16 września 1964 r. rozpoczęły się w Auli Sobrowej obrady trzeciej sesji Soboru Watykańskiego II. Już pierwszego dnia przedmiotem dyskusji był schemat o Kościele. Podjęto między innymi zagadnienia związane z rozdziałem o Matce Bożej. Pierwszym mówcą był kard. Ernesto Ruffini, arcybiskup Palermo, który, jak odnotował kard. Stefan Wyszyński, gorąco przemawiał za przyznaniem Maryi tytułu "Mater Ecclesiae".

Po nim głos zabrał Prymas Polski, który w dłuższym przemówieniu uzasadniał potrzebę ogłoszenia Najświętszej Maryi Panny Matką Kościoła i oddania jej Niepokalanemu Sercu Kościoła. W swojej wypowiedzi powoływał się na nauczanie ostatnich papieży, począwszy od Leona XIII, a na Pawle VI skończywszy, na głosy teologów, na wielowiekową tradycję czci Najświętszej Maryi Panny i na akt oddania rodzaju ludzkiego przez Ojca Świętego Piusa XII w 1942 r.

Po wystąpieniu Księdza Prymasa rozwinęła się bardzo gorąca dyskusja, w której brali udział biskupi z wielu krajów. Jedni nakazywali ostrożność w nadawaniu Matce Bożej nowych tytułów, inni byli przeciwnego zdania. Wśród antagonistów był między innymi kard. Agostino Bea, przewodniczący Sekretariatu do Spraw Jedności Chrześcijan. Mówił on, że Sobór powinien określić tylko to, co jest powszechnie wyznawane przez wszystkich chrześcijan. Dał w ten sposób do zrozumienia, że należałoby liczyć się z odczuciami protestantów.

Po tym dniu pełnym emocji kard. Wyszyński, odnosząc się do dyskusji na forum Soboru, zapisał:

(...) że tajemnica Niewiasty, z którą walczy smok jest nadal aktualna, że istnieje obawa, podsiana argumentem, by nie urażać braci odłączonych nadmiernie rozwiniętym kultem Matki. Najświętsza Maryja ma swoich ostrożnych czcicieli i pełnych uwielbienia wyznawców.

20 września zmarł na atak serca abp Józef Gawlina, duszpasterz Polonii z całego świata. Trzy dni później odbył się jego pogrzeb, podczas którego Ksiądz Prymas wygłosił mowę żałobną, ukazując zasługi abp. Gawliny dla polskich żołnierzy w czasie II wojny światowej i dla emigracji.

W pierwszych dniach października Prymas Tysiąclecia rozmawiał z dostojnikami watykańskimi na temat ustanowienia nowego duszpasterza Polonii. Ksiądz Prymas uważał, że najlepiej na to stanowisko nadawał się ks. Władysław Rubin. Kandydaturę ks. Rubina przedstawił najpierw mons. Luiggiemu Poggi, odpowiedzialnemu ze strony Sekretariatu Stanu za sprawy polskie, potem kard. Amleto Cicognaniemu, Sekretarzowi Stanu Stolicy Apostolskiej. Żeby utrzymać rangę urzędu duszpasterza Polonii, zwrócił się do abp. Antonio Samorego, Sekretarza Kongregacji do Spraw Nadzwyczajnych, z prośbą o mianowanie go biskupem sufraganem gnieźnieńskim.

Argumenty Księdza Prymasa przyniosły potrójny skutek. Dwóch z nich można było się spodziewać. Ks. Rubin został mianowany 22 października duszpaterzem Polonii. 18 listopada papież Paweł VI powołał go do godności biskupiej. Nieoczekiwanym, trzecim, chociaż chronologicznie pierwszym, efektem było powierzenie 20 października Prymasowi Polski przez Pawła VI opieki duszpasterskiej nad Polonią. Ksiądz Prymas miał prawo mianować swojego delegata. W ten sposób powrócono do stanu sprzed II wojny światowej, kiedy to Prymas Polski odpowiadał za duszpasterstwo Polonii. Przywrócenie takiego stanu było wyrazem uznania przez Watykan normalizacji sytuacji politycznej w świecie.