Świątynia, którą oglądać możemy obecnie, nie jest pierwszą na tym miejscu. O dziejach wcześniejszego kościoła (być może było ich więcej) mamy jednak tylko bardzo skąpe, a przy tym niespójne informacje. Różne źródła przypisują jego budowę: Michałowi z Bogumilicz - kasztelanowi sandomierskiemu Wacławowi Brandyszowi - kawalerowi maltańskiemu, czy wreszcie Wyżdze herbu Półkozic, uważanemu za założyciela Czyżowa. Jakkolwiek by było, można przyjąć, że świątynia stała tu na pewno w połowie XV wieku. Był to gotycki gmach, który przetrwał do czasów wojen szwedzkich, kiedy to popadł w zupełną ruinę.
Przez kilka wieków właścicielami Czyżowa byli Zaklikowie, we władanie których dobra te przeszły z rąk możnej rodziny Ligęzów. Stało się to za sprawą małżeństwa jednego z Zaklików z córką Jana Ligęzy, kasztelana krakowskiego. Od momentu osiedlenia się na ziemi sandomierskiej jedna z gałęzi rodu Zaklików zaczęła pisać się Czyżowscy.
Zanim jednak ów mariaż nastąpił, w Czyżowie miało miejsce zdarzenie, które przetrwało do dziś w postaci popularnej legendy. Właściciel wioski Michał Ligęza, wpływowy magnat i członek rady królewskiej Władysława Jagiełły, ukradł materiały przygotowane do budowy kościoła w Zawichoście (inne wersja głosi, że rozebrał gotowe już mury świątyni), z których wystawił sobie okazały zamek. Stracił po tym łaskę monarchy, ale jak się rychło okazało, miało być to tylko preludium do dalszej pokuty za winę. Po śmierci Michał pochowany został w czyżowskim kościele. Niedługo potem w trakcie jednego z nabożeństw nagle zaczęły łamać się i gasnąć świece ołtarzowe. Kiedy dziwne zjawisko nie ustawało, stojący przy ołtarzu ksiądz zakrzyknął: „Kim jesteś duchu i czego chcesz”? Odpowiedział mu jęczący głos: „Jam jest panem na Czyżowie. Za przywłaszczenie cudzej własności spotkała mnie straszna kara. Nie jestem godzien spoczywać w tym poświęconym miejscu”. Trumnę z ciałem Michała zdecydowano wówczas przenieść na cmentarz, lecz i tam ziemia nie chciała jej przyjąć. Obciążoną kamieniami wrzucono ją w końcu do Wisły. Wypłynęła jednak zaraz potem. Nie powiodły się też kolejne próby pogrzebania zwłok. Pozostawiono je wreszcie w lesie nieopodal Lasocina, gdzie stały się łupem kruków i innego ptactwa.
Niezależnie od tego, ile prawdy jest w tej historii, wiadomo, że w Czyżowie istniał obronny zamek, który podobnie jak kościół zniszczony został podczas najazdu szwedzkiego. Obie budowle podniósł z gruzów Aleksander Zaklika Czyżowski, kasztelan połaniecki, a wcześniej podczaszy bracławski i marszałek sadów kapturowych województwa sandomierskiego. W miejsce dawnej warowni swoich przodków nakazał on wybudować piękny pałac z oficynami. W roku 1740 kasztelan sfinansował odbudowę świątyni, którą rok później konsekrował uroczyście bp Michał Kunicki. W latach 80. XVIII wieku proboszczem w Czyżowie został ks. Józef Karśnicki (inna wersja nazwiska Karsznicki). Jezuita, filozof, matematyk, profesor i prorektor Collegium Nobilium w Ostrogu, a później wykładowca sandomierskiego seminarium. Ks. Karśnicki cieszył się również sławą uzdolnionego architekta. Lista jego dzieł jest długa, a poczesne miejsce zajmują na niej zabudowania kościelne w Szewnej, dwór w Nikisiałce Małej i kościół w Górach Wysokich. Prawdopodobnie duchowny ten opracował również projekt wieży kościoła w Czyżowie, oraz plan rozbudowy wzniesionego przez kasztelana Zaklikę pałacu. Nawiasem mówiąc przy dekorowaniu frontonu rezydencji skorzystano z talentu jeszcze jednego artysty - jezuity, rzeźbiarza Tomasza Huttera. Hutter po pewnym czasie wystąpił z zakonu, ożenił się z sandomierską mieszczką Anną Marią Kowalską, a ostatnie lata życia spędził w Jarosławiu, gdzie stworzył wiele cenionych do dziś prac.
W okresie międzywojennym przyjeżdżali tu: Władysław Reymont, Witold Gombrowicz, Władysław Skoczylas, Leon Wyczółkowski. W pałacu gościli także dwaj prezydenci II Rzeczpospolitej; Stanisław Wojciechowski i Ignacy Mościcki. Tego ostatniego podejmował ówczesny właściciel Czyżowa Józef Targowski, polityk i dyplomata, pierwszy poseł RP w Japonii i Chinach.