Aresztowania wśród duchownych rozpoczęły się jesienią 1939 r. W styczniu 1940 r. księża osadzeni w więzieniach, celach klasztornych i prowizorycznych obozach zostali przewiezieni do obozu koncentracyjnego w Stutthofie. Tamże trafili kapłani zatrzymani podczas następnej fali represji późnym latem 1940 r. Pojedyncze aresztowania trwały do 1944 r.
Stutthof
W obozie urządzonym u nasady Mierzei Wiślanej przyszło spędzić więźniom srogą zimę 1940 r. Jednak już jesienią 1939 r. kierowano tu „wrogów Rzeszy”, by po kilkunastu dniach przewieźć ich na miejsce egzekucji w Piaśnicy. Taki był los toruńskich księży wikariuszy: Pawła Wilemskiego (urodzonego w Rumienicy k. Lubawy, posługującego m.in. w Wąbrzeźnie, Chełmży, Cielętach i Kiełpinach), Czesława Rackiego (w latach 1933-37 w parafii św. Jakuba) i Władysława Szymańskiego (w latach 20. w parafiach: Mariackiej i Chrystusa Króla), a także urodzonego w Chełmnie ks. Teodora Turzyńskiego – proboszcza w Gdyni i założyciela czasopisma „Gwiazda Morza”.
Pierwszym księdzem zamordowanym w obozie był urodzony w Słupie k. Grudziądza Jan Lesiński w latach 1935-39 wikariusz w grudziądzkiej parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa. Został zastrzelony przez esesmana 8 lutego 1940 r. Obozowych trudów nie przetrzymali zmarli w kwietniu: 76-letni ks. Feliks Bolt – proboszcz w Srebrnikach, senator Rzeczypospolitej i 82-letni ks. Ignacy Mieczysław Szwedowski – proboszcz w Kijewie Królewskim oraz ks. Józef Domachowski – proboszcz parafii Świętych Piotra i Pawła na podtoruńskim Podgórzu. „Rano się obudzę i będzie Polska” – wyszeptał na pożegnanie do ks. Wojciecha Gajdusa. W październiku zmarł urodzony w Srebrnikach proboszcz godziszewski ks. Władysław Maternicki i ks. Walerian Ossowski – proboszcz w parafii św. Katarzyny w Brodnicy, przedtem w Nawrze. 2 stycznia 1941 r. zmarł po przesłuchiwaniach i torturach proboszcz z Wielkich Radowisk, kapelan Pomorskiej Chorągwi Harcerzy, pedagog, biolog ks. Władysław Łęgowski. 12 lutego wskutek zakażenia ręki skaleczonej podczas dźwigania cegieł zmarł 71-letni ks. Alfons Mańkowski – proboszcz w Lembargu, wybitny historyk, prezes Towarzystwa Naukowego w Toruniu. 3 dni później odszedł urodzony w Ostrowitem (obecnie dekanat kurzętnicki) ks. Bronisław Smoleński.
Sachsenhausen
Do obozu blisko Oranienburga w Brandenburgii transport więźniów udręczonych w Stutthofie, przybył 10 kwietnia 1940 r. Już 11 dni później w Sachsenhausen, gdzie Niemcy traktowali duchownych ze szczególną wrogością, zmarł ks. Franciszek Mitręga proboszcz w Papowie Toruńskim, w maju ks. Stanisław Jarzębski z Lipnicy, ks. Aleksander Ziemski – proboszcz parafii Świętojańskiej w Toruniu i ks. Cyryl Karczyński – w latach 1921-37 proboszcz w Rywałdzie, dziekan radzyński. W czerwcu zmarł z wyczerpania i maltretowania jego następca, proboszcz w Radzyniu Chełmińskim ks. Franciszek Podlaszewski. W tym samym miesiącu odeszli: wikariusz z Chełmży ks. Joachim Konkolewski, ks. Marian Michnowski – proboszcz w Mszanie, w latach 1923-38 dziekan brodnicki. Kilka dni później zmarł udręczony ze szczególnym okrucieństwem 73-letni ks. Leonard Marchlewski z Grzybna. Lipiec rozpoczął się śmiercią ks. Tadeusza Hinza – wikariusza w Lembargu; po nim z powodu chorób i wyczerpania zmarli księża proboszczowie: Paweł Zieliński z Rywałdu, Konstanty Licznerski z Pluskowęs, Bronisław Kownacki z Golubia i Józef Tuszyński z Ostromecka. Obozowych warunków nie zniósł ks. Fabian Wierzchowski – dyrektor Państwowego Gimnazjum i Liceum w Grudziądzu oraz ks. Stanisław Chylarecki – pochodzący z Wabcza proboszcz w Ryńsku w latach 1918-32, przed wojną w Koronowie. 29 października zmarł z wycieńczenia ks. Stefan Radtke – proboszcz z Rożentala, który nie wyparł się stanu kapłańskiego w zamian za zwolnienie z obozu.
