Wpływ na powołanie Stefana Wincentego Frelichowskiego miała niewątpliwie formacja, którą zdobył w Sodalicji Mariańskiej.
Sodalicja Mariańska jest stowarzyszeniem w Kościele katolickim związanym z kultem maryjnym. Pierwszą sodalicję założył w 1563 r. w Rzymie jezuita J. Leuns. W Polsce pojawiła się ona w czasach panowania Zygmunta Augusta (1548-72) i Stefana Batorego (1576-86).
26 maja 1927 r. Stefan Wincenty Frelichowski, uczeń czwartej klasy gimnazjum, został przyjęty do Sodalicji Mariańskiej uczniów gimnazjalnych pw. Najświętszej Maryi Panny i św. Stanisława Kostki w Chełmży. W tym dniu otrzymał również legitymację sodalicyjną. Przyrzeczenie, które składał każdy z nowo przyjmowanych kandydatów na sodalisa, obowiązywało przez całe życie i zobowiązywało do apostolstwa w swoim środowisku. Do podstawowych celów Sodalicji Mariańskiej należało: „Przez szczególniejszą cześć Najświętszej Panny wyrobić w każdym stanie zastęp ludzi dzielnych, duchem Chrystusowym na wskroś przejętych, aby przez nich uświęcić poszczególne stany, a przez te stany społeczeństwo całe”. Jako czynny członek sodalicji Stefan Wincenty obrał Maryję za swoją matkę.
3 lata później 17-letni Stefan Wincenty został kandydatem na prezesa sodalicji. Urząd ten objął 19 stycznia 1930 r. Z kart pamiętnika widać, iż przykładał ogromną wagę do swojej pracy i funkcji, m.in. chciał dać swojej grupie poczucie wspólnoty, która miała być budowana na wzajemnej relacji jej członków. Zapisał: „Co do członków sodalicji to muszę się z nimi więcej zbratać... Mam bowiem w sodalicji takich, do których zaledwie gadam słówko”. Był pełen energii, dlatego denerwowało go wieczne narzekanie niektórych kolegów niewykazujących żadnej inicjatywy. Widać to na przykładzie jego przyjaźni z Krzesławem Kurowskim. Ważne jest jednak to, że nie odtrącał takich osób, lecz starał się zachęcić je do aktywnej i twórczej pracy.
W 1930 r. sodalicja gimnazjalna liczyła 65 członków, z których 40 należało do sekcji misyjnej, a 25 do sekcji eucharystycznej. Stefan najprawdopodobniej brał udział w pracach obu sekcji. Raz w miesiącu ich członkowie gromadzili się na uroczystej Mszy św., natomiast wspólne zebrania, na których m.in. odczytywano referaty (o treści religijnej lub patriotycznej), odbywały się dwa razy w miesiącu. W ciągu roku szkolnego gimnazjalna sodalicja odbyła dziesięć zebrań miesięcznych i jedno walne zebranie. Frekwencja wynosiła ok. 90 %. 6 stycznia 1931 r. odbyła się „gwiazdka” połączona z wieczerzą w auli gimnazjum. W tym samym roku przyjęto również dziesięciu nowych członków.
Sodalicja była dla Stefana Wincentego miejscem modlitwy i wspólnoty. Rozwijał w niej duchowość eucharystyczną i maryjną. Stawał się świadomym i odpowiedzialnym katolikiem rozumiejącym podstawy wiary, które, co najważniejsze, umiał stosować w swoim życiu. Dzięki pracy z młodzieżą nabywał doświadczenie niezbędne w jego przyszłej służbie duszpasterskiej. W sodalicji uczył się również głosić swoje pierwsze katechezy.
Po jego wstąpieniu do Seminarium Duchownego w Pelplinie, 13 września 1931 r., dokonano wyboru nowego zarządu gimnazjalnej sodalicji. Prezesem został sodalis Czajkowski, a sekretarzem sodalis Majewski.