Początki kościoła sięgają czasów Kazimierza Wielkiego. Pierwsza świątynia powstała w połowie XIV wieku. Na przestrzeni wieków dwukrotnie została zniszczona w wyniku pożarów. Ostatni w 1621 r. spowodował ogromne zniszczenia budowli i stał się bezpośrednim bodźcem do gruntownych zmian architektonicznych. Gotycką świątynię przebudowano na styl barokowy. Wykonano m.in. nowe sklepienie, jak również niemal cały wystrój snycerski. Gotyckie pozostało jedynie prezbiterium datowane na połowę XIV wieku. Tak przynajmniej sądzono do czasu podjęcia prac konserwatorskich. Renowacja budowli rozpoczęła się 9 lat temu. Udało nam się pozyskać środki na ten cel i zaangażować ekipę najlepszych konserwatorów. To przedsięwzięcie na dużą skalę -- mówi ks. Stanisław Bełza, proboszcz parafii pw. św. Wojciecha i św. Stanisława. Najpierw prace prowadzone były wewnątrz kościoła. Odnowiono prezbiterium. Na tym etapie został odsłonięty przykryty tynkami wątek późnogotyckich murów. Potem przystąpiono do renowacji nawy głównej i naw bocznych. Powszechnie sądzono, że wybudowano je w XVII wieku. Kiedy jednak wiosną tego roku ruszyły prace przy elewacji, okazało się, że nawa główna jest znacznie starsza. Przypuszczaliśmy, że w nawie głównej mogą znajdować się wątki gotyckie. Wprawdzie po ostatnim pożarze nie zachowały się żadne materiały źródłowe, ale tzw. przypory mogły wskazywać, że również i ta część świątyni posiada formy średniowieczne. Myśleliśmy, że odkryjemy jedynie niewielkie fragmenty gotyckie, ale nie sądziliśmy, że będą to aż tak duże wątki - mówi Maciej Filip, konserwator dzieł sztuki prowadzący prace. Porównanie wątków i zapraw nawy głównej oraz prezbiterium wskazuje, że mury nawy głównej są również gotyckie i powstały w niewielkim odstępstwie czasu po wybudowaniu prezbiterium. Wykonawca zaproponował komisji konserwatorskiej odkucie tynków na nawie głównej. Ostatecznie zdecydowano się na usunięcie tynków tylko z przypór. Tak jak przewidywano, odsłonięcie wątku ceglanego przypór ukazało średniowieczne formy ceglane. Na jednej z przypór widać ten sam rombowy wzór wykonany z cegły zendrówki. Decydujące dla datowania fary stały się prace przy konserwacji fasady zachodniej kościoła. Już wstępne prace pokazały, że pod tynkiem znajduje się gotycka cegła. To oznacza, że oprócz naw bocznych i dzwonnicy fara jest kościołem gotyckim. - Nie spodziewaliśmy się takiego odkrycia - mówi z nieukrywaną radością ks. Stanisław Bełza.
- Odkrycie w tej świątyni tak dużych elementów gotyckich to sensacja na skalę kraju - mówi prof. Ireneusz Płuska z Wydziału Konserwacji Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Rzadko się zdarza, żeby w XXI wieku, z kościoła otynkowanego, można było pokazać dobrze zachowaną świątynię gotycką z całą jej bogatą historią. Prace przy renowacji kościoła nadal trwają. Teraz komisja konserwatorska z udziałem wojewódzkiego konserwatora zabytków, konserwatora miejskiego, diecezjalnego konserwatora oraz rzeczoznawcy ministra kultury i sztuki, ma zdecydować, czy odsłonić gotycką fasadę w całości czy otynkować ją na nowo. W połowie sierpnia odbyło się kolejne spotkanie komisji. Decyzja nie jest łatwa. Zdaniem prof. Ireneusza Płuski, rzeszowska fara po renowacji będzie stanowić jeden z bardziej wartościowych obiektów sakralnej architektury gotyckiej na terenach Polski.
Kościół farny pw. św. Wojciecha i św. Stanisława to tradycyjnie jeden z najważniejszych kościołów w Rzeszowie. To tu odbywają główne uroczystości religijne i patriotyczne.