W roku Pańskim 1423 papież Marcin V po raz pierwszy w historii otworzył Drzwi Święte w Bazylice św. Jana na Lateranie. W Bazylice Watykańskiej otwarcie Drzwi Świętych miało miejsce po raz pierwszy w Boże Narodzenie 1499 roku, z woli papieża Aleksandra VI, który postanowił otworzyć te bramy Bożego Miłosierdzia nie tylko w Bazylice św. Jana na Lateranie, ale także w innych rzymskich bazylikach: św. Piotra, Matki Bożej Większej i św. Pawła za Murami. Małe boczne wejście do Bazyliki św. Piotra po prawej stronie atrium zostało powiększone i nadano mu nowe znaczenie.

Obecna brama z brązu została podarowana w 1949 r. przez biskupa Franza von Strenga ze Szwajcarii w podziękowaniu za to, że jego kraj został oszczędzony podczas wojny. Szesnaście płaskorzeźb autorstwa Vica Consortiego ilustruje historię Zbawienia jako opowieść o Bożym przebaczeniu i miłosierdziu. Artysta przedstawia siebie na ostatnim z reliefów, gdzie ze świecą w ręku obserwuje, jak Pius XII otwiera Drzwi Święte w Wigilię Bożego Narodzenia 1949 roku. Drzwi święte są używane tylko podczas Roku Świętego. Potem są zamurowywane. W przeszłości papież symbolicznie burzył mur trzykrotnym uderzeniem młotka. Po drobnym incydencie w 1974 roku, kiedy część muru zawaliła się na niewłaściwą stronę, papież Paweł VI zmienił rytuał i Rok Święty rozpoczyna się od uroczystego otwarcia Drzwi Świętych.