Komuniści powołali jedynie namiastkę przedwojennego duszpasterstwa wojskowego - generalny dziekanat. Tym samym w murach świątyni zabrakło prawowitego biskupa. Struktury Ordynariatu Polowego zostały przywrócone dopiero w 1991 r., kiedy Jana Paweł II mianował ks. prał. Sławoja Leszka Głódzia pierwszym biskupem polowym w powojennej historii Polski.
Obecnie w ordynariacie znów pracuje wielu księży oficerów, którzy niosą posługę duszpasterską wszędzie tam, gdzie jest posłany polski żołnierz. Efekt pracy duszpasterskiej wśród mundurowych jest zaskakujący. Widać to gołym okiem, gdy patrzy się, jak żołnierze dumnie pełnią warty honorowe i asystują podczas liturgii. Podobnie jest podczas uroczystości państwowych, gdy w katedrze można spotkać najwyższych dostojników RP, oficerów oraz generalicję. - Myślę, że ten kościół jest dla żołnierzy bardzo ważny. Najlepiej widać to, gdy popatrzy się na prezbiterium, gdzie znajduje się figura Matki Bożej. Za Jej plecami wiszą setki najwyższych odznaczeń wojskowych. Te wota najlepiej świadczą o żywym kulcie tego miejsca - mówi dk. Łukasz Józef Hubacz z Ordynariatu Polowego.
Katedra polowa jest prawdziwym sanktuarium polskiego oręża oraz miejscem pamięci i męczeństwa. Przekonać się można o tym już w kościelnej kruchcie, gdzie aż roi się od tablic upamiętniających bohaterstwo Wojska Polskiego, walczącego w najróżniejszych zakątkach świata. Jednak szczególne wrażenie na zwiedzających wywiera realistyczna rzeźba „Chrystus wszystkich zaginionych”. Dzieło to przedstawia Syna Bożego zawieszonego na rozpostartych ramionach w wykopie, pośród szczątków ciał wystających ze ścian zbiorowego grobu. Wykuta w kamieniu postać o poszarpanej powłoce cielesnej uderza podobieństwem do znanych z poekshumacyjnych zdjęć ofiar mordu wydobywanych z dołów śmierci w Katyniu.
Rzeźba Chrystusa jest tylko częścią kaplicy katyńskiej, gdzie spoczywają prochy zamordowanych przez NKWD polskich oficerów. Niestety, od pewnego czasu jest niedostępna, ponieważ są prowadzone prace remontowe w dolnym kościele, gdzie powstaje muzeum Ordynariatu WP.
Od kilku lat po lewej stronie kruchty, równolegle do kaplicy Katyńskiej, znajduje się także kaplica Matki Bożej Ostrobramskiej. Obok obrazu kresowej Madonny jest tu grób pierwszego biskupa polowego Władysława Bandurskiego oraz prochy asów polskiego lotnictwa.

Od kilku miesięcy w oknie fasady warszawiacy mogą podziwiać piękny witraż Matki Bożej Hetmanki Żołnierza Polskiego. Jest on podświetlony specjalnie sterowanym światłem, dzięki czemu jest doskonale widoczny zwłaszcza w nocy. Witraż ten został wykonany specjalnie na 70. rocznicę wybuchu II wojny światowej. Jest hołdem dla wszystkich Polaków, którzy przelali krew w obronie Ojczyzny