W XV w. wieś Milejczyce była zasiedlona przez bojarów książęcych. Pierwsza znana wzmianka historyczna, która pochodzi z 1479 r., dotyczy Sienki z Milejczyc, z powiatu brzeskiego.
W 1510 r. Milejczyce wchodziły w skład dóbr królewskich. Król Zygmunt I Stary (1506-1548) w 1516 r. nadał tej wsi prawa magdeburskie, tworząc tutaj miasto królewskie, aby rozwijać trakt z Mielnika do Bielska. Kolejni królowie polscy byli też kolatorami miejscowego kościoła. 30 października 1529 r. wspomniany król ufundował w Milejczycach drewniany kościół pw. św. Zygmunta, św. Stanisława Biskupa i Męczennika i św. Mikołaja.
W 1556 r. świątynia ta została rozebrana przez mieszczan, a na jej miejscu wzniesiono nową. Funkcje plebanów pełnili tutaj: w 1560 r. - ks. Jan Kalekut, w 1568 r. - ks. Sebastian Jelitowski, w 1573 r. - ks. Sebastian Jaktorowski. W czasie potopu szwedzkiego w 1657 r. kościół został doszczętnie spalony przez Szwedów i Kozaków.
Kolejny kościół został wzniesiony na ruinach spalonego w 1660 r., staraniem ks. Pawła Krasnodębskiego, ówczesnego proboszcza milejczyckiego (od 1639-1654). Po III rozbiorze Polski parafia została przecięta granicą i w części przyłączona do parafii siemiatyckiej (Pokaniewo, Zabłocie).
Obecny, drewniany kościół został wybudowany w latach 1740-1744 i służył potrzebom parafii aż do powstania styczniowego (1863-1864). W tym czasie był trzykrotnie remontowany w: 1782, 1829 i 1856 r. Po upadku powstania styczniowego 20 lutego 1866 r. został zamknięty, a budowle i grunty przekazano służbie cerkiewnej. W tym samym roku - z rozkazu (nr 427) z 11 kwietnia Konstantego von Kaufmana (1818-1882), generał-gubernatora grodzieńskiego i wileńskiego (1865-1866) - świątynię zamieniono na cerkiew prawosławną pw. Świętego Ducha. Podobny los spotkał kaplicę w Chlewiszczach, która 26 sierpnia została zamknięta i przerobiona na filię prawosławnej parafii pw. św. Aleksandra Newskiego w Połowcach - z rozkazu (nr 2659/1864) wydanego przez Michała hr. Murawjewa „Wieszatiela” (1796-1866), generał-gubernatora litewskiego (1863-1865).
Rewindykacja kościoła nastąpiła dopiero po zakończeniu I wojny światowej 17 maja 1917 r. Ponownej erekcji parafii dokonał 4 lipca 1921 r. abp Jerzy Matulewicz (1871-1927), biskup wileński (1918-1925). Jej pierwszym administratorem (1921-26) został ks. Stanisław Pietkiewicz (1889-1943).
W narożniku cmentarza kościelnego stoi dwukondygnacyjna, drewniana dzwonnica konstrukcji słupowo-ramowej, wzniesiona w 1740 r.
Obok kościoła znajduje się drewniana plebania zbudowana ok. 1900 r.

Kaplice:

Pokaniewo - drewniana, dojazdowa kaplica pw. Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny zbudowana została w latach 1984-85, staraniem ks. Antoniego Zajączkowskiego (1944-90), ówczesnego proboszcza (1984-87), według projektu inż. Stanisława Szymańskiego z Gdańska. Jej poświęcenia 22 czerwca 1986 r. dokonał bp Władysław Jędruszuk (1918-94), administrator apostolski diecezji pińskiej (1967-1991).
Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół parafialny: 8.30, 10.00
- kaplica w Pokaniewie: 11.45
- święta niebędące dniami wolnymi od pracy:
- kościół parafialny: 10.00, 17.00
- kaplica w Pokaniewie: 12.00
Odpust w parafii: św. Stanisława Biskupa i Męczennika
Nabożeństwo adoracyjne: trzy dni przed uroczystością Najświętszego Serca Pana Jezusa

Księgi metrykalne:

Księgi chrztów: od 1940 r.
Księgi małżeństw: od 1948 r.
Księgi zmarłych: od 1948 r.

Bibliografia:
A. Kalisz, Milejczyce. Kościół pw. św. Stanisława Biskupa oraz dzwonnica, Białystok 1978 (mps); M. Kałamajska-Saeed (red.), Województwo Białostockie. Siemiatycze. Drohiczyn i okolice (Katalog Zabytków w Polsce, t. XII z. 1), Warszawa 1996; Spis kościołów i duchowieństwa Diecezji Pińskiej w R. P. 1933 i 1934, Pińsk 1933; T. Tararuj (oprac.), Spis kościołów, parafii oraz duchowieństwa Diecezji w Drohiczynie n. Bugiem, Drohiczyn 1976; S. Ulaczyk (oprac.), Rocznik Diecezji Drohiczyńskiej. Spis parafii i duchowieństwa 1999, Drohiczyn 1999.