Benedykt XVI, przemawiając 27 maja br. do rzesz młodzieży zgromadzonych na Błoniach Krakowskich, postawił pytanie: „Co to znaczy budować na skale?” i dał odpowiedź: „Budować na skale to także budować na Piotrze i z Piotrem. Przecież to do niego Pan powiedział: «Ty jesteś Piotr, czyli Skała, i na tej Skale zbuduję Kościół mój, a bramy piekielne go nie przemogą»”. Nasza Uczelnia była budowana „na Piotrze i z Piotrem”, bo już w roku 1397 królowie polscy Jadwiga i Władysław Jagiełło zwrócili się do papieża Bonifacego IX o erygowanie Wydziału Teologicznego, a „Piotr tamtych czasów” wyraził na to zgodę. Zaś „Piotr naszych czasów” - Jan Paweł II rozbudował ten dom, znacznie go powiększył i nadał mu nowy kształt. (…)
Świadomi przeogromnego wkładu Jana Pawła II w istnienie i rozwój naszej Uczelni, chcemy spłacać dług wdzięczności. Jan Paweł II do końca życia był obecny z nami (...). Jeszcze parę miesięcy przed śmiercią napisał: „Cieszę się, że krakowska Akademia na stałe wpisała się w uniwersytecki pejzaż Krakowa, że wciąż się rozwija, wydając nowe zastępy magistrów, doktorów i profesorów. Wiem, że staje się coraz prężniejszym środowiskiem naukowym, do którego ściągają studenci nie tylko z Polski, ale także z krajów ościennych”.
Spłacając dług wdzięczności, czynimy usilne starania o przekształcenie naszej Akademii w Papieski Uniwersytet Jana Pawła II. Taka była jego wola - niejako testament - i dlatego nie wolno nam tej sprawy zaniedbać. Chcemy postawić słudze Bożemu Janowi Pawłowi II żywy pomnik wdzięczności (...). Naszym staraniom patronuje i przewodzi kard. Stanisław Dziwisz. (...) 11 stycznia br., podczas promocji doktorskich w katedrze na Wawelu powiedział: „Stojąc dziś przy ołtarzu Chrystusa, pragniemy wszystkie sprawy Papieskiej Akademii Teologicznej, a w przyszłości Uniwersytetu Jana Pawła II, powierzyć Miłosiernemu Bogu, prosząc o Jego błogosławieństwo dla wszystkich profesorów i studentów”. (…)
Papieska Akademia - nasz dom, to przede wszystkim ludzie - wspólnota akademicka. (…) Współmieszkańcami tego domu (...) są studenci. Oni są najważniejsi, oni są naszą radością i nadzieją. Witamy ich w naszym domu bardzo serdecznie...
Inny wymiar obecności w naszym domu mają zmarli pracownicy Akademii. To prawda o świętych obcowaniu głosi ich współobecność z nami. Z naszego grona w ubiegłym roku odeszli do Pana: bp Stanisław Smoleński, o. prof. Augustyn Jankowski OSB, ks. dr hab. Marcin Łobozek OH i ks. prof. Ludwik Piechnik SJ. (…)
Mimo różnych trudności, świadomi wielkich zadań, ufni w pomoc Bożą, Matki Najświętszej, naszych świętych Patronów i sługi Bożego Jana Pawła II, idziemy z wiarą w nowy rok akademicki. Na tej drodze wszystkim życzę błogosławieństwa Bożego, zdrowia i sukcesów. (...) „Quod bonum, felix, faustum, fortunatumque sit”.

Z przemówienia rektora PAT - ks. prof. dr. hab. Jana M. Dyducha na inauguracji nowego roku akademickiego