W osobie św. Józefa Sebastiana Pelczara mamy wzór wielkiego czciciela Matki Bożej Leżajskiej. Tej pobożności nauczyła go matka Maria, która każde urodzone dziecko szła ofiarować Matce Bożej w Leżajsku - "Jej miłościwej opiece". W autobiografii bp Pelczar pisał: "Z ust matki to wiem, że ofiarowała mnie pierwej niż na świat przyszedłem opiece Najświętszej Panny przed Jej obrazem w Leżajsku we wrześniu, dokąd w 1841 r. odprawiła pielgrzymkę". Do tego sanktuarium maryjnego rodzina Pelczarów pielgrzymowała często. Świątynia Leżajska z cudownym obrazem stała się od tego czasu szczególnie drogim mu miejscem, które przy każdej okazji odwiedzał. We wrześniu 1852 r., gdy miał rozpoczynać gimnazjum w Rzeszowie, odbył z rodzicami pierwszą pieszą pielgrzymkę do Leżajska. W autobiografii tak pisze o tym wydarzeniu: "Byłem z rodzicami w Leżajsku na obchodzie setnej rocznicy koronacji cudownego obrazu Najświętszej Panny Maryi; były tam takie ciżby, że mnie w kościele mało nie uduszono. Podczas ostatniej procesji, którą prowadził biskup przemyski Franciszek Ksawery Wierzchlejewski, wlazłem na płot z innymi; tymczasem płot się załamał i wszyscy pospadaliśmy na piasek".
W Rzeszowie, gdzie pozostawał w szkole, spędzał wiele czasu w kolejnym sanktuarium bernardyńskim - u Pani Rzeszowa. Przed Statuą łaskami słynącą codziennie modlił się do Najświętszej Panny w wieczornym pacierzu.
Ks. Józef Jałowy pisze, że studenci rzeszowscy mieli zwyczaj, że codziennie wieczorem przychodzili pod kościół bernardynów i tu, na zewnątrz kościoła, przed obrazem Maryi namalowanym na murze prezbiterium, odmawiali wieczorny pacierz. Do najpilniejszych w tym względzie należał student Pelczar.
Również podczas studiów seminaryjnych Pelczar troskliwie pielęgnował nabożeństwo do Najświętszej Panienki. Odbył kilka pielgrzymek do cudownych miejsc, m.in. do Kalwarii Pacławskiej, do Leżajska na uroczystość Narodzenia Najświętszej Maryi Panny, gdzie podczas Sumy odpustowej spełniał funkcje subdiakona, a w rok później diakona. Zresztą raz po raz udawał się "do Matuchny w Leżajsku", aby się "z Nią radzić, jak dalej życie urządzić". Jej powierzał swe sprawy, swe plany i decyzje, Jej także przychodził dziękować. W autobiografii pisze: "Dzięki Jej opiece i poparciu życzliwych ludzi otrzymałem 19 marca 1868 r. nominację na profesora zwyczajnego historii kościelnej i prawa kanonicznego". Przybywał co pewien czas do matki Bożej w Leżajsku, nawet po to, aby uprosić sobie Jej opiekę na dalszą drogę życia. Tak było przed przeniesieniem się do Krakowa. Gdy został rektorem UJ również najpierw swoje kroki skierował do Leżajskiej Pani, bo tam spodziewał się uzyskać potrzebne światło i siłę.
Jako biskup koronował bardzo wiele obrazów Matki Bożej i jak potrafił, szerzył nabożeństwo ku Jej czci. Św. Biskup Pelczar uczy nas, że ufność pokładana w Matce Bożej, nigdy nie zawiedzie.