Na Papieskim Wydziale Teologicznym zainaugurowano rok akademicki 2003/2004 18 października o godz. 12.00 Mszą św., której przewodniczył bp Wiesław Mering. Podczas Liturgii nowi wykładowcy: ks. dr Artur Niemira i ks. dr Jacek Bąk złożyli wyznanie wiary.
Zrezygnowano z wykładu inauguracyjnego, za który mogła w istocie służyć homilia wygłoszona przez Pasterza diecezji, dotycząca specyfiki studiów teologicznych. Zdaniem Księdza Biskupa, teologia to nie tylko wiedza - to studium Bożej mądrości. Natomiast mądrość - to wiedza oddana w służbę miłości i wierność wartościom. Teologia musi się rodzić na klęczkach, gdyż wynika z modlitwy i wiedzy.
Dalsza część uroczystości odbywała się w auli ks. Jerzego Popiełuszki. Powitanie i przemówienie inauguracyjne wygłosił ks. dr Dariusz Kaliński - dyrektor Oddziału w Koninie. Od 1990 r. uczelnię ukończyło 206 absolwentów. Obecnie pobiera tu naukę 270 osób, z których 39 to studenci pierwszego roku. Pracuje z nimi 44 wykładowców; studenckiej braci przedstawieni zostali nowi nauczyciele: dr Ewa Przygońska, ks. dr Jacek Bąk, ks. dr Artur Niemira, ks. dr Krzysztof Graczyk, ks. dr Tomasz Michalski i dr Przemysław Przewratil. Studenci pierwszego roku otrzymali indeksy z rąk bp. W. Meringa. Pasterz diecezji wręczył również dyplomy 52 absolwentom uczelni.