Pod koniec XIX stulecia w Rzeszowie rozpoczęto szereg inwestycji związanych z wojskowością. Na tzw. Wygnańcu (dzisiejsza ul. Dąbrowskiego) rozpoczęto budowę koszar dla kawalerii, a przy ul. Langiewicza po 1901 r. powstały koszary dla Obrony Krajowej. Był to jeszcze okres zaboru austriackiego. Przed wybuchem I wojny światowej garnizon rzeszowski liczył 3000 żołnierzy. Nauczyciel szkoły powszechnej z Rzeszowa Antoni Weiss rozpoczął starania o utworzenie parafii garnizonowej w kościele poreformackim zamienionym na wojskowe magazyny. W 1921 r. pierwszym proboszczem parafii garnizonowej został były legionista ks. mjr Franciszek Kisiel.

Rzeszowskie gazety w okresie międzywojennym pisały, że świątynia przybiera coraz piękniejszą szatę. Założono sygnaturkę, w nawie głównej pojawiło się sklepienie żelazno-betonowe. Wewnątrz na filarach i ścianie frontowej odsłonięto pod tynkiem cenne freski z XVIII wieku przedstawiające świętych franciszkańskich. Utworzono specjalny komitet restauracyjny kościoła, który otrzymał ze Lwowa piękny ołtarz z katedry ormiańskiej. Ponoć wyryta była na nim data 1462 r. Z tej samej katedry komitet otrzymał ambonę z XVI wieku oraz ołtarz z kościoła św. Mikołaja we Lwowie. Uzyskano także dwa inne ołtarze z muzeum przemysłowego we Lwowie. We wspomnianym ołtarzu głównym w polu centralnym znajduje się przedstawienie św. Dominika, który otrzymuje od Matki Bożej różaniec. W bocznych ołtarzach odnajdujemy obrazy Matki Bożej Królowej Polski i obraz Miłosiernego Jezusa. Obraz Jezusa Miłosiernego, który powstał niedługo po pierwszym obrazie umieszczonym w Wilnie, został namalowany w 1939 r. przez Antoniego Kamińskiego lub Michalinę Janoszankę (krakowską uczennicę Jacka Malczewskiego, pochodzącą z Rzeszowa). Jest to jedno z pierwszych wyobrażeń Miłosierdzia Bożego. W kościele znajduje się też kopia figury Matki Bożej Ludźmierskiej. Kościół ma także podziemne krypty, w których spoczywają doczesne szczątki dobrodziejki kościoła księżnej Marianny Lubomirskiej, sześciu reformatów i konfederatów barskich z XVIII wieku. Z Marianną Bielińską książę Jerzy Lubomirski doczekał się synów Teodora i Hieronima oraz córki Marianny. Jak wynika z epitafium, znajdującego się kiedyś w kościele reformatów w Rzeszowie, sześcioro innych dzieci zmarło. Kiedy zmarła jego małżonka, również pochowana w kościele reformatów w Rzeszowie, napisał dla niej pięknie na epitafium: „Tu leży skarb, nie ciało, depozyt najdroższy. Piękna, serce pobożne i uroda, którą mogliśmy słusznie nazwać swych czasów Pandorą…”. Podczas renowacji świątyni komitet odrestaurowania kościoła wydał specjalne cegiełki wspomagające ten cel. Parafia wojskowa istniała tutaj do wybuchu II wojny światowej w 1939 r.

Po wojnie staraniem ks. płk. Juliana Humeńskiego odnowiono kościół, a w 1960 r. biskup przemyski Franciszek Barda poświęcił odbudowaną świątynię. 14 sierpnia 1969 r. bp Ignacy Tokarczuk ustanowił przy kościele parafię wojskowo-cywilną pod wezwaniem Matki Bożej Królowej Polski.