Drugim miejscem tymczasowej "izolacji" Księdza Prymasa Stefana Wyszyńskiego stał się pobernardyński klasztor w położonej 11 km na wschód od Lidzbarka Warmińskiego wsi Stoczek Warmiński, zwany dzisiaj Stoczkiem Klasztornym. Przywieziono go tutaj z Rywałdu Królewskiego w eskorcie kilku samochodów późnym wieczorem 12 października 1953 r., "bardzo starannie czuwając nad tym, by nikogo nie widział".
Spoglądając na jasno oświetloną, obitą świeżymi deskami bramę, Ksiądz Prymas pomyślał, że trafił do więzienia. Zanotował w Zapiskach więziennych: "Wprowadzono mnie na pierwsze piętro, na szeroki korytarz, oświetlony na biało: wszędzie znać świeżą farbę..., jakiś wysoki drab w czapie na głowie przedstawia mi się jako kierownik domu..., tęgi jegomość... oświadcza mi, że jest to nowe miejsce mego pobytu; w tym domu mam do rozporządzenia dwa pokoje, kaplicę, korytarz i ogród. Obok mieszka ksiądz, który jest kapelanem, i siostra zakonna...
Po wyjściu obydwu panów przyszedł ´ksiądz kapelan´ - ks. Stanisław Skorodecki, więzień przywieziony tu wczoraj wprost z Rawicza, gdzie dotąd odsiadywał karę więzienną...
Za chwilę weszła zakonnica w habicie sióstr Rodziny Maryi. Przedstawiła się jako s. Maria Leonia Graczyk, więźniarka przywieziona z Grudziądza".
Następnego dnia Prymas "przy świetle dziennym poznał dokładnie swoich towarzyszy niedoli. Oboje wyniszczeni w życiu więziennym". Po odprawieniu Mszy św. "bez świec i mszału liturgicznego" zaczęli " życie duchowe - we troje".
Tych troje ludzi, skazanych na wspólną niedolę więzienną, powoli oswajało się z sobą. Egzystencja ich zaczęła się "normalizować". Na powtarzające się pytania siostry i księdza o zaufanie, Prymas odpowiedział - "Miejmy zaufanie do siebie... Nie słowa, lecz czyny będą odpowiedzią na wszelkie nie znane nam intencje. Będziemy się modlili, pracowali i czekali zmiłowania Pańskiego" [podkreślenie moje - M.W.].
I modlili się bardzo dużo, wiele razy w ciągu dnia. I w tych modlitwach prosili o modlitwy swoich bliskich. W pierwszym liście, jaki pozwolono Księdzu Prymasowi napisać do ojca, czytamy: " Nie mogę dziś Kościołowi i Ojczyźnie służyć pracą kapłaństwa w świątyniach, ale mogę im służyć modlitwą. I to czynię niemal przez cały dzień".
Ksiądz Prymas przygotowywał duszę do oddania się w całkowitą niewolę Chrystusowi "przez ręce mej Najlepszej Matki". W uroczystość Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny (8 grudnia 1953 r.), klęcząc przed małym obrazem Świętej Rodziny, powiedział m.in. - " Oddaję się Tobie, Maryjo, całkowicie w niewolę... Pragnę przez Ciebie, z Tobą, w Tobie i dla Ciebie stać się niewolnikiem całkowitym Syna Twojego".
Wzmacniani modlitwą, "by nie pokazywać Ojcu Niebieskiemu i Matce Bożej smutnych twarzy... pogodnie i świątecznie spędzili Wigilię i Boże Narodzenie..., urządzali sobie ´wieczór kolęd´ przy małej choince, którą wynalazł w ogrodzie ksiądz Stanisław... szukając w śpiewie łączności z radującym się Kościołem świętym".
W pierwszy dzień Nowego 1954 Roku "od rana oddaję wszystko, co mnie w tym roku spotkać może, Matce mojej, Niepokalanej Pani Jasnogórskiej. Pragnę, aby i nadal mnie prowadziła", bo przecież "rozpoczyna się rok jubileuszowy, stulecie ogłoszenia dogmatu Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny". Rocznicę tę zamierzał uczcić ustaloną na 8 września konsekracją nowej świątyni w Niepokalanowie. "Bogarodzicę Dziewicę, Bogiem sławioną Maryję" błagał, by pozwoliła mu przygotować Gniezno "na wielki jubileusz narodu - na tysiąclecie łaski Chrztu świętego".
Tymczasem szedł "drogą Wielkiego Piątku... przez swoje życie kapłańskie pełen nędzy, słabości i ran, otrzymywanych po drodze", bo ciężka zima w Stoczku dała się mocno wszystkim we znaki. "Naprzód wichry, które biły w nasze okienka, gwałtownie i niemal ciągle...", później "zamiecie śnieżne niosły całe zaspy śniegu pod dom; bardzo często rankiem nie mogliśmy wydobyć się na ogród".
Pomimo palenia w piecach, "stęchlizna całego parteru docierała na górę, a mieszkanie było tak zimne, że praca przy stole była niemalże niemożliwa. Niesamowicie marzły ręce i nogi... Dokuczał nam również brak wody... Podziwialiśmy sterty lodu, które wyrąbywano z pokojów pod nami. Mieszkaliśmy nad lodowniami. Pokoje na dole nie były ogrzewane, natomiast były fantastycznie zagrzybione".
Ksiądz Prymas "zdrowie zawsze miał liche", a w tych warunkach zaczął odczuwać różne dolegliwości. "Nóg nie mogłem rozgrzać nawet w ciągu nocy. Ręce mi popuchły. Podobnie i oczy mi zapuchły. Odczuwałem wielki ból w okolicy nerek i w całej jamie brzusznej. Każdego dnia przechodziłem bóle głowy. Siostra była stale zakatarzona, blada i wynędzniała. Ksiądz cierpiał bodaj najwięcej".
Ksiądz Prymas miał też poczucie wyrządzonej mu przez rząd krzywdy. Nie mógł pogodzić się z tym, że nie będąc "spiskowcem, bez wyroku sądowego został skazany na śmierć cywilną", że nie miał praw przysługujących zwykłym więźniom, że wręcz pozbawiono go wszelkich praw.
Pomimo to nie miał do żadnego z tych ludzi "uczuć nieprzyjaznych. Nie umiałbym zrobić im najmniejszej nawet przykrości... Nie zmuszą mnie niczym do tego, bym ich nienawidził" [podkreślenie moje - M.W.]. Wszyscy troje modlili się "wiele za opiekunów, których nie uważali za nieprzyjaciół".
5 października 1954 r. Prymas usłyszał od lekarza: "Ponieważ klimat tutejszy i stan domu nie służy księdzu, dlatego rząd postanowił zmienić warunki klimatyczne..., jutro... wyjedziemy samolotem na nowe miejsce pobytu..., pojedzie kapelan, siostra i my wszyscy". Spodziewał się, że po roku pobytu w Stoczku zostanie uwolniony. Tymczasem musiał szykować się do dalekiej drogi, gdzieś w nieznane i ciągnąć więzienny los.
Do opustoszałego klasztoru w Stoczku Warmińskim bp Tomasz Wilczyński sprowadził w 1957 r. wysiedlonych z warszawskich Bielan Marianów i powierzył im opiekę nad tutejszym sanktuarium Matki Bożej, ufundowanym przez biskupa warmińskiego Mikołaja Szyszkowskiego (1633-43) jako wotum za zawarcie pokoju ze Szwedami w Sztumskiej Wsi w 1635 r. W głównym ołtarzu umieścił obraz Matki Bożej Śnieżnej (kopia wizerunku " Salus Populi Romani" z bazyliki Santa Maria Maggiore w Rzymie), który wkrótce zasłynął łaskami. Do 1826 r. posługę duszpasterską pełnili w Stoczku Bernardyni. Po stu latach nieobecności wrócili tu i byli do 1953 r. Zapisane w XVII wieku w klasztornej kronice słowa - "Cokolwiek byłoby najszczęśliwsze, niech płynie z tego Źródła Pokoju. Niech płyną rzeki pokoju, nie zaś nieszczęścia" - potwierdziły szczególny atrybut kultu maryjnego tego miejsca - Matki Bożej Pokoju.
Choć nie dane było Prymasowi podczas uwięzienia oglądać oblicza Matki Pokoju i nie wiedział, "że był tak blisko obrazu Matki Bożej słynącej łaskami..., odczuwał Jej zwycięską opiekę... i przyszedł w duchu pielgrzymim do Nieznanej Opiekunki z czasu więzienia, aby Jej podziękować za wszystko" 28 kwietnia 1958 r. W swoim dzienniku tak opisał tę wizytę: "Dopiero teraz widzę dobrze, gdzie przez rok mieszkałem. Wchodzi się z drogi w piękne krużganki, na dziedziniec i do rozległego kościoła o dość dziwnych kształtach... czuliśmy, że tu musi być jakieś sanktuarium... Przechodzimy pięknymi krużgankami do klasztoru. Jest to cały piękny labirynt. Oglądam swoje mieszkanie na górze... Wszystkie zamurowane korytarze otwarto. Ale druty na drzewach zostały... Ludzie zapewniają, że wiedzieli o nas. Musieli się jednak strasznie bać, gdyż unikali spojrzenia w naszą stronę. Spoglądam na ogród. Kwitną epidemicznie przebiśniegi, które były naszą radością".
Wdzięczny za opiekę Matki Najświętszej Królowej Pokoju podczas mojego uwięzienia w Stoczku (1953-54) - 18 maja 1977 r. przysłał tutejszemu sanktuarium różaniec - wotum. Wiele też razy wracał do tamtego zawierzenia Matce Bożej. W 25. rocznicę tego aktu mówił: " W Stoczku na Warmii zrozumiałem znaczenie Matki Najświętszej w Kościele polskim, jako siły jednoczącej, siły, w imię której można poruszyć Polaków i zmobilizować ich do każdej wielkiej i słusznej sprawy. Wtedy to oddałem się Matce Najświętszej w Jej macierzyńską niewolę..., później zacząłem głosić ideę niewolnictwa Maryi w Polsce" i dlatego akt ten rozszerzył na cały naród, budując na jego bazie program wielkiej nowenny przed Millennium Chrztu Polski.
22 maja 1982 r. Ksiądz Prymas Józef Glemp poświęcił w Stoczku - ufundowane przez siebie Nauczycielowi Narodu - epitafium. Rok później (19 czerwca 1983 r.) na wałach Jasnej Góry Ojciec Święty Jan Paweł II włożył "papieskie korony na skronie Jezusa i Maryi w obrazie z sanktuarium w Stoczku", który "znany jest nam również jako miejsce uwięzienia Kardynała Stefana Wyszyńskiego". Spoglądając na wiszący na obrazie różaniec, podarował drugi, mówiąc: "Wyproście pokój dla całej ziemi".
Księża Marianie, kustosze tego świętego miejsca, z miłością służ nawiedzającym je tysiącom pielgrzymów, odprawiają w ich intencjach Msze św. przed cudownym obrazem Matki Bożej Pokoju i zachęcają do odwiedzenia celi więziennej Prymasa Tysiąclecia, a także do spaceru po przepięknie utrzymanym ogrodzie klasztornym, uhonorowanym w 2000 r. srebrnym medalem "za urządzenie zieleni towarzyszącej zabytkowemu zespołowi klasztornemu" w Konkursie Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Znakiem ich przyjaźni i serdecznej z nami więzi, opartej na miłości do Matki naszego Pana oraz dziedzictwie sługi Bożego Stefana Kardynała Wyszyńskiego, jest także wydawany przez nich od 1998 r. kwartalnik Matka Pokoju.

Na podstawie "Zapisków więziennych" kard. Stefana Wyszyńskiego