Na schodach bazyliki trumnę z ciałem Franciszka powitało kilkadziesiąt osób - bezdomnych, ubogich, migrantów, więźniów. Każdy z nich trzymał w rękach symbol pożegnania - białą różę. W ten sposób osoby najbardziej zmarginalizowane otrzymały przywilej pożegnania się jako ostatni z papieżem, który zawsze upominał się o ich prawa i dbał o to, by ich dostrzegano.

Tak jak wcześniej po Mszy św. żałobnej przed bazyliką św. Piotra trumnę uniesiono do góry ukazując ją zgromadzonym na placu przed świątynią.

W czasie procesji z trumną przez bazylikę schola śpiewała łacińską antyfonę „Ja jestem zmartwychwstaniem i życiem. Kto we Mnie wierzy, choć i umarł, żyć będzie. Każdy, kto żyje i wierzy we Mnie, nie umrze na wieki”, a następnie Psalm 113A (114): „Gdy Izrael wychodził z Egiptu, dom Jakuba - od ludu obcego, przybytkiem jego stał się Juda, Izrael jego królestwem”.

Trumna zatrzymała się przed Kaplicą Paulińskiej, w której znajduje się ikona Matki Bożej Salus Populi Romani (Ocalenie Ludu Rzymskiego) - przed którą Franciszek wielokrotnie się modlił, m.in. przed i po każdej swojej podróży apostolskiej. Ostatni raz był tam 12 kwietnia, w przeddzień Niedzieli Palmowej. Dzieci, tak jak zwykł to robić zmarły papież, złożyły przed ikoną kosze białych róż.

Po chwili „pożegnania” Franciszka z Maryją w tym wizerunku trumna została przeniesiona w pobliże grobu, znajdującego się - zgodnie z wolą Franciszka - w ziemi, w niszy w nawie bocznej pomiędzy Kaplicą Paulińską a Kaplicą Sforzów, w pobliżu ołtarza św. Franciszka.

Po antyfonie: „Otwórzcie mi bramy sprawiedliwości: chcę wejść i złożyć dzięki Panu”, zabrzmiały fragmenty Psalmu 118 (117): „Dziękujcie Panu, bo jest dobry, bo łaska Jego trwa na wieki. (…) Nie umrę, lecz będę żył i głosił dzieła Pańskie”. Po kolejnej antyfonie: „Dusza moja pragnie Boga, Boga żywego: kiedyż więc przyjdę i ujrzę oblicze Boga?” zaśpiewano Psalm 42: „Jak łania pragnie wody ze strumieni, tak dusza moja pragnie Ciebie, Boże”. Następna antyfona: „Ciało moje będzie spoczywać z ufnością” poprzedziła Psalm 16: „Zachowaj mnie, Boże, bo chronię się u Ciebie, mówię Panu: «Tyś jest Panem moim; nie ma dla mnie dobra poza Tobą»”.

Kamerling Kościoła Rzymskiego kard. Kevin Farrell wezwał: „Drodzy bracia i siostry, pokornie błagajmy Boga, Ojca miłosierdzia, za naszego papieża Franciszka, który zasnął w Panu”. Kantor wznosił do Boga prośby: „Niech Bóg uwolni duszę naszego Papieża Franciszka z władzy ciemności”, „Niech w swojej dobroci odpuści mu grzechy”, „Niech przyjmie jego dobre uczynki”, „Niech zechce go przyjąć do miejsca pokoju i światłości”, „Niech udzieli mu szczęścia wiecznego wraz ze świętymi i swymi wybranymi”, na co zebrani odpowiadali „Domine miserere” (Panie, zmiłuj się).

Po modlitwie „Ojcze nasz”, odmówionej przez wszystkich zebranych, kard. Farrell kontynuował: „Wszechmogący Boże, przez śmierć na krzyżu Syna Twojego Jezusa Chrystusa zniweczyłeś śmierć naszą, a przez jego spoczynek w grobie i przez chwalebne zmartwychwstanie uświęciłeś mogiły i przedziwnie przywróciłeś nam życie nieśmiertelne, przyjmij nasze modlitwy za Twojego sługę, Papieża Franciszka, który umarł wraz z Chrystusem i z nim pogrzebany, oczekuje nadziei zmartwychwstania. Boże żywych i umarłych, spraw łaskawie, aby ten, który służył Ci wiernie na ziemi, chwalił Cię bez końca w szczęściu niebios. Przez Chrystusa, Pana naszego”, a także - wraz ze wszystkimi obecnymi - „Wieczny odpoczynek racz mu dać Panie. A światłość wiekuista niechaj mu świeci. Niech odpoczywa w pokoju. Amen”.

Drewnianą trumnę opatrzono pieczęciami Kardynała Kamerlinga Świętego Kościoła Rzymskiego, Prefektury Domu Papieskiego, Urzędu Papieskich Celebracji Liturgicznych i Kapituły Bazyliki Matki Bożej Większej, złożono do grobu, po czym kard. Farrell pokropił ją wodą święconą. Na zakończenie zaśpiewano antyfonę Maryjną okresu wielkanocnego „Regina caeli” (Królowo nieba, wesel się).

Notariusz Kapituły Bazyliki Matki Bożej Większej sporządził autentyczny akt poświadczający pochówek i odczytał go obecnym. Następnie dokument został podpisany przez Kardynała Kamerlinga Świętego Kościoła Rzymskiego, Regensa Domu Papieskiego, Mistrza Papieskich Celebracji Liturgicznych i na końcu przez notariusza. Na tym zakończyły się obrzędy pogrzebu papieża Franciszka.

Ceremonia złożenia trumny w grobie miała charakter prywatny i nie była transmitowana prze watykańskie media. Wzięli w niej udział jedynie członkowie Domu Papieskiego - duchowni i świeccy współpracownicy papieża. Wśród nich byli Polacy: archiprezbiter Bazyliki Papieskiej Matki Bożej Większej, kard. Stanisław Ryłko, papieski jałmużnik, kard. Konrad Krajewski, członkowie kapituły tej bazyliki, ks. infułat Michał Jagosz oraz ks. prał. Mieczysław Niepsuj. Ponadto penitencjarze mniejsi zwyczajni - dominikanie: o. Jacek Buda, o. Artur Hącia, o. Wojciech Morawski i o. Krzysztof Popławski.

Nad prostym grobem, na posadzce, umieszczono płytę z napisem „Franciscus”, wykonaną z marmuru liguryjskiego (z ziemi,z której pochodzili dziadkowie zmarłego papieża), a nad nim reprodukcję papieskiego krzyża pektoralnego. Wierni będą mogli odwiedzać grób Franciszka od niedzieli 27 kwietnia.

Bazylika Matki Bożej Większej jest miejscem pochówku również sześciu innych papieży: Honoriusza III (1216-1227), św. Piusa V (1566-1572), Sykstusa V (1585-1590), Klemensa VIII (1592-1605), Pawła V (1605-1621) i Klemensa IX (1667-1669). Jednak grobowiec Honoriusza III uległ zniszczeniu podczas przebudowy świątyni i nie można go już odnaleźć.