Parafię św. Jana Kantego erygował 1 września 1952 r. kard. Stefan Wyszyński. Nabożeństwa odprawiano początkowo w niewielkiej kaplicy, wygospodarowanej w podziemiach klasztoru Sióstr Zmartwychwstanek przy ul. Krasińskiego. Pierwszym proboszczem został ks. Teofil Bogucki, późniejszy proboszcz parafii św. Stanisława Kostki. Był to kapłan wyjątkowo wrażliwy na los drugiego człowieka, wspaniały organizator, nazywany tytanem pracy. Jako proboszcz na Żoliborzu usilnie starał się o zgodę na budowę kościoła - bez skutku.
W 1974 r. proboszczem parafii został ks. dr Ryszard Śliwiński, wykładowca psychologii w Wyższym Seminarium Duchownym w Warszawie. Wielu kapłanów pamięta go jako błyskotliwego wykładowcę, z dużym poczuciem humoru. Ks. Śliwiński uzyskał zgodę na budowę kościoła i rozpoczął ją w 1981 r. W tym samym roku proboszczem został ks. prałat Antoni Dębkowski i to on dokończył budowę świątyni i wyposażył jej wnętrze. Z czasem wybudował także okazały dom parafialny.
W parafii działa obecnie wiele grup i wspólnot. Są ministranci, bielanki, kółka Żywego Różańca, Kościelna Służba Porządkowa, poradnictwo rodzinne i Krąg Biblijny. Jedną z najbardziej prężnych grup, założonych jeszcze przez ks. Boguckiego, jest zespół pań, które przygotowują chorych do przyjmowania sakramentów w pierwsze piątki miesiąca. Bardzo aktywnie działa również Akcja Katolicka. Zrzesza ponad 30 osób, które współorganizują parafialne uroczystości, ostatnio związane z jubileuszem 50-lecia parafii, zbierają ofiary na różne cele, sprzedają świece "Caritas", opłatki wigilijne, prowadzą bibliotekę, czytelnię czasopism oraz wypożyczalnię kaset wideo.
- Parafia wciąż się zmienia - mówi ks. Dębkowski, obchodzący w tym roku czterdziestą rocznicę święceń kapłańskich. - Ludzie się starzeją. Widać to chociażby po liczbie urodzeń. W 1982 r. ochrzciliśmy ponad 200 dzieci, w ubiegłym tylko 50. Wiele młodych osób wyprowadza się stąd do innych dzielnic.
Parafianie są bardzo zaangażowani w życie swojego lokalnego Kościoła. Aktywnie włączyli się w przygotowanie uroczystości jubileuszowych 50-lecia parafii. Z tej okazji przygotowano wystawę, która na ponad 100 fotografiach dokumentuje historię oraz dzień dzisiejszy parafii. Wystawę można oglądać w dolnym kościele do połowy grudnia. Wydana została także książka Parafia na Sadach, która wyczerpująco omawia dzieje parafii św. Jana Kantego. Czytelnik znajdzie tam także krótką biografię św. Jana z Kęt, życiorysy trzech kolejnych księży proboszczów oraz ponad 40 wspomnień, których autorami są księża przed laty pracujący w parafii, a także sami parafianie. Całość ubogacają liczne fotografie i ilustracje.