Kiedy w latach 80. władze wydały pozwolenie na budowę kościoła św. Maksymiliana, a co za tym idzie, na utworzenie pierwszej parafii, obejmującej toruńskie Rubinkowo II i III, nikt nie liczył na kolejny tego typu gest. Sądzono, że opieką duszpasterską trzeba będzie objąć kilkadziesiąt tysięcy mieszkańców największej toruńskiej „sypialni”, więc zaprojektowano odpowiednio dużą świątynię. Zmiany ustrojowe po 1989 r. otworzyły jednak możliwość budowy kolejnych kościołów i tworzenia mniejszych parafii - takich, w których można zapewnić lepszy kontakt duszpasterzy z wiernymi. Kierując się taką właśnie troską, ordynariusz toruński bp Andrzej Suski 31 sierpnia 1999 r. wydał dekret ustanawiający dwie parafie: na Podgórzu i na Rubinkowie III. Na ich patronów wybrano postacie związane z naszą diecezją: bł. ks. Stefana Wincentego Frelichowskiego i bł. Marię Karłowską. Dekret wszedł w życie 8 września 1999 r., w święto Narodzenia Najświętszej Maryi Panny.
Parafia bł. Marii Karłowskiej została wydzielona z parafii św. Maksymiliana Kolbego i objęła część osiedla Rubinkowo III. Jako miejsce budowy kościoła wybrano teren na skraju lasu, do którego przylega osiedle.
- Już na samym początku stanęły przede mną duże wyzwania - wspomina proboszcz ks. Andrzej Ziegert. - Okazało się, że konieczne będą zasadnicze zmiany w miejscowym planie zagospodarowania przestrzennego. Opierając się na decyzji ministra ochrony środowiska, pracownia urbanistyczna dokonała odpowiednich korekt. Po opracowaniu dokumentacji, Rada Miasta Torunia uchwałą z 8 czerwca 2000 r. zmieniła status gruntu z leśnego na budowlany, co wkrótce zatwierdził wojewoda kujawsko-pomorski. Po opublikowaniu jego decyzji w Dzienniku Ustaw województwa, można było wystąpić o określenie warunków zabudowy. W tym samym czasie przygotowywano projekt budowlany. Starania te zajęły łącznie prawie 3 lata.
Przez czas ten korzystaliśmy z gościnności macierzystej parafii św. Maksymiliana i jej proboszcza, ks. prał. Andrzeja Klempa. Nabożeństwa odbywały się w dolnej kaplicy. - A plebania? - uśmiecha się ks. Andrzej. - Do dziś wraz z moją „prawą ręką”, wikariuszem ks. Józefem Cierkowskim, mieszkamy w wynajętym mieszkaniu na osiedlu. Na szczęście wiele wskazuje na to, że jesienią tego roku będziemy mogli przeprowadzić się do domu duszpasterskiego, wzniesionego na placu budowy.
Ale wróćmy do chronologii. Wiosną 2001 r. uzyskaliśmy pozwolenie na wycięcie drzew. W Wielkanoc bp Józef Szamocki poświęcił ołtarz polowy oraz plac budowy i od tej pory tam właśnie, pod gołym niebem, w przepięknej leśnej scenerii sprawowaliśmy Msze św. niedzielne. Parafianie do dziś wspominają pierwsze Pasterki: przy ognisku, przy 19-stopniowym mrozie…
Prace budowlane rozpoczęliśmy 2 lipca 2002 r. Dotąd udało się wybudować kaplicę z domem duszpasterskim. Kaplica, poświęcona przez bp. Andrzeja Suskiego 8 września 2003 r., pozwoliła nam przenieść wszystkie nabożeństwa do parafii. W przyszłości będzie służyła potrzebom działających tu grup: planujemy utworzenie świetlicy środowiskowej, biblioteki, jedno z pomieszczeń przeznaczymy na dużą salę spotkań, inne - na siłownię dla młodzieży, na sale dla chóru i scholi parafialnej. Wszystko wskazuje na to, że w domu duszpasterskim zamieszkają również siostry pasterki - duchowe córki bł. Marii Karłowskiej, które będą pomagały w pracy duszpasterskiej w parafii.
Mam niecałe 6 tys. parafian - mówi ks. Andrzej. - W ciągu 7 lat ubyło ok. 500 osób, co ilustruje zauważalną w Toruniu ogólną tendencję do osiedlania się poza miastem. W niedzielę odprawiamy 6 Mszy św., w dni powszednie - 2. Bierze w nich udział ok. 1500-1700 osób, czyli nieco ponad 1/4 wiernych. Odpowiada to mniej więcej wskaźnikom toruńskim. W parafii istnieją 3 Kręgi Domowego Kościoła, zespół charytatywny, zaś w Szkole Podstawowej nr 32 funkcjonuje Szkolne Koło Caritas. Pani Dobrosława Baczyńska, organistka, studentka Akademii Muzycznej, prowadzi scholę dziecięcą. Trwają starania, by powołać oddział Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży.
Osobno należy wspomnieć o naszej posłudze duszpasterskiej w położonym po sąsiedzku Wojewódzkim Szpitalu Dziecięcym. Co drugi dzień odwiedzamy pacjentów z Komunią św., zaś w sobotni wieczór sprawujemy świąteczną Eucharystię.
Chociaż parafia należy do najmłodszych w diecezji, to może się już poszczycić własnymi powołaniami. Mamy jednego kapłana wywodzącego się spośród nas - ks. Marcina Zielińskiego, a także dwie siostry karmelitanki: s. Ignis i s. Gerardę, oraz dwóch kleryków w zgromadzeniach zakonnych: u franciszkanów i oblatów.
Pytam Księdza Andrzeja o drogę do kapłaństwa. - Pochodzę z miejscowości Łapino, położonej ok. 20 km od Gdańska. Moja droga do kapłaństwa zaczęła się od służby ministranckiej. Do kościoła parafialnego miałem 5 km i dopiero po wielu staraniach, kiedy byłem już w piątej klasie, mój proboszcz ks. kan. Alojzy Weltrowski zgodził się, bym został ministrantem. To tam, w bliskości ołtarza, zrodziło się moje powołanie kapłańskie. Pamiętam też słowa pewnego ojca rekolekcjonisty, który przybył do naszej parafii głosić nauki. Zobaczywszy oczekujących na jego przyjazd ministrantów, przyjrzał się naszej grupce, w końcu jego wzrok spoczął na mnie i usłyszałem: A ty będziesz księdzem! Skąd on to wiedział? W 1980 r. wstąpiłem do Wyższego Seminarium Duchownego w Pelplinie i tam 6 lat później przyjąłem święcenia. Pracowałem jako wikariusz przez 8 lat w parafii w Grucie, a potem przez 5 lat w parafii Chrystusa Króla w Toruniu. Tutaj zastała mnie decyzja Księdza Biskupa o mianowaniu mnie proboszczem nowej toruńskiej parafii.
Wkrótce czeka nas konkurs na wykonanie projektu kościoła. Choć udało nam się już niemało osiągnąć, to przecież znacznie więcej zadań ciągle jeszcze stoi przed nami. Dalsze prace zawierzamy wstawiennictwu naszej patronki bł. Matki Karłowskiej. Od 7 listopada 2004 r., czyli od dnia, kiedy do kaplicy zostały wprowadzone jej relikwie, jest ona jeszcze bardziej obecna wśród nas. To ona wskazuje nam, w jakim stylu mamy prowadzić duszpasterstwo: na wzór Dobrego Pasterza. Niedawno Papież Benedykt XVI powiedział, że dobrego pasterza można poznać po tym, że oddaje on swoje życie za owce, zna je i one go znają; służy jedności. Papież podkreślił też, że „pasterz nie może zadowalać się znajomością imion i dat, gdyż jego wiedza musi być zawsze wiedzą serca” - wyznaje na zakończenie Ksiądz Andrzej.