władysława Jagiełły i królowej Jadwigi, erygował na Akademii Krakowskiej Wydział Teologiczny, którego spadkobiercą jest Uniwersytet Papieski Jana Pawła II. Rektor uczelni na początku uroczystości przypomniał, że na 7 wydziałach prowadzone są badania naukowe w 12 dyscyplinach, a kształcenie odbywa się na 17 kierunkach a nowe kierunki są w przygotowaniu. – Kultywowanie historycznej pamięci a jednocześnie nieustanny rozwój naszej papieskiej uczelni są dla nas niezwykle zobowiązujące i ważne, bo chcemy za wstawiennictwem naszych patronów być apostołami prawdy i dobra – mówił ks. prof. Robert Tyrała.

Na początku homilii abp Marek Jędraszewski przypomniał, że na przeżywany obecnie czas Objawienia Pańskiego składają się trzy wydarzenia: pokłon Mędrców ze Wschodu, chrzest Jezusa w Jordania i przemienienie wody w wino na weselu w Kanie Galilejskiej. Metropolita krakowski zwrócił uwagę, że prawda o „nowonarodzonym królu żydowskim” objawiła się dzięki wysiłkowi umysłu Mędrców, którzy przyszli za gwiazdą do Betlejem; nad Jordanem chwałę Syna Bożego objawili Bóg Ojciec i Duch Święty, a w Kanie Galilejskiej zrobił to sam Chrystus.

Arcybiskup w tym kontekście wskazał na trwającą od tamtych czasów po dzień dzisiejszy „dramatyczność wiary”, która polega na uwierzeniu w Jezusa Chrystusa jako Syna Bożego, albo na odrzuceniu tej prawdy. Nawiązując do odczytywanego w czasie liturgii fragmentu z Pierwszego Listu św. Jana zauważył, że pozostając na poziomie prawd „tego świata” i przyjmując świadectwo ludzi, można stać się sceptykiem na wzór Piłata; można ulec relatywizmowi, który przyjął postać heglizmu, marksizmu czy „prawdy etapu”; można też ulec konformizmowi i stwierdzić, że obrona prawdy nie jest sytuacją komfortową. Konsekwencją nieprzyjęcia świadectwa Boga jest uczynienie Go kłamcą.

Metropolita zaznaczył, że św. Jan pokazuje także pozytywną rzeczywistość tych, którzy Bogu i Jego świadectwu o Jego Synu uwierzyli. Są to ludzie „z prawdy”, „zwycięzcy tego świata”. Do tego grona zalicza się m.in. św. Piotr, który przyjął objawienie Boga i uwierzył mu, a także św. Tomasz oraz ci, którzy „nie widzieli, a uwierzyli”. – Błogosławieni wszyscy ludzie z prawdy – wszyscy przyjmujący całe Boże objawienie – mówił abp Marek Jędraszewski.

Przypomniał myśl św. Jana Pawła II zawartą w encyklice Fides et Ratio, w której Ojciec Święty wskazuje na Boże Objawienie w sensie szerszym. Według papieża objawienie jest drogowskazem i szansą, szczególną drogą prawdy, darem, który można przyjąć z wdzięcznością, ale także ze wzgardą odrzucić; pokazuje ostateczny cel egzystencji człowieczej. „Ostateczny cel osobowego istnienia jest zatem przedmiotem badań zarówno filozofii, jak i teologii. Jedna i druga – mimo odmienności metod i treści – wprowadza na ową «ścieżkę życia» (Ps 16 [15], 11), której kresem – jak poucza nas wiara – jest pełna i nieprzemijająca radość kontemplacji Boga w Trójcy Jedynego” – pisał Jan Paweł II. – Tą drogą musi, z racji swojego powołania, z racji swojego ustanowienia, podążać Uniwersytet Papieski Jana Pawła II. Jestem przekonany też, że tą ścieżką kroczyły wszystkie te prace doktorskie, habilitacyjne, profesorskie, które dzisiaj zostaną szczególnie uroczyście ukazane całemu środowisku akademickiemu. Wyrażam przekonanie, że te prace takimi naprawdę są, ale że jednocześnie są to zaledwie, może aż, pewnymi etapami „ścieżki życia”, którą mamy kroczyć wiernie, aż do końca – mówił abp Marek Jędraszewski.

– Ten dzisiejszy dzień oznacza dla nas zakończenie okresu lat ciężkiej pracy, wyrzeczeń, ofiary, nierzadko także ofiary i wyrzeczeń ze strony naszych rodzin, bliskich, wspólnot. Ale ten dzisiejszy dzień nie byłby możliwy bez środowiska naszej uczelni – mówił w imieniu wszystkich promowanych o. prof. Jarosław Kupczak OP składając na ręce abp. Marka Jędraszewskiego wyrazy wdzięczności wobec rektora, senatu uczelni, wykładowców i pracowników naukowych i administracyjnych.