Wolin jest jednym z najstarszych miast pomorskich. Identyfikuje się go z występującym w źródłach skandynawskich Jomsborgiem i legendarną Winetą. Pierwsze osiedle powstało przy przeprawie przez Dziwnę na przełomie VII-VIII wieku. W X wieku rozbudował się Wolin w umocniony gród, dwa umocnione i jedno otwarte przedmieścia. Liczył wtedy ok. 8-10 tys. mieszkańców. Tak licznego ośrodka osadniczego nie było wówczas na obszarze Polski. Koniunktura Wolina opierała się na handlu, wyrósł on na największy ośrodek handlowy nad Bałtykiem. W 967 r. książę Mieszko I na pewien czas przyłączył Wolin do swego państwa, następnie był on częścią władztwa książąt zachodniopomorskich.
Chrześcijaństwo docierało do Wolina dzięki kontaktom handlowym. Było tolerowane prywatnie, jednakże oficjalnym kultem pogańscy Wolinianie obdarzali Trygława, który miał tam swoją świątynię. Fiaskiem zakończyła się próba nawracania Wolinian podjęta przez bp. Bernarda Hiszpana. W 1124 r. dotarła tu misja chrystianizacyjna bp. Ottona z Bambergu i ona dopiero po niełatwych zabiegach osiągnęła sukces. Świątynia Trygława została zniszczona. Wolinianie przyjęli chrzest, ufundowano dwa kościoły - pw. św. Michała i św. Wojciecha. 14 października 1140 r. Wolin został siedzibą utworzonego przez papieża Innocentego II biskupstwa. Rezydował tu Biskup Wojciech, towarzysz misyjny św. Ottona. W 1176 r., z uwagi na kilkakrotne niszczenie miasta przez napady Duńczyków, siedzibę biskupstwa z Wolina przeniesiono do Kamienia Pomorskiego.
Następny etap rozwoju miasta nastąpił od poł. XIII wieku (nigdy jednak nie dorównał temu z X wieku). W 1277 r. książę Barnim I nadał miastu prawa lubeckie. W dokumencie fundacyjnym Zakonu Cystersek wystawionym 29 października 1288 r. po raz pierwszy wymieniony jest kościół św. Mikołaja (obok św. Jerzego - wcześniej św. Wojciecha i św. Michała) w 1534 r. Przyjęcie przez książęta w 1534 r. religii luterańskiej jako obowiązującej na Pomorzu oddaje kościół do 1945 r. w posiadanie protestantów. W kościele św. Mikołaja pierwszym pastorem (do 1548 r.) był bliski współpracownik Marcina Lutra, urodzony w Wolinie reformator religii na Pomorzu Jan Bugenhagen.
Podczas wojny trzydziestoletniej miasto zdobyli i podpalili w 1628 r. Duńczycy. Pożar zniszczył także kościół św. Mikołaja. W II ćwierci XVII wieku kościół odbudowano. Wtedy to wieża uzyskała barokowy hełm ze smukłym szpicem, a sklepienia zastąpiono stropem belkowym. W tym też wieku sprawiono bogate wyposażenie. Renesansową ambonę w 1637 r. ufundowało małżeństwo z Wolina Jakub Schulze i Anna Zofia Barkow. Kościół otrzymał ołtarz z końca XVII wieku, empory, organy, płyty nagrobne. Wiek XVIII przyniósł znaczne spękania i zniszczenia murów. Zaistniała konieczność podjęcia prac remontowych. Zaczęte w 1857 r. trwały do 1898 r. Te 40 lat to właściwie kompleksowa odbudowa świątyni. Zburzono wówczas ściany naw bocznych i postawiono nowe, częściowo przemurowano ścianę wschodnią, zmieniono zwieńczenie wieży. W tej formie kościół dotrwał do 1945 r.
Prowadzone w końcowej fazie II wojny światowej walki o miasto spowodowały pożar i zawalenie się stropów kościoła. Nad gruzami Starego Miasta dominowały ruiny kościoła św. Mikołaja i pobliskiego św. Jerzego (ten ostatni został rozebrany w latach 60., pozostał jego zarys, miejsce wskazuje tablica pamiątkowa umieszczona na głazie).
Po wojnie ruina była własnością skarbu państwa. W 1968 r. przystąpiono do zabezpieczenia kościoła jako trwałej ruiny, prace te trwały do 1973 r. Rozebrano część ściany południowej, zabezpieczono koronę murów, na wieży powstał taras, dostępny dzięki betonowym schodom. Pamiętam rozciągający się z tarasu piękny widok na okolicę i bolesny - w dół na ruiny naw.
Dopiero starania czynione w drugiej połowie lat 80. przez proboszcza - ks. Jana Ubermana zaowocowały przyznaniem ruin i terenu w użytkowanie wieczyste parafii pw. św. Stanisława, potwierdzonym aktem notarialnym 31 maja 1988 r.
Projekt odbudowy przygotowali architekci: Irena Kukla i Janusz Nekanda-Trepka (architektura), Maria Łada-Zabłocka (konstrukcja). Odbudowę rozpoczęto od stabilizacji wieży poprzez palowanie i założenie rusztu na poziomie terenu. Stabilizacji dokonała w latach 1991-92 firma Karol Klaus z Gliwic. W 1993 r. firma „System” ze Świnoujścia pod kierunkiem Stanisława Stryczyńskiego odbudowała ścianę południową, filary międzynawowe. Od 1994 r. prace przejęła i prowadziła do końca firma Mieczysława Kwiasowskiego z Kamienia Pomorskiego.
Uroczystego wmurowania aktu erekcyjnego kościoła 2 lipca 1993 r. dokonał abp Marian Przykucki. 6 grudnia 1999 r. poświęcił wyposażenie kościoła i przekazał go do użytkowania abp Zygmunt Kamiński.
On też konsekrował świątynię 15 października 2000 r. Odbudowę finansowali parafianie, z pomocą sponsorów. Wsparła ją Fundacja Współpracy Polsko-Niemieckiej ze środków RFN.
Kościół ma rzut prostokąta o wymiarach 34,1 x 21,4 m. Jest orientowany, od zachodu przylega wieża na planie kwadratu o bokach 11,7 m. Ma też dwa przedsionki w środku ściany północnej i południowej. Dachy na korpusie nawy i przedsionkach są dwuspadowe. Wieża nakryta ośmiobocznym barokowym hełmem wznosi się na wysokość 32 m.
Wnętrze jest trzynawowe, pięcioprzęsłowe, pseudobazylikowe (drewniane płaskie stropy w nawach bocznych są położone 3,5 m niżej niż strop w nawie głównej). Nawa główna otwiera się do wnętrza wieży (nad emporą) wysokim, ostrołukowym otworem. Są także empory na ścianach - północnej i południowej. Ściany są nietynkowane. We wschodniej części kościoła znajduje się zakrystia od północnej i „skład” od południowej.
W prezbiterium znajduje się wysoki krucyfiks. Z jego lewej strony figura Jezusa Zmartwychwstałego wykonana przez Stanisława Tomaszewskiego z Gorzowa Wlkp. Tabernakulum, otoczone kłosami i winną latoroślą, wykonał Andrzej Opryszko z Przemyśla. Całą stolarkę wykonała firma „Janusz Woźny” z Gorzowa (ołtarz, ambony, sedilia, chrzcielnica, ławki i konfesjonały). Dwa duże okna w prezbiterium przeszklone są witrażami przedstawiającymi historię zbawienia (lewe okno - maryjne, prawe - chrystologiczne). Wszystkie witraże w kościele wykonała Artystyczna Pracownia Janusza Sobczyka z Warszawy. Pod emporą z lewej strony wisi obraz Jezusa Miłosiernego, a na filarze figura św. Mikołaja, po przeciwnej stronie natomiast figura Matki Bożej Fatimskiej. W kościele znajduje się kaplica z tablicą poświeconą deportowanym na Syberię (po lewej stronie). Po przeciwnej - kaplica św. Floriana ufundowana przez Ochotniczą Straż Pożarną. Witraż w nawie bocznej północnej ma treść odnoszącą się do stworzenia świata. W nawie południowej znajduje się kaplica Matki Bożej Częstochowskiej z witrażem o treści maryjnej, fundacji Jolanty i Artura Balasza. Przy wejściu do niej, na filarze, umocowany jest krzyż z obozu internowanych w Strzebielinku, poświęcony w 1982 r. przez bp. Stanisława Stefanka. Na ścianach umieszczone są stacje Drogi Krzyżowej wykonane w Goleniowie przez Stanisława Szulca, fundacji poszczególnych rodzin.
Na chórze witraże przedstawiają św. Ottona i św. Wojciecha. W głównym wejściu do kościoła, w kruchcie wieży, znajduje się tablica nagrobna pochodząca z klasztoru Cystersek. Na ścianie wieży przy wejściu - tablica z 30 kwietnia 2002 r., upamiętniająca wizytę kard. Stefana Wyszyńskiego w Wolinie przed 50 laty. Przed kościołem, który otacza ładnie utrzymana zieleń, od strony północnej stoi posąg Matki Bożej Królowej Świata na cokole z głazów.
Trzeba docenić trud odbudowy podjęty przez ks. kan. Jana Ubermana i jego wspólnotę parafialną. Z krajobrazu archidiecezji zniknęła druga obok Chojny monumentalna ruina w naszej archidiecezji. Przybył obowiązkowy punkt na tworzącym się szlaku śladami misji św. Ottona z Bambergu. Ks. Janowi Ubermanowi w uznaniu zasług przyznano honorowe obywatelstwo miasta Wolina.