Według biskupa Pelczara, główny ciężar pracy apostolskiej Kościoła spoczywał na barkach kapłanów. Posiadali oni solidną, a także profesjonalną formację duchową i intelektualną, pozwalającą wypełniać duszpasterską posługę. Ordynariusz przekonywał duchownych, że wobec nawału odpowiedzialnych zadań, powinni najpierw sami, szukać wewnętrznej siły i wsparcia w Bogu. Zachęcał ich do pogłębiania własnego życia duchowego, które stanowiło zasadniczą, a także najważniejszą inspirację w podejmowaniu pracy apostolskiej wśród wiernych świeckich. Kapłani powinni być mężami wszelkiej cnoty, pamiętając o tym, że Chrystus oczekuje od nich, aby stawali się solą ziemi i Ewangelią żywą dla ludu. Do chrześcijańskiej doskonałości miała ich prowadzić gorąca modlitwa, walka z pokusami, częsta spowiedź oraz coroczne rekolekcje. Ordynariusz zwracał się do księży z serdeczną prośbą o to, aby służąc Ludowi Bożemu sami zmierzali do świętości i byli pomocą, a także radością dla swojego arcypasterza: „Pragnę widzieć Was wszystkich świętymi, aby przez Waszą wiarę, pobożność, gorliwość ucieszyło się Boskie Serce Zbawiciela i serce niegodnego Jego sługi; bo wszakże Wy jesteście «radością moją» i «koroną moją», przeto że służycie temu samemu Panu, któremu i ja służę, i jako pastuszkowie pracujecie w tej owczarni, którą straż i pieczę on sam mi powierzył. Wasze też zasługi są zasługami mojemi, Wasze pociechy pociechami mojemu, Wasze boleści boleściami mojemi…” (Przemowa „O zadaniu kapłanów w naszych czasach, Kronika Diecezji Przemyskiej z 1908 r.).
Biskup przypomniał duchownym, że zadania stawiane przed kapłanami a zwłaszcza przed pasterzami owczarni były zawsze niezwykle trudne. Powinni oni bowiem pomimo własnych słabości i licznych pokus uświęcić samych siebie, a także mając świadomość błędów i namiętności ludzkich prowadzić wiernych do prawdy, do cnoty i do zbawienia. Ordynariusz uważał, że posługa duszpasterska w ówczesnym czasie, stawała się uciążliwa, ponieważ oprócz herezji, z którymi Kościół walczył od wieków, w państwach katolickich utworzyły się bardzo silne obozy ateistów. Zdaniem Biskupa, ludzie ci mimo, iż sami w Boga nie wierzyli, to jeszcze wytężali „swe siły, aby wszelką religię, a zwłaszcza katolicką, wygładzić z oblicza ziemi, zepsować aż do szpiku obyczaj chrześcijański i proklamować kult człowieka, jako jedynego bóstwa, a wolność nieograniczoną jako jedyną religię” (tamże).
Biskup apelował do kapłanów, aby świadectwem własnego życia zachęcali wiernych do pracy apostolskiej i jednocześnie nie dawali wrogom Kościoła powodu do żadnych oskarżeń. W swoim postępowaniu nie powinni ubliżać godności kapłańskiej, a szczególnie unikać uczynków, które mogłyby stać się przyczyną zgorszenia. Mieli też wystrzegać się rażących zaniedbań własnych obowiązków, „aby żadnej duszy nie ośmielić do grzechu, a na cały stan kapłański nie ściągnąć niesławy” (tamże). Ordynariusz przypominał, iż gorszące zachowanie stawało się natychmiast dla antyklerykalnej prasy okazją do szeroko zakrojonej akcji propagandowej, zmierzającej do niszczenia moralnego autorytetu duchowieństwa: „Patrzcież, Kochani Bracia, abyście według rozkazu Apostoła, nie dawali nikomu zgorszenia i nie ściągali nagany na posługiwanie Wasze (II. Kor. 6, 3); stąd strzeżcie się nawet cienia złego, bo dziś tysiące ócz podejrzliwie na Was patrzy, a pisma wrogie wyzyskują najlżejsze nawet zboczenie jednostki, by miotać obelgi na cały stan duchowny i wołać, że wszyscy księża są obłudnikami, pasibrzuchami, samolubami, zdziercami, sługami panów, a wrogami i tyranami ludu” (Orędzie do Wielebnego Duchowieństwa w sprawie Związku Katolicko-Społecznego, KDP z 1906 r.).
Kapłani powinni też, według Ordynariusza, coraz bardziej poszerzać swoją wiedzę, a także korzystać z dobrodziejstw nauki. Ciągłe pogłębianie formacji intelektualnej zaowocuje bowiem w pracy duszpasterskiej i katechetycznej. Znaczną pomoc w tej kwestii stanowiła Kronika Diecezji Przemyskiej. Według intencji jej założyciela bp. Pelczara, spełniała ona nie tylko funkcję pisma urzędowego, ale była też praktyczną pomocą duszpasterską. Dlatego oprócz części urzędowej sporo miejsca zajmowały w niej różne artykuły, wykłady, fragmenty szerszych opracowań historycznych, teologicznych, ascetycznych, recenzje wartościowych książek, a także informacje o życiu diecezji. W Kronice Diecezji Przemyskiej znajdowały się też liczne apele do duchowieństwa, zachęcające do ciągłej formacji intelektualnej. W jednym z nich czytamy, że to „nauka przy pobożności i gorliwości kapłańskiej jest obecnie najpotężniejszym czynnikiem w pracy apostolskiej”. Dlatego stawało się rzeczą niemożliwą, aby kapłan w obecnych czasach wytrwał bez niej w pierwotnej gorliwości, gdyż prędzej czy później „zwietrzeje, wyziębnie i zmarnieje” (Przegląd Kościelny w piątym roku istnienia, KDP z 1905 r.). Według Ordynariusza przemyskiego, kapłani powinni odznaczać się mądrością i profesjonalnym przygotowaniem, gdyż „dziś świat nie ceni tak jak dawniej, sukni duchownej, owszem podejrzliwem, a nieraz niechętnym patrzy na nią okiem, ale korzy się zawsze przed wiedzą i cnotą [...], tak niech każdy kapłan świeci promieniami cnoty i wiedzy, ale cnoty i wiedzy gruntownej” (Przemowa Biskupa do Duchowieństwa dnia 13 stycznia 1901 r. podczas intronizacji, KDP z 1901 r.).