Rozważając tajemnicę niezgłębionego miłosierdzia Boga względem ludzkości, Ojcowie Kościoła wychodzili od lektury Pisma Świętego. Biblia często opisuje Boga za pomocą dwóch przymiotników – łagodny i miłosierny (np. Ps 145,8). Ponieważ jednak na kartach Starego Testamentu można odnaleźć fragmenty wskazujące na surową i karzącą Bożą sprawiedliwość, niektóre środowiska chrześcijan zaczęły bardzo ostro przeciwstawiać surowego Boga Starego Testamentu dobremu Bogu objawionemu przez Jezusa Chrystusa. Najbardziej znanym przykładem jest tu herezja Marcjona, który w II wieku głosił swoje kontrowersyjne poglądy w Azji Mniejszej, a następnie w Rzymie. Przeciwstawił on radykalnie sprawiedliwość miłosierdziu. Odrzucił cały Stary Testament, a za natchnione uznał jedynie listy św. Pawła i Ewangelię wg św. Łukasza (poza fragmentami, które odnosiły się do Starego Testamentu). W 144 r. został wyłączony z Kościoła rzymskiego i założył własną wspólnotę. W polemikę z Marcjonem weszli m.in. św. Ireneusz z Lyonu i Tertulian. Ireneusz podkreślał jedyność Boga, będącego Stwórcą świata i Ojcem odwiecznego Słowa, które stało się ciałem. Stworzenie i odkupienie są dziełem jednego i tego samego Boga. Boże miłosierdzie objawia się przez to, że człowieka zniekształconego przez grzech Bóg odnowił w Chrystusie i powołuje do radości życia wiecznego. Bóg wymaga wszakże od człowieka autentycznego nawrócenia w celu otrzymania przebaczenia grzechów. Człowiek zatem nie może poprzestać na samej ufności w Bożemu miłosierdzie, ale też winien wypełniać przykazania, a kiedy zgrzeszy, podjąć szczerą pokutę.

O historii zbawienia jako dziele Bożego miłosierdzia tak pisał Orygenes: „A zatem na podobieństwo tego obrazu został stworzony człowiek; dlatego też nasz Zbawiciel, który jest obrazem Boga, poruszony miłosierdziem względem człowieka stworzonego na Jego podobieństwo i widząc, że człowiek, odrzuciwszy Jego obraz, przyjął obraz złego ducha, przepełniony miłosierdziem sam przybrał obraz człowieka i przyszedł do niego”.

W porównaniu z judaizmem chrześcijaństwo przynosi zasadniczą nowość w spojrzeniu na Boże miłosierdzie. Ono uosabia się w Jezusie Chrystusie, Jednorodzonym Synu Bożym, który stał się człowiekiem. Bardzo dobitnie wyraził to św. Cezary z Arles: „Niebieskim i prawdziwym miłosierdziem jest Pan nasz Jezus Chrystus. Jak słodkie i jak łaskawe jest to miłosierdzie, którego chociaż nikt nie szukał, samo dobrowolnie zstąpiło z nieba i uniżyło się, żeby nas wywyższyć”. Warto tu też przywołać ponownie Orygenesa: „Podobnie możesz myśleć o Zbawicielu: litując się nad rodzajem ludzkim, zstąpił na ziemię, a doznał naszych wzruszeń, zanim poniósł mękę na krzyżu i zechciał przyjąć nasze ciało. Gdyby bowiem się nie wzruszył, nie wkroczyłby w życie ludzkie. Najpierw doznał wzruszenia, a potem zstąpił i pozwolił się ujrzeć. Czym jest owo wzruszenie, którego doznał z naszego powodu? Jest to wzruszenie miłości”. Wyrazem głębokiej refleksji nad Bożym działaniem wobec człowieka są też słowa św. Izaaka Syryjczyka: „Bóg stał się człowiekiem, żeby ochronić człowieka przed samym sobą. Miłosierdzie Boga polega na tym, by cię ochronić przed tobą samym”.

Spośród Ojców Kościoła jako wielki piewca miłosierdzia Bożego wyróżnia się św. Augustyn. Biskup Hippony osobiście doświadczył głębi i darmowości działania łaski Bożej, o czym wspomina w słowach: „Przemilczać Twoją chwałę mogą tylko ci, którzy nie rozważają Twego miłosierdzia, a ja, rozpoznawszy je, z samego dna mojej duszy sławię Ciebie (…). Tobie cześć, Tobie chwała, Źródło miłosierdzia! W miarę jak się pogłębiała moja niedola, Ty byłeś coraz bliżej mnie”. Poznawszy wielkość Bożego miłosierdzia, często podkreślał tę prawdę: „Wiele jest sposobów ludzkiego życia, ale Bóg obiecuje jedno życie. Daje nam je nie z powodu naszych zasług, ale ponieważ jest miłosierny. Cóż bowiem dobrego uczyniliśmy, aby na to zasłużyć? Jakie dobre uczynki poprzedziły to, że Bóg udzielił nam swojej łaski? Czyżby dostrzegł sprawiedliwość godną nagrody, a nie przestępstwa, które przebaczył? Czyż nie byłby sprawiedliwy, gdyby zechciał ukarać przestępstwa, które przebaczył? Cóż byłoby bardziej sprawiedliwe, niż ukarać grzesznika? Rzeczą sprawiedliwości jest ukarać grzesznika, rzeczą Jego miłosierdzia zaś go nie karać, lecz usprawiedliwić, z grzesznika uczynić sprawiedliwego, a z bezbożnika pobożnego”.