Na przełomie sierpnia i września 1938 r. kilkakrotnie odwiedził s. Faustynę w szpitalu na Prądniku ks. Michał Sopoćko. Oznajmiła mu wówczas, że pojawią się wielkie trudności z rozpowszechnianiem i uznaniem nabożeństwa do Bożego Miłosierdzia, a nawet Stolica Apostolska wyda dekret zakazujący rozszerzanie tego kultu. Na pożegnanie powiedziała: Do zobaczenia w przyszłym życiu!
Chcąc sprawić umierającej radość, by mogła zakończyć życie w klasztorze, zabrano ją ze szpitala i dnia 17 września 1938 r. przewieziono do Łagiewnik. Doktor Silberg żegnając się ze swą pacjentką poprosił ją o obrazek św. Teresy od Dzieciątka Jezus, który miała cały czas w szpitalu. Zwróciła mu wówczas uwagę, że obrazek od gruźliczki może być zarażony. Ordynator odparł jednak bez namysłu: Święci nie zarażają, a otrzymany obrazeczek zawiesił nad łóżkiem swojego syna.
22 września czując rychłą śmierć s. Faustyna zgodnie ze zwyczajem przeprosiła całe Zgromadzenie za wszystkie swoje słabości i uchybienia. Z głębokim spokojem i ufnością oczekiwała na spotkanie z Panem w wieczności. Siostry były zbudowane jej pogodną postawą, pomimo tak wielu cierpień. Kiedy jedna z sióstr zapytała ją, czy nie boi się śmierci, odpowiedziała z radością: „Nie, nie boję się śmierci, oczekuję śmierci”. W ostatnich rozmowach z przełożoną - s. Ireną powiedziała o sobie, że Pan Jezus chce ją wywyższyć i uczynić świętą, a także, że Zgromadzenie będzie miało przez nią wiele pociechy. Przekazała również Dzienniczek, z prośbą, by trafił on do rąk matki generalnej. S. Irena szanując wolę s. Faustyny nie zaglądnęła do niego, ale oddała bezpośrednio m. Michaeli.
Po raz ostatni ks. Sopoćko odwiedził s. Faustynę 26 września, przyjeżdżając specjalnie z Częstochowy. Nie chciała jednak już z nim rozmawiać. Wyszeptała jedynie: „Przepraszam ojca, jestem teraz zajęta rozmową z Ojcem niebieskim. Co miałam do powiedzenia, już wszystko powiedziałam”. Umierająca zrobiła na kapłanie wrażenie istoty nadziemskiej. Ks. Sopoćko nie miał wtedy najmniejszej wątpliwości, że to, co się znajduje w jej Dzienniczku o Komunii św. udzielanej w szpitalu przez Anioła, odpowiada rzeczywistości.
5 października - w ostatnim dniu swego życia s. Faustyna powiedziała z promienną twarzą: „Dziś mnie Pan Jezus zabierze!”. Doznając wielkich boleści poprosiła o zastrzyk uśmierzający, ale po chwili zastanowienia zrezygnowała z niego, uważając, iż Chrystus domaga się od niej tej ofiary. Po raz ostatni wyspowiadała się u ks. Andrasza i cichutko oczekiwała na śmierć. O godzinie dwudziestej pierwszej kapelan - ks. Teodor Czaputa wraz z siostrami odmówili przy jej łożu modlitwy za konających, po czym rozeszli się. Kwadrans przed godziną dwudziestą trzecią nastąpił koniec ziemskiego życia Apostołki Bożego Miłosierdzia. W jej celi były s. Liguoria i s. Eufemia, które wspominały, że w chwili śmierci s. Faustyna wzniosła oczy w górę - trochę się uśmiechnęła, a potem skłoniła głowę - i bez żadnych widocznych boleści skończyła życie.

O Jezu mój, niechaj ostatnie dni wygnania będą całkowicie według Twej najświętszej woli. Łączę swoje cierpienia, gorycze i samo konanie z męką Twoją świętą i ofiaruję się za świat cały, aby uprosić obfitość miłosierdzia Bożego dla dusz, a szczególnie dla dusz, które są w domach naszych. Ufam mocno i zdaję się całkowicie na wolę Twoją świętą, która jest miłosierdziem samym. Miłosierdzie Twoje będzie mi wszystkim w tej ostatniej godzinie - jakoś mi sam przyobiecał (Dz. 1574).