Po sowieckiej agresji na Polskę 17 września 1939 r. w niewoli sowieckiej znalazło się 240-250 tys. polskich jeńców, w tym ponad 10 tys. oficerów. Już 19 września 1939 r. Ławrientij Beria powołał Zarząd do Spraw Jeńców Wojennych i Internowanych przy NKWD oraz nakazał utworzenie sieci obozów.

Na początku października 1939 r. władze sowieckie zaczęły zwalniać część jeńców-szeregowców. W tym samym czasie podjęto decyzję o utworzeniu dwóch „obozów oficerskich” w Starobielsku i Kozielsku oraz obozu w Ostaszkowie, przeznaczonego dla funkcjonariuszy policji, KOP i więziennictwa.

Pod koniec lutego 1940 r. w obozach tych więziono 6 192 policjantów i funkcjonariuszy wyżej wymienionych służb oraz 8 376 oficerów. Wśród uwięzionych znajdowała się duża grupa oficerów rezerwy, powołanych do wojska w chwili wybuchu wojny. Większość z nich reprezentowała polską inteligencję - lekarze, prawnicy, nauczyciele szkolni i akademiccy, inżynierowie, literaci, dziennikarze, działacze polityczni, urzędnicy państwowi i samorządowi, ziemianie. Obok nich w obozach znaleźli się również kapelani katoliccy, prawosławni, protestanccy oraz wyznania mojżeszowego.

Decyzja o wymordowaniu polskich jeńców wojennych z obozów w Kozielsku, Starobielsku i Ostaszkowie oraz Polaków przetrzymywanych w więzieniach NKWD na obszarze przedwojennych wschodnich województw Rzeczypospolitej zapadła na najwyższym szczeblu sowieckich władz.

Podjęło ją 5 marca 1940 r. Biuro Polityczne KC WKP(b) na podstawie pisma, które ludowy komisarz spraw wewnętrznych Ławrientij Beria skierował do Stalina. Szef NKWD, oceniając w nim, że wszyscy wymienieni Polacy „są zatwardziałymi, nierokującymi poprawy wrogami władzy sowieckiej”, wnioskował o rozpatrzenie ich spraw w trybie specjalnym, „z zastosowaniem wobec nich najwyższego wymiaru kary - rozstrzelanie”. Dodawał, że sprawy należy rozpatrzyć bez wzywania aresztowanych i bez przedstawiania zarzutów, decyzji o zakończeniu śledztwa i aktu oskarżenia. Formalnie wyroki miały być wydawane przez Kolegium Specjalne NKWD, w składzie: Iwan Basztakow, Bogdan Kobułow i Wsiewołod Mierkułow. Powyższe wnioski przedstawione przez Berię zostały w całości przyjęte, a na jego piśmie znalazły się aprobujące podpisy Stalina - sekretarza generalnego WKP(b), Klimenta Woroszyłowa - marszałka Związku Sowieckiego i komisarza obrony, Wiaczesława Mołotowa - przew. Rady Komisarzy Ludowych, komisarza spraw zagranicznych i Anastasa Mikojana - wiceprzew. Rady Komisarzy Ludowych i komisarza handlu zagranicznego, a także ręczna notatka: „Kalinin - za, Kaganowicz - za”. (Michaił Kalinin - przew. Prezydium Rady Najwyższej ZSRS - teoretycznie głowa państwa sowieckiego; Łazar Kaganowicz - wiceprzew. Rady Komisarzy Ludowych i komisarz transportu i przemysłu naftowego).

Po trwających miesiąc przygotowaniach, 3 kwietnia 1940 r. rozpoczęto likwidację obozu w Kozielsku, a dwa dni później obozów w Starobielsku i Ostaszkowie. Przez następnych sześć tygodni Polacy wywożeni byli z obozów grupami do miejsc kaźni.

Z Kozielska 4 404 osób przewieziono do Katynia i zamordowano strzałami w tył głowy. 3 896 jeńców ze Starobielska zabito w pomieszczeniach NKWD w Charkowie, a ich ciała pogrzebano na przedmieściach miasta w Piatichatkach. 6 287 osób z Ostaszkowa rozstrzelano w gmachu NKWD w Kalininie, obecnie Twer, a pochowano w miejscowości Miednoje. Łącznie zamordowano 14 587 osób.

Na mocy decyzji z 5 marca 1940 r. wymordowano również około 7 300 Polaków przebywających w różnych więzieniach na terenach włączonych do Związku Sowieckiego: na Ukrainie rozstrzelano 3 405 osób (ich groby prawdopodobnie znajdują się w Bykowni pod Kijowem), a na Białorusi 3 880 (pochowanych prawdopodobnie w Kuropatach pod Mińskiem). Większość z nich stanowili aresztowani działacze konspiracyjnych organizacji, oficerowie nie zmobilizowani we wrześniu 1939 r., urzędnicy państwowi i samorządowi oraz „element społecznie niebezpieczny” z punktu widzenia władz sowieckich.

Spośród jeńców z Kozielska, Starobielska i Ostaszkowa ocalała grupa 448 osób (według innych źródeł 395). Byli to ci, których przewieziono do utworzonego przez NKWD obozu przejściowego w Pawliszczew Borze, a następnie przetransportowano do Griazowca.

W nocy z 12 na 13 kwietnia 1940 r., a więc w czasie kiedy NKWD mordowało polskich jeńców i więźniów, ich rodziny stały się ofiarami masowej deportacji w głąb ZSRS przeprowadzonej przez władze sowieckie. Decyzję o jej zorganizowaniu Rada Komisarzy Ludowych podjęła 2 marca 1940 r. Według danych NKWD w czasie dokonanej wówczas wywózki zesłano łącznie około 61 tys. osób, głównie do Kazachstanu.

Informację o odkryciu masowych grobów w Katyniu Niemcy podali 13 kwietnia 1943 r. (to dziś symboliczna rocznica zbrodni).

15 kwietnia 1943 r. w odpowiedzi Sowieckie Biuro Informacyjne ogłosiło, że polscy jeńcy byli zatrudnieni na robotach budowlanych na zachód od Smoleńska i „wpadli w ręce niemieckich katów faszystowskich w lecie 1941 r., po wycofaniu się wojsk sowieckich z rejonu Smoleńska”. Komunikat stwierdzał: „Niemieckie zbiry faszystowskie nie cofają się w tej swojej potwornej bredni przed najbardziej łajdackim i podłym kłamstwem, za pomocą którego usiłują ukryć niesłychane zbrodnie, popełnione, jak to teraz widać jasno, przez nich samych”.

Tego samego dnia, rząd RP na uchodźstwie polecił swojemu przedstawicielowi w Szwajcarii zwrócić się do Międzynarodowego Czerwonego Krzyża z prośbą o powołanie komisji do zbadania odkrytych grobów. 17 kwietnia 1943 r. strona polska złożyła w tej sprawie oficjalną notę w Genewie, dowiadując się jednocześnie, iż wcześniej również Niemcy zwrócili się do MCK o wszczęcie dochodzenia.

Działania władz niemieckich zmierzające do sprowokowania konfliktu pomiędzy aliantami miały wywołać wrażenie, że postępowanie Berlina i polskiego rządu są ze sobą koordynowane.

Joseph Goebbels zanotował w swoim dzienniku: „Sprawa Katynia przeradza się w gigantyczną polityczną aferę, która może mieć szerokie reperkusje. Wykorzystujemy ją wszelkimi możliwymi sposobami”.

Moskwa bardzo ostro zareagowała na propozycję dochodzenia prowadzonego przez MCK. 19 kwietnia 1943 r. sowiecki dziennik „Prawda” opublikował artykuł zatytułowany „Polscy pomocnicy Hitlera”. Przeczytać w nim można było m.in.: „Oszczerstwo gwałtownie się szerzy. Zanim wysechł atrament na piórach niemiecko-faszystowskich pismaków, ohydne wymysły Goebbelsa i spółki na temat rzekomego masowego mordu na polskich oficerach dokonanego przez władze sowieckie w 1940 r. zostały podchwycone nie tylko przez wiernych hitlerowskich służalców, ale co dziwniejsze, przez ministerialne kręgi rządu generała Sikorskiego (…) Polscy przywódcy w niewybaczalny sposób poszli na lep chytrej prowokacji Goebbelsa i w rzeczywistości podtrzymali nikczemne kłamstwa i oszczercze wymysły katów narodu polskiego. Wobec tego trudno się dziwić, że Hitler też zwrócił się do Międzynarodowego Czerwonego Krzyża z propozycją przeprowadzenia +dochodzenia+ na miejscu zbrodni, przygotowanej rękoma jego mistrzów w sztuce zabijania”.

Ujawnienie zbrodni przez Niemców posłużyło Sowietom za pretekst do zerwania stosunków dyplomatycznych z rządem polskim w Londynie.

21 kwietnia 1943 r. Stalin wysłał tajne i jednobrzmiące depesze do prezydenta Roosevelta i premiera Churchilla, w których zarzucał rządowi gen. Sikorskiego prowadzenie w zmowie z Hitlerem wrogiej kampanii przeciwko Związkowi Sowieckiemu. „Wszystkie te okoliczności - pisał Stalin - zmuszają Związek Sowiecki do stwierdzenia, że obecny rząd polski () faktycznie zerwał sojusznicze stosunki z ZSRS i zajął pozycję wroga wobec Związku Sowieckiego”.

Formalne zerwanie stosunków dyplomatycznych przez Moskwę z polskim rządem na uchodźstwie nastąpiło w nocy z 25 na 26 kwietnia 1943 r. Był to pierwszy krok sowieckiego dyktatora w kierunku stworzenia własnej marionetkowej ekipy do rządzenia Polską.

W sprawie katyńskiej Polacy nie uzyskali niestety wsparcia ze strony przywódców mocarstw zachodnich, którzy w imię trwałości sojuszu ze Stalinem, okazywali mu pomoc w ukrywaniu prawdy o tej zbrodni.

Wobec zablokowania przez Sowietów przeprowadzenia śledztwa w sprawie katyńskiej przez MCK, Niemcy zorganizowali własne dochodzenie. 28 kwietnia 1943 r. na miejsce zbrodni na zaproszenie władz niemieckich przyjechała grupa międzynarodowych ekspertów medycyny sądowej i kryminologii. Przewodniczącym zespołu został doktor Ferenc Orsos, dyrektor Instytutu Medycyny Sądowej w Budapeszcie. Eksperci jednomyślnie podpisali sprawozdanie, w którym stwierdzali, iż egzekucje na polskich jeńcach wykonano w marcu i kwietniu 1940 r.

Po zajęciu Smoleńska pod koniec września 1943 r. przez Armię Czerwoną władze sowieckie powołały specjalną komisję do przeprowadzenia dochodzenia w sprawie Katynia pod przewodnictwem prof. dr. Nikołaja Burdenki.

24 stycznia 1944 r., po ekshumacji 925 odpowiednio spreparowanych ciał polskich oficerów, wspomniana komisja ogłosiła, że zbrodni na Polakach dokonali Niemcy między wrześniem a grudniem 1941 r.

W 1945 r. w trakcie procesu zbrodniarzy nazistowskich w Norymberdze Sowieci wprowadzili do aktu oskarżenia zarzut odpowiedzialności za zbrodnię katyńską. Trybunał norymberski w wydanym w 1946 r. wyroku pominął jednak sprawę zamordowania polskich oficerów z powodu braku dowodów.

Dr Witold Wasilewski z IPN, oceniając charakter zbrodni katyńskiej, napisał: „Skala represji i zbiorowy profil ofiar, motywy podjęcia decyzji i sposób jej przeprowadzenia - kwalifikują ją do uznania za zbrodnię ludobójstwa. Ofiary łączyła przynależność do elity polskiego społeczeństwa, z tej przyczyny zostały skazane przez komunistów na zagładę, stając się ofiarami klasycznego ludobójstwa, w którym nie konkretne i udowodnione w przewodzie sądowym czyny decydują o śmierci, lecz przynależność do grupy narodowej, etnicznej, rasowej, religijnej, politycznej lub społecznej. W przypadku ofiar zbrodni katyńskiej o ich zagładzie zadecydowało kryterium polskości - fakt, że jeńcy Kozielska, Starobielska i Ostaszkowa byli Polakami. Wyróżnik społeczny (…) był dodatkowym motywem zagłady. Kontekst zbrodni katyńskiej stanowiło wymierzone we wszystkie warstwy społeczne niszczenie polskości na obszarze sowieckiej okupacji, obejmujące m.in. deportację setek tysięcy Polaków w głąb ZSRS w celu etnicznego +wyczyszczenia+ ziem polskich” (W. Wasilewski „Katyń 1940 - sowieckie ludobójstwo na Polakach”, Biuletyn IPN, Nr 1-2 [72-73] 2007).