Od początku rok 1953 zapowiadał się tragicznie. Już w pierwszych tygodniach nowego roku Polacy mogli śledzić proces księży Kurii krakowskiej, podczas którego prokurator i sędziowie skazywali na kary więzienia niewinne osoby. Proces pokazowy miał także swoje konsekwencje w postaci listu podpisanego przez niemal wszystkich pisarzy krakowskich, potępiającego faktyczne ofiary reżymu, oskarżone o szpiegostwo, o defraudacje pieniędzy i wiele innych przestępstw. Nie ucichła propagandowa wrzawa wokół dawnych współpracowników nieżyjącego już kard. Adama S. Sapiehy, gdy 9 lutego 1953 r. komuniści wprowadzili jednostronnie i z zaskoczenia dekret o obsadzaniu stanowisk kościelnych. Wkrótce zamknęli „Tygodnik Powszechny” – za to, że redakcja odmówiła zamieszczenia portretu Stalina, który zmarł 5 marca, co wywołało zorganizowaną histerię całego społeczeństwa po utracie „Słońca” i „Budowniczego pokoju”. W marcu 1953 r. władze zamknęły również Tygodnik Katolicki „Niedziela”. Wspomniany dekret w sposób jednoznaczny wprowadzał zapisy umożliwiające komunistom wkraczanie w politykę kadrową Episkopatu Polski, a także wymuszał składanie przysięgi na wierność PRL nowo mianowanym wikarym czy proboszczom, w końcu biskupom. Urząd ds. Wyznań natychmiast rozpoczął realizację dekretu, grożąc sankcjami, jeśli poszczególni biskupi nie podporządkują się jego literze. Pierwsza lista kapłanów do zwolnienia była już gotowa w marcu 1953 r. W tej atmosferze, z inicjatywy prymasa Polski, w Krakowie 8 maja 1953 r. opracowano słynny Memoriał skierowany do władz, a kończący się słowami: „non possumus” – nie pozwalamy. Memoriał był adresowany do Bolesława Bieruta, który jednak przez kolejne tygodnie milczał.

Nastał więc dzień 4 czerwca 1953 r., czwartek – Boże Ciało. Centralna procesja w Warszawie szła po raz pierwszy od kilkunastu lat tradycyjną drogą, czyli Krakowskim Przedmieściem, do 4 ołtarzy: przy Domu Cechu Krawców, przy dawnej prokatedrze św. Józefa, przy figurze Matki Boskiej Passawskiej oraz przy kościele św. Anny. Jak notował prymas w „Zapiskach”: „Matka Boża jest bardzo łaskawa. Dostarczyła polskiemu niebu tyle swego płaszcza, ile potrzeba na drogę swemu Synowi w Bożym Ciele”. Tam, przy 4. ołtarzu, Kardynał wygłosił przemówienie skierowane do 200 tys. wiernych. Tematem przewodnim było ustanowienie sakramentu kapłaństwa. „Gdzie kapłaństwo jest w niewoli, tam nie ma wolności sumienia” – mówił Prymas, zwracając się także do władz państwowych. I powtórzył słowa zawarte w Memoriale: „Nie wolno sięgać do ołtarza, nie wolno stawać między Chrystusem a kapłanem, nie wolno gwałcić sumienia kapłana, nie wolno stawać między biskupem a kapłanem. Uczymy, że należy oddać, co jest Cezara, Cezarowi, a co Bożego – Bogu. Ale gdy Cezar siada na ołtarzu, to mówimy krótko: nie wolno!”. Przemówienie Prymasa było odnotowane przez agenturę tkwiącą w tłumie słuchających. Już kilka dni później najważniejsi spośród komunistów opracowali specjalny dokument pt. Tezy w sprawie polityki wobec Kościoła, w którym faktycznie zawarto postulat o dalszym zaognieniu konfliktu. Żadnego kompromisu! Władze uzyskały zgodę od Moskwy, by aresztować Kardynała. Należało jedynie przygotować opinię publiczną, by zatrzymanie Prymasa Polski i pozbawienie go wszelkich stanowisk kościelnych nie wywołało buntu społecznego. Jednym z instrumentów mających skompromitować kard. Stefana Wyszyńskiego były organizowane w miesiącach letnich wiece potępiające i artykuły szkalujące, a apogeum tej nagonki, personalnie uderzającej w głowę Kościoła w Polsce, stanowił proces bp. Czesława Kaczmarka, zakończony hańbiącym wyrokiem we wrześniu 1953 r. Należało jeszcze zmusić Kardynała, by sam potępił skazanego i przyznającego się do winy hierarchę. Nic z tego, odmowa Prymasa była bezpośrednią przyczyną jego aresztowania. A raczej – pretekstem, bo decyzja o zatrzymaniu zapadła wcześniej.

W grudniu 1953 r. biskupi złożyli stosowne przyrzeczenie na wierność PRL, a prymas przebywał zamknięty w Stoczku Warmińskim. A jednak historia kolejnych lat potoczyła się inaczej, niż chcieliby komuniści. Do akcji wkroczyła Matka Boża, której w celi w grudniu 1953 r. zawierzył swe życie więzień – kard. Stefan Wyszyński.