Marka Kotańskiego żegnali 28 sierpnia 2002 r. jego podopieczni z ośrodków z całej Polski oraz warszawiacy. Mszy św. pogrzebowej w kościele św. Stanisława Kostki przewodniczył bp Piotr Jarecki. Pośmiertnie twórcę Monaru i Markotu odznaczono Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.

W noc poprzedzającą uroczystości pogrzebowe przy trumnie Marka Kotańskiego w kościele św. Stanisława Kostki w Warszawie odbyło się czuwanie modlitewne. W dniu pogrzebu rano modlił się w kościele Prymas Polski ­ kard. Józef Glemp.
Na uroczystości pogrzebowe najliczniej przybyli podopieczni ośrodków Monaru i Markotu. Z pożegnalnymi transparentami w ręku przyjechali z Głoskowa, Gaudynek i wielu innych miejsc Polski. Ubrani byli w czarne koszulki z podobizną Marka Kotańskiego i napisem: "Dał siebie innym".
Mszę św. pod przewodnictwem bp. Jareckiego celebrowało 26 kapłanów, m.in. ks. Wojciech Łazewski ­ dyrektor Caritas Polska, o. Hubert Matusiewicz ­ wicedyrektor Caritas Polska, ks. Arkadiusz Nowak, ks. Zygmunt Malacki ­ proboszcz miejscowej parafii.
"Był człowiekiem, który nie zadowalał się przeciętnością ­ mówił w homilii o Zmarłym bp Jarecki. ­ Odnajdywał samego siebie w przekraczaniu samego siebie. To było wielkim skarbem, wielką łaską jego człowieczeństwa. Dzięki temu przybywało wciąż w Polsce ośrodków pomocy. (...) Poszukiwał prawdy i w ostatnim czasie tę Prawdę poznał, i żył według niej. Mówił wszystkim: (r)Jezus jest moim przewodnikiem. Nie ma innej drogič". Ksiądz Biskup przypomniał, że w kilku ośrodkach założonych przez Marka Kotańskiego ustawiono figurę Chrystusa, a założyciela Monaru nazwał apostołem miłosierdzia. "W różnych komentarzach słychać pytanie, dlaczego zabrany został symbol miłosierdzia w czasie, gdy Ojciec Święty przybliżał prawdę o Bożym Miłosierdziu. Odpowiedź na to bolesne po ludzku wydarzenie można znaleźć tylko w świetle wiary. Widocznie to ziarno musiało obumrzeć, aby tysiące Polaków jego koncepcję uczyniło stylem swojego życia" ­ stwierdził bp Jarecki. Na koniec Ksiądz Biskup modlił się, aby ta śmierć zaowocowała wzbudzeniem w Polakach wrażliwości, kultury, klimatu oraz ustawodawstwa miłosierdzia.
Anna Maria Jopek zaśpiewała w trakcie Eucharystii pieśń O Panie, Ty nam dajesz Ciało Swe i Krew, Krystyna Janda wyrecytowała fragment poezji.
Po Mszy św. kondukt żałobny ruszył w kierunku cmentarza Powązkowskiego. Lawetę z trumną przykryły tysiące wieńców i kwiatów. Na cmentarzu żegnali Marka Kotańskiego jego podopieczni, politycy i przedstawiciele organizacji charytatywnych.