11 października 1962 r. w rzymskiej Bazylice św. Piotra kardynał Stefan Wyszyński uczestniczył w uroczystości otwarcia Soboru Watykańskiego II. Mszę św. celebrował kard. Eugenio Tisserant, dziekan Kolegium Kardynalskiego, a Ojciec Święty Jan XXIII wygłosił okolicznościowe przemówienie.

Tak ów dzień zachował się w zapiskach Prymasa Tysiąclecia:

Papież przychodzi z półgodzinnym opóźnieniem, co jest wskazane choćby z uwagi na wielkie trudności dyslokacji. Ustala się porządek, według listy, wśród kardynałów. Miejsce swoje łatwo znajduję, gdyż trzymam się kardynała Lercaro z Bolonii, człowieka małego wzrostu. Dość sprawnie wyrusza pochód kardynałów w kierunku Portone di Bronzo. Ojciec Święty idzie pieszo i modli się. Ten człowiek ma prawdziwy talent skupienia się wśród tego świata rozgwaru. [...] Znajdujemy się na placu św. Piotra. Jestem narażony ma to włoskie sykanie "Łyssiski" - co ma oznaczać "Wyszyński". Tym sykaniom towarzyszą oklaski i prośby " o twarz" do fotografii. "Che magro" - takie uwagi pod moim adresem zawstydzają człowieka, reprezentanta ustroju materialistycznego, gdyż są dowodem gospodarczej jego nieskuteczności. "Prymas jest zawsze pogodny" - mówią.

Na Sobór zaproszono 2894 biskupów z całego świata. Udział wzięło natomiast 2540. Nad jego przebiegiem czuwała mianowana przez Ojca Świętego Rada Prezydialna Soboru, składająca się z dziesięciu kardynałów. Jej członkowie kolejno przewodniczyli obradom Soboru. Oprócz tego Jan XXIII powołał składający się z siedmiu kardynałów Sekretariat Soboru. Natomiast Sekretarzem Generalnym został wybrany przez Papieża arcybiskup Pericle Felici. Prace soborowe miały odbywać się w 10 komisjach. Każda z nich liczyła 24 członków; 8 mianował Jan XXIII, pozostałych 16 wybierali Ojcowie Soborowi.

Dwa dni później odbyła się pierwsze sesja generalna Soboru. Jej uczestnikom podano do wiadomości wykaz nominowanych przez Ojca Świętego członków komisji. Podczas tej sesji miano także przeprowadzić głosowanie na pozostałych członków komisji. Na wniosek kardynała Achille Lienarta z Lille przełożono na później. Wybory te odbywały się stopniowo na kilku kolejnych sesjach generalnych Soboru. Do Komisji do Spraw Apostolatu Świeckich został wybrany Prymas Polski.

17 września Jan XXIII powołał do życia nowy, dodatkowy organ Soboru: Sekretariat do Spraw Nadzwyczajnych. Miał on rozpatrywać powstałe w czasie Soboru problemy, które wcześniej nie zostały podjęte przez organy przygotowujące Sobór. Jednym z członków tego Sekretariatu z woli Papieża został kardynał Stefan Wyszyński. Nominacja Prymasa Tysiąclecia została ogłoszona jeden dzień później od pozostałych. Stało się to od razu powodem do spekulacji dla dziennikarzy. Najwięcej to wydarzenie zainteresowało soborowych sprawozdawców polskich czasopism wysługujących się komunistycznemu rządowi. Wysunęli oni tezę, jakoby powodem opóźnienia z ogłoszeniem nominacji dla kardynała Wyszyńskiego był sprzeciw pozostałych członków Sekretariatu. Szczególną rolę miał, ich zdaniem, odegrać arcybiskup Monachium, Julius Dopfner i dopiero nieugięta postawa Papieża spowodowała tę nominację. Prawda zaś była inna. Trudno byłoby podejrzewać, iż arcybiskup Monachium, którego łączyły z Prymasem Polski bardzo dobre osobiste stosunki, mógł mieć jakiekolwiek zastrzeżenia co do osoby kardynała Wyszyńskiego i jego nominacji. Papież zwlekał z nominacją, ponieważ chciał dać Księdzu Prymasowi czas na zastanowienie się, czy może, pośród i tak już licznych obowiązków, podołać jeszcze jednemu.

Skąd zatem "rewelacje" niektórych polskich dziennikarzy? Odpowiedź na to pytanie jest nadzwyczaj prosta. Otóż komunistycznym władzom nie podobały się dobre stosunki pomiędzy Kościołem katolickim w Polsce i Niemczech. To przecież nie kto inny, jak kardynał Julius Dopfner podczas spotkania z Prymasem Polski w lutym tego samego roku, do którego doszło w Rzymie podczas posiedzenia Centralnej Komisji Przygotowawczej do Soboru, zadeklarował w imieniu kanclerza Adenauera i swoim własnym gotowość ułożenia stosunków pomiędzy Polakami i Niemcami. To zaś nie mieściło się w ramach prowadzonej przez komunistów polityki. Ukazanie arcybiskupa Monachium jako przeciwnika Prymasa Polski miało na celu rozbicie dobrych relacji katolików polskich i niemieckich.