Budowa kościoła i klasztoru

Na początku 1600 r. postarano się o zgodę na budowę cegielni po drugiej stronie Bugu, celem przygotowania materiału do budowy murowanego kościoła i klasztoru w Sokalu. Uzyskano także zgodę króla Zygmunta III na podjęcie tej poważnej inwestycji, która miała także mieć znaczenie strategiczne dla Rzeczypospolitej. W tym czasie osuszono część leżącego przy kościółku terenu, zbudowano drewniany most na Bugu oraz drogę, łączącą klasztor z miastem, następnie kaplicę na cmentarzu kościelnym do sprawowania sakramentu pokuty i wygody pielgrzymów obu obrządków, którzy przybywali tam coraz tłumniej. W 1604 r. biskup chełmski Jerzy Zamoyski poświęcił kamień węgielny pod budowę nowego kościoła-sanktuarium. Miał on być największą i najokazalszą świątynią w okolicy. W nim miała się znaleźć odpowiednia kaplica dla obrazu Matki Bożej Sokalskiej.
Budowa kościoła trwała kilkanaście lat, z powodu trudności materiałowych i braku funduszów. Jednak popularność miejsca szybko zjednywała coraz to nowych dobrodziejów. Wśród nich znaleźli się: król Zygmunt III, kanclerz wielki koronny i hetman wielki koronny Jan Zamoyski, a potem jego syn Tomasz, Mikołaj Zebrzydowski, Stanisław Żółkiewski, Jerzy Mniszech, a rody Daniłłowiczów i Sobieskich stały się na długie lata opiekunami tego miejsca. Konsekracji całkowicie wykończonego i wyposażonego kościoła pod wezwaniem Matki Bożej Pocieszenia dokonał również biskup chełmski Jerzy Zamoyski. Kościół był barokowy, trzynawowy, z obszernym chórem zakonnym i wysoką wieżą, dominującą nad całą okolicą. Obraz Matki Bożej Sokalskiej został umieszczony w ozdobnym ołtarzu w lewej nawie świątyni. Do kościoła przylegała zakrystia ze skarbcem, gdzie zabezpieczano naczynia liturgiczne i coraz kosztowniejsze wota, składane dla cudownego obrazu.
W tym okresie wzniesiono również na planie czworoboku masywne mury obronne, posiadające cztery obronne baszty. Mury klasztorne były otoczone głębokimi fosami, napełnionymi wodą. Starosta sokalski i inni dobrodzieje dostarczyli armaty i sprzęt, potrzebny do skutecznej obrony przed ewentualnym atakiem nieprzyjaciela. Rzeki Bug i Rata podnosiły obronność tego szczególnego miejsca. Później klasztor posiadał także przygotowaną do obrony załogę, którą wzmacniali zakonnicy i ludność szukająca tu schronienia.
W 1617 r. rozpoczęto budowę obszernego murowanego klasztoru, który mógłby pomieścić sześćdziesięciu zakonników i znaczną liczbę okolicznej ludności na wypadek zawieruchy wojennej. Miał on być dobudowany do kościoła od strony północnej jako bezpieczniejszej w czasie nieprzyjacielskiego najazdu. Budowa klasztoru trwała również długo, z powodu braku funduszy. Utrudnienie w pracach budowlanych stanowiły także i liczne powodzie, zalewające niekiedy wysepkę, na której stał klasztor. Nierzadkie były również w tamtych czasach najazdy tatarskie, docierające aż do Sokala. Z tych powodów do klasztoru wprowadzono się dopiero po 1630 r. W międzyczasie ubogacano wystrój kościoła, m.in. zrobiono nowy, jeszcze okazalszy ołtarz Matki Bożej. Szczególnym dobroczyńcą na tym etapie rozwoju sanktuarium był Jakub Sobieski, starosta krasnostawski, ojciec króla Jana III.