Zbrodnia katyńska była następstwem dokonanej przez ZSRR wspólnie z Niemcami agresji na Polskę. Od 17 września 1939 r. w ciągu kilkunastu dni Armia Czerwona zajęła terytorium o obszarze około 200 tys. km kw., na którym mieszkało 13 mln osób.

Do niewoli dostało się 250 tys. polskich żołnierzy, w tym ponad 10 tys. oficerów. Szeregowców już jesienią 1939 r. zaczęto zwalniać, ale oficerów skierowano do obozów w Starobielsku, Kozielsku i Ostaszkowie. Ten ostatni był przeznaczony głównie dla funkcjonariuszy policji, Korpusu Ochrony Pogranicza oraz służby więziennej.

Podstawą do takich działań był wydany już 19 września 1939 r. przez szefa NKWD Ławrientija Berię rozkaz o powołaniu Zarządu do Spraw Jeńców Wojennych i Internowanych.

Wśród uwięzionych w obozach znajdowała się duża grupa oficerów rezerwy, powołanych pod broń w chwili wybuchu wojny, ale faktycznie nie będących wojskowymi. Większość z nich reprezentowała polską inteligencję. Byli wśród nich lekarze, prawnicy, nauczyciele szkolni i akademiccy, inżynierowie, literaci, dziennikarze, działacze polityczni, urzędnicy państwowi i samorządowi oraz ziemianie. Obok nich w obozach znaleźli się przedstawiciele duchowieństwa różnych wyznań, m.in, kapelani wojskowi.

Decyzja o wymordowaniu polskich jeńców wojennych z obozów w Kozielsku, Starobielsku i Ostaszkowie oraz Polaków przetrzymywanych w więzieniach NKWD na obszarze przedwojennych wschodnich województw Rzeczypospolitej zapadła na najwyższym szczeblu władz ZSRR.

Podjęło ją 5 marca 1940 r. Biuro Polityczne KC WKP(b) na podstawie pisma, które szef NKWD, a zarazem ludowy komisarz (czyli minister) spraw wewnętrznych Ławrientij Beria skierował do Józefa Stalina.

W piśmie tym Beria określił przetrzymywanych w obozach Polaków "zatwardziałymi, nierokującymi poprawy wrogami władzy sowieckiej" i wnioskował o rozpatrzenie ich spraw "w trybie specjalnym".

Od czasów wielkiej czystki - masowych represji stalinowskich w połowie lat 30. - pod pojęciem "tryb specjalny" kryła się przyspieszona procedura sądowa: z pozbawieniem oskarżonych prawa do obrony, błyskawicznym wyrokiem śmierci i natychmiastową egzekucją. W piśmie do Stalina Beria nawet takich zamiarów wobec polskich jeńców nie ukrywał, zalecał "zastosowanie wobec nich najwyższego wymiaru kary - rozstrzelania". Dodał też, że sprawy należy rozpatrywać bez wzywania aresztowanych i bez przedstawiania zarzutów, decyzji o zakończeniu śledztwa i aktu oskarżenia.

Formalnie wyroki miały być wydawane przez Kolegium Specjalne NKWD, w składzie: Iwan Basztakow, Bogdan Kobułow i Wsiewołod Mierkułow.

Powyższe wnioski przedstawione przez Berię zostały w całości przyjęte, a na jego piśmie znalazły się aprobujące podpisy Stalina - sekretarza generalnego WKP(b) oraz kilku jego najbliższych podwładnych: Klimenta Woroszyłowa (komisarza obrony), Wiaczesława Mołotowa (szefa rządu, czyli przewodniczącego Rady Komisarzy Ludowych, a jednocześnie komisarza spraw zagranicznych) i Anastasa Mikojana (wiceprzewodniczacego Rady Komisarzy Ludowych i komisarza handlu zagranicznego). Oprócz nich decyzję o zamordowaniu polskich jeńców zaaprobowali Michaił Kalinin (formalnie był głową państwa jako przewodniczący Prezydium Rady Najwyższej ZSRR, ale faktycznie posłusznym wykonawcą rozkazów Stalina) oraz Łazar Kaganowicz - wiceprzewodniczący Rady Komisarzy Ludowych i komisarz transportu i przemysłu naftowego.

Po trwających miesiąc przygotowaniach, 3 kwietnia 1940 r. rozpoczęto likwidację obozu w Kozielsku, a dwa dni później obozów w Starobielsku i Ostaszkowie. Przez następnych sześć tygodni Polacy wywożeni byli z obozów grupami do miejsc egzekucji.

Z Kozielska 4 404 osób przewieziono do Katynia i zamordowano strzałami w tył głowy. 3 896 jeńców ze Starobielska zabito w pomieszczeniach NKWD w Charkowie, a ich ciała pogrzebano na przedmieściach tego miasta w Piatichatkach. 6 287 osób z Ostaszkowa rozstrzelano w gmachu NKWD w Kalininie (po rozwiązaniu ZSRR miasto to wróciło do nazwy Twer), a pochowano w miejscowości Miednoje. Łącznie zamordowano 14 587 osób.

Na mocy decyzji z 5 marca 1940 r. zamordowano również około 7 300 Polaków przebywających w różnych więzieniach na terenach włączonych do ZSRR. Na terytorium Ukrainy rozstrzelano 3 435 osób (ich groby prawdopodobnie znajdują się w Bykowni pod Kijowem), a na Białorusi około 3,8 tys. (pochowanych prawdopodobnie w Kuropatach pod Mińskiem). Większość z nich stanowili aresztowani działacze konspiracyjnych organizacji, oficerowie nie zmobilizowani we wrześniu 1939 r., urzędnicy państwowi i samorządowi oraz "element społecznie niebezpieczny" z punktu widzenia władz radzieckich.

Zarówno przy dokonywaniu egzekucji jak i wyborze miejsca pochowania ciał ofiar władze ZSRR wykorzystały doświadczenia z podobnych swoich działań w czasach wielkiej czystki.

Spośród jeńców z Kozielska, Starobielska i Ostaszkowa ocalała grupa 448 osób (według innych źródeł 395). Byli to ci, których przewieziono do utworzonego przez NKWD obozu przejściowego w Pawliszczew Borze, a następnie przetransportowano do Griazowca.

W nocy z 12 na 13 kwietnia 1940 r., a więc w czasie kiedy NKWD mordowało polskich jeńców i więźniów, ich rodziny stały się ofiarami masowej deportacji w głąb ZSRR. Decyzję o jej zorganizowaniu Rada Komisarzy Ludowych podjęła 2 marca 1940 r. Według danych NKWD w czasie dokonanej wówczas wywózki zesłano łącznie około 61 tys. osób, głównie do Kazachstanu.

Po rozpoczęciu wojny radziecko-niemieckiej o przetrzymywanych przez władze ZSRR polskich jeńców Stalina pytali Władysław Sikorski i Władysław Anders. Stalin udzielał wykrętnych odpowiedzi, sugerujących, że Polacy rzekomo uciekli do Mandżurii. Było to zupełnie nieprawdopodobne. Polska delegacja na Kremlu mogła jednak domyśleć się prawdy, bo zastępca Berii, Wsiewołod Mierkułow w pewnym momencie rzucił uwagę: my zdiełali oszybku (popełniliśmy błąd).

Aż do odkrycia grobów w Katyniu, na terenie zajmowanym przez Wehrmacht prawie od rozpoczęcia wojny radziecko-niemieckiej, nie było jednak stuprocentowej pewności co do losu polskich jeńców.

Informację o odkryciu masowych grobów w Katyniu Niemcy podali 13 kwietnia 1943 r. (to dziś symboliczna rocznica zbrodni).

Już dwa dni później, 15 kwietnia 1943 r., w odpowiedzi na te niemieckie doniesienia, Moskwa ogłosiła, że polscy jeńcy byli zatrudnieni na robotach budowlanych na zachód od Smoleńska i "wpadli w ręce niemieckich katów faszystowskich w lecie 1941 r., po wycofaniu się wojsk sowieckich z rejonu Smoleńska". Komunikat stwierdzał: "Niemieckie zbiry faszystowskie nie cofają się w tej swojej potwornej bredni przed najbardziej łajdackim i podłym kłamstwem, za pomocą którego usiłują ukryć niesłychane zbrodnie, popełnione, jak to teraz widać jasno, przez nich samych".

Tego samego dnia, rząd RP na uchodźstwie polecił swojemu przedstawicielowi w Szwajcarii zwrócić się do Międzynarodowego Czerwonego Krzyża z prośbą o powołanie komisji do zbadania odkrytych grobów. 17 kwietnia 1943 r. strona polska złożyła w tej sprawie oficjalną notę w Genewie, dowiadując się jednocześnie, iż wcześniej również Niemcy zwrócili się do MCK o wszczęcie dochodzenia.

Działania władz niemieckich zmierzające do sprowokowania konfliktu pomiędzy aliantami miały wywołać wrażenie, że postępowanie Berlina i polskiego rządu są ze sobą koordynowane. Joseph Goebbels zanotował w swoim dzienniku: "Sprawa Katynia przeradza się w gigantyczną polityczną aferę, która może mieć szerokie reperkusje. Wykorzystujemy ją wszelkimi możliwymi sposobami".

Moskwa bardzo ostro zareagowała na propozycję dochodzenia prowadzonego przez MCK. 19 kwietnia 1943 r. dziennik "Prawda" opublikował artykuł zatytułowany "Polscy pomocnicy Hitlera". Przeczytać w nim można było m.in.: "Oszczerstwo gwałtownie się szerzy. Zanim wysechł atrament na piórach niemiecko-faszystowskich pismaków, ohydne wymysły Goebbelsa i spółki na temat rzekomego masowego mordu na polskich oficerach dokonanego przez władze sowieckie w 1940 r. zostały podchwycone nie tylko przez wiernych hitlerowskich służalców, ale co dziwniejsze, przez ministerialne kręgi rządu generała Sikorskiego".

"Polscy przywódcy w niewybaczalny sposób poszli na lep chytrej prowokacji Goebbelsa i w rzeczywistości podtrzymali nikczemne kłamstwa i oszczercze wymysły katów narodu polskiego. Wobec tego trudno się dziwić, że Hitler też zwrócił się do Międzynarodowego Czerwonego Krzyża z propozycją przeprowadzenia +dochodzenia+ na miejscu zbrodni, przygotowanej rękoma jego mistrzów w sztuce zabijania" - pisała "Prawda".

Ujawnienie zbrodni przez Niemców posłużyło władzom ZSRR za pretekst do zerwania stosunków dyplomatycznych z rządem polskim w Londynie. 21 kwietnia 1943 r. Stalin wysłał tajne i jednobrzmiące depesze do prezydenta Roosevelta i premiera Churchilla, w których zarzucał rządowi gen. Sikorskiego prowadzenie w zmowie z Hitlerem wrogiej kampanii przeciwko ZSRR. "Wszystkie te okoliczności - pisał Stalin - zmuszają nas do stwierdzenia, że obecny rząd polski faktycznie zerwał sojusznicze stosunki i zajął pozycję wroga". Formalne zerwanie stosunków dyplomatycznych przez Moskwę z polskim rządem na uchodźstwie nastąpiło w nocy z 25 na 26 kwietnia 1943 r.

W sprawie zbrodni katyńskiej Polacy nie uzyskali niestety wsparcia ze strony przywódców mocarstw zachodnich. Tym bowiem zależało głównie na pokonaniu Hitlera i nie chciały ryzykować, że ZSRR wyłamie się z koalicji antyniemieckiej.

Wobec zablokowania przez ZSRR przeprowadzenia śledztwa w sprawie katyńskiej przez MCK, Niemcy zorganizowali własne dochodzenie. 28 kwietnia 1943 r. na miejsce zbrodni na zaproszenie władz niemieckich przyjechała grupa międzynarodowych ekspertów medycyny sądowej i kryminologii. Przewodniczącym zespołu został doktor Ferenc Orsos, dyrektor Instytutu Medycyny Sądowej w Budapeszcie. Eksperci jednomyślnie podpisali sprawozdanie, w którym stwierdzali, iż egzekucje na polskich jeńcach wykonano w marcu i kwietniu 1940 r. Było to równoznaczne z uznaniem, że zbrodni dokonał ZSRR.

Po zajęciu Smoleńska pod koniec września 1943 r. przez Armię Czerwoną władze sowieckie powołały specjalną komisję do przeprowadzenia dochodzenia w sprawie Katynia pod przewodnictwem prof. Nikołaja Burdenki.

24 stycznia 1944 r., po ekshumacji 925 odpowiednio spreparowanych ciał polskich oficerów, wspomniana komisja ogłosiła, że zbrodni na Polakach dokonali Niemcy między wrześniem a grudniem 1941 r.

W 1945 r. w trakcie procesu zbrodniarzy nazistowskich w Norymberdze przedstawiciele ZSRR wprowadzili do aktu oskarżenia zarzut odpowiedzialności za zbrodnię katyńską. Trybunał norymberski w wydanym w 1946 r. wyroku pominął jednak sprawę zamordowania polskich oficerów z powodu braku dowodów.

Jednym z historyków, który w ostatnich latach oceniał charakter zbrodni katyńskiej był dr Witold Wasilewski z IPN. Jego zdaniem "skala represji i zbiorowy profil ofiar, motywy podjęcia decyzji i sposób jej przeprowadzenia - kwalifikują ją do uznania za zbrodnię ludobójstwa".

Wasilewski przypomniał, że ofiary łączyło to, że byli częścią elity polskiego społeczeństwa i właśnie ta przynależność stanowiła główny powód skazania ich na śmierć i zamordowania.