"Skoro tylko rozeszła się smutna wiadomość o śmierci ks. biskupa Pelczara, ukazały się na wieży katedralnej i innych kościołach, jak i na gmachach rządowych flagi żałobne, a mieszkańcy Przemyśla i okolic pośpieszyli bardzo tłumnie pomodlić się przy zwłokach Drogiego Arcypasterza, który ubrany w szaty pontyfikalne spoczywał w jednej z komnat pałacu biskupiego" (Ziemia Przemyska 5.04.1924).
28 marca 1924 r. o godzinie 2.00 w nocy, w wieku 82 lat zmarł bp Józef Sebastian Pelczar. "Jako człowiek i kapłan - szlachetny, łagodny i przystępny dla każdego jako Polak - głębokim uczuciem kochający Ojczyznę" - pisała Ziemia Przemyska.
O zgonie bp. Pelczara Kapituła Przemyska telegraficznie poinformowała Stolicę Apostolską. Eksportacja zwłok z pałacu biskupiego do katedry nastąpiła 31 marca w godzinach popołudniowych. Wzięli w niej udział biskupi i duchowni obrządków łacińskiego i greckokatolickiego.
Następnego dnia od godziny 5.00 rano odprawiane były Msze św. za spokój duszy śp. Arcypasterza. Uczestniczyło w nich ok. 500 kapłanów. Od godziny 8.00 do 9.00 nabożeństwa odprawiali biskupi. O godzinie 9.00 metropolita Szeptycki wraz z bp. Kocyłowskim, prałatami i kanonikami kapituły greckokatolickiej odprawił cichą Mszę św. O godzinie 10.00 rozpoczęła się pod przewodnictwem kard. Kakowskiego uroczysta Msza św. pogrzebowa. Uczestniczyli w niej przedstawiciele władz państwowych na czele z wojewodą lwowskim Zimnym, który reprezentował Prezydenta RP. Podczas tego podniosłego nabożeństwa śpiewał chór Towarzystwa Muzycznego pod batutą ks. L. Turzyńskiego i kp. Dwernickiego. Po nabożeństwie mowę pogrzebową wygłosił bp Fischer "kreśląc w rzewnych słowach obraz życia zmarłego Arcypasterza, wszechstronność Jego umysłu i rozległą wiedzę, olbrzymie zasługi na niwie kościelnej, jak i społeczno-narodowej. Przemowy słuchano ze skupieniem i namaszczeniem". Po zakończeniu kazania, ekzekwie - według obrządku greckokatolickiego - odprawił bp Kocyłowski. Następnie odbył się - przypisany przy pogrzebach biskupów - uroczysty obrzęd zwany "castrum doloris". Rozpoczął go kard. Kakowski, a zakończyło odśpiewanie przy czterech rogach katafalku modlitw przez arcybiskupa lwowskiego Twardowskiego, biskupa tarnowskiego Wałęgę, biskupa krakowskiego Sapiehę i biskupa sandomierskiego Ryxa.
O godzinie 12.30 wyruszył z przemyskiej katedry "olbrzymi pochód pogrzebowy, posuwając się ulicami: Katedralną, Fredry, Rynkiem i Gimnazjalną do kościoła Serca Jezusowego, który śp. Arcypasterz wybrał sobie miejsce wiecznego spoczynku. Po odśpiewaniu ostatnich modłów przez kard. Kakowskiego złożono śmiertelne szczątki w podziemiach kaplicy Matki Boskiej Częstochowskiej".
W tych dniach cały Przemyśl pogrążony był w głębokiej żałobie. Odszedł wielki kapłan, który od 1901 r. kierował przemyską owczarnią. Odszedł wielki człowiek zawsze gotowy pochylić się nad potrzebującym. Odszedł wielki Polak, którego serce było napełnione miłością do Ojczyzny.
Od śmierci bp. Józefa Sebastiana Pelczara minęło 79 lat. Już za kilka miesięcy dołączy On do grona świętych. Dziękujmy Bogu za ten wielki dar.