Nie wiadomo jak długo trwałby smutek po śmierci ojca, z którym Józef był głęboko związany, gdyby nie Uniwersytet. Wróciwszy z pogrzebu młody profesor rzucił się w wir pracy naukowej, a może bardziej organizacyjnej. Pisał do bp. Hirschlera: „Uniwersytet się odradza, starsi profesorowie ustępują, ich miejsca zajmują młodzi. Cieszy, że przychodzą z różnych dzielnic Polski, i przynoszą nowe metody pracy, których nauczyli się w swoich uniwersytetach. Jest mi teraz łatwiej, bo są moimi rówieśnikami. Chcą wprowadzać zmiany i chociaż czasem długo dyskutujemy, poziom nauczania wyraźnie się poprawia. Mamy wspólny cel uczynienia z Uniwersytetu ponownie ogniska pracy naukowej i nadania mu znaczenia ogólnopolskiego”.
Mimo tych widocznych sukcesów, Pelczar jak na razie pomijany był przy różnych wyborach. Nie zrażał się tym. Sam czuł, że jego dotychczasowa nadwrażliwość jakby ustępowała. Nie przeżywał tak emocjonalnie spraw związanych z jego osobą. Nad tym wszystkim dominowała troska o cały Uniwersytet. Nie bacząc, że jeszcze nie ma należnej mu pozycji, nie tracił żadnej okazji do pracy na rzecz uzdrowienia sytuacji. Wysyłał listy i petycje do władz, nie pomijając najwyższych instancji.
Wreszcie przyszły pierwsze strukturalne sukcesy. Cesarz Franciszek Józef I pozwolił dokumentem z 15 sierpnia 1880 r. na reorganizację Wydziału Teologicznego i przywrócił mu, utracone w roku 1847, prawo nadawania tytułów doktorskich. Z czterech do siedmiu wzrosła liczba katedr.
Przyszły też nowe wyzwania. Aktywność profesora z Przemyśla sprawiła, że animozje musiały ustąpić realnej aktywności. Młody profesor został mianowany najpierw prorektorem, a rok później dziekanem Wydziału Teologicznego.
W ten klimat radości z sukcesów wkradły się i tonacje smutku. Niedługo po Wielkanocy 1881 r. dowiedział się o poważnym niedomaganiu bp. Hirschlera. Postanowił odwiedzić biskupa, z którym łączyła go jakaś wewnętrzna więź. Mimo trudności ze strony opiekujących się chorym, udało się odbyć takie pożegnalne, jak miało się okazać, spotkanie.
Schorowany pasterz wyraźnie gasł. Kiedy jednak zobaczył Pelczara, w jego oczach ujawniła się radość. Kazał, by gość usiadł przy łóżku i zaczął pytać o Kraków, Uniwersytet, a nade wszystko o samopoczucie Józefa.
- Bogu dziękować, czuję się dobrze. Długo trawił mnie żal po śmierci ojca, ale sprawy Uniwersytetu nie pozwalały na zbytnie rozczulanie się nad sobą. Chciałem serdecznie podziękować za pomoc i ojcowską troskę w moich trudnych chwilach. Teraz widzę, że Pan Bóg na krętych liniach mojego losu pisał swoją prostą historię. Myślę, że to spełnienie mojego pragnienia i pewnie woli Bożej wobec mnie.
- Nie byłbym taki pewny swoich sądów. Cieszę się, że Ci się powiodło. Staraj się, aby przynieść chwałę przemyskim księżom. Wielu już tam pracowało i zawsze byli powodem do dumy i radości. Ale też do końca nie łącz swojego życia z Krakowem. Pan Bóg ma różne zamiary. Może i wobec Ciebie również.
Mówienie wyraźnie męczyło chorego. Józef nie chciał dopytywać o to, o czym myśli biskup wypowiadając te słowa. Rozstając się, poprosił o błogosławieństwo. Pożegnali się serdecznie i już na odchodnym biskup cicho, zdawało się jakby łamiącym głosem, powiedział:
- A nie zapomnij przyjechać na mój pogrzeb. To mi się od Ciebie należy.
Józef zawrócił do łoża chorego i żartując powiedział:
- Nie wiadomo, kto pierwszy. Ksiądz biskup przyzwyczajony jest do choroby i choroby do księdza biskupa. Przyjdzie maj i wraz z wiosennym słońcem przybędzie i sił.
- A masz rację. Mogłem się przyzwyczaić już do chorób, a i one mnie szczególnie polubiły. Ale teraz czuję, że już nie podniosę się z tej dolegliwości. Zresztą, będzie jak Pan Bóg zechce. Ale o pogrzebie pamiętaj.
Józef ucałował dłoń biskupa i nic już nie powiedział. Pochwaliwszy Pana Boga wyszedł z pokoju chorego.
Zawsze bawiąc w Przemyślu odwiedzał ks. rektora Skwierczyńskiego. To jemu zawdzięczał najwięcej. Znowu spotkali się w ogrodzie i spacerując długo rozmawiali. Były to bardzo potrzebne spotkania. Józef wprost chciwie czerpał z mądrości rektora i swojego wychowawcy. Była to niemal spowiedź. Zawsze po tych rozmowach odjeżdżał mocniejszy. Tym razem sporo miejsca poświęcili chorobie biskupa.
- Widzisz, przychodzi taki moment w życiu człowieka, kiedy orientuje się, że więcej ma znajomych na cmentarzu niż wśród żywych. Ja już doszedłem do takiego wieku. A z biskupem faktycznie jest niedobrze. Wszyscy tutaj boimy się, że może tej choroby nie przetrzymać. Nigdy nie był silnego zdrowia, ale jak to mówią, „skrzypiące koło długo skrzypi”. Tym razem jednak jest to poważna sprawa.
Nie trzeba było długo czekać na spełnienie słów zarówno biskupa, jak i księdza rektora. W maju biskup odszedł po nagrodę do nieba. Józef pomny prośby, pojechał znów do Przemyśla na pogrzeb.