12 marca 1966 r. kard. Stefan Wyszyński wystosował, zgodnie z przyjętymi na lutowym posiedzeniu Głównej Episkopatu postanowieniami, list do Władysława Gomułki, I Sekretarza KC PZPR. Jak podkreślił sam Prymas Tysiąclecia, dokument jest bardzo długi. Stąd też nie będę go cytował w całości, pozostając tylko przy jego obszernych fragmentach. Prymas Polski pisał w nim m.in.:

List ten spowodowany jest zainteresowaniem, jakie Pan Sekretarz okazał korespondencji biskupów polskich z Episkopatami świata, a szczególnie listem do Episkopatu niemieckiego, z okazji Tysiąclecia Chrztu Polski. Miałem zamiar skierować swój list do Pana wcześniej, ale czekałem aż prasa krajowa przybierze ton spokojniejszy, bo nie chcę działać pod naciskiem, by mój list zachował możliwy dla człowieka obiektywizm.

Pragnę przede wszystkim podziękować za to, że Pan Sekretarz odsunął zarzuty, jakie prasa i niektórzy referenci na zebraniach nam stawiali, jakoby biskupi poddawali w wątpliwość granicę Polski na Zachodzie. Tym stanowiskiem swoim ułatwił nam Pan obronę naszych praw do słusznej oceny naszego postępowania. Był to zarzut dla nas bardzo bolesny i niezgodny z powszechnie znanym stanowiskiem, jakie wszyscy biskupi bez wyjątku zajmują od początku. W licznych przemówieniach swoich, wygłaszanych we Wrocławiu, Fromborku, Malborku czy Szczecinie, od chwili, gdy zacząłem pełnić obowiązki Prymasa Polski, dałem wyraz niezmiennemu swojemu stanowisku, które dobrze znane jest za granicą, a które ściągnęło na mnie ataki niektórych odłamów prasy niemieckiej. Sądzę, że te liczne wypowiedzi moje, wielu innych biskupów i konstruktywna praca nasza na Ziemiach Zachodnich wystarczają do obrony Episkopatu Polski przed zarzutem, który tak uporczywie powtarzany jest w prasie i rezolucjach, a nawet wkładany w usta dzieci i młodzieży szkolnej.

Przyjmując sprostowanie, uczynione przez Pana Sekretarza, 14 lutego 1966 r., jednocześnie pragnę podać kilka niezbędnych dla całości sprawy wyjaśnień. Pomimo odwołania głównego zarzutu "zdrady", przechodzi on nadal przez prasę; widziałem tak krzywdzący wyraz na drzwiach domu biskupiego w Przemyślu, w Częstochowie i in.

Do dziś dnia prasa nie ustaje w swych atakach na biskupów polskich, tworząc coraz nowe zarzuty, co szczególnie koncentruje się na mnie. Czegóż to mi nie zarzucano? Ostatnio w "Trybunie Ludu" ( 19 lutego 66 r.) nieznany autor tak zreferował treść redagowanych przeze mnie przed wojną roczników pisma naukowego "Ateneum Kapłańskie", że uczynił ze mnie zwolennika hitleryzmu. Nawiasem dodam, że w czasie wojny byłem imiennie poszukiwany przez gestapo, z powodu artykułów " antyhitlerowskich", ogłaszanych w "Ateneum". Niedawno zarzucano biskupom, ni mniej ni więcej, tylko pobieranie sum od Konferencji w Fuldzie, chociaż prawdą jest, że żadne sumy stamtąd od Episkopatu w Polsce nie przychodzą "na utrzymanie jego egzystencji (...)".

W dalszej części tego listu kard. Stefan Wyszyński komentował najczęściej powtarzane zarzuty. Wyjaśnił, że prof. Oskar Halecki został zaproszony do wygłoszenia odczytu w ramach rzymskich obchodów Milenium Chrztu Polski, dlatego że w kołach rzymskich cieszy się opinią człowieka o wysokiej kulturze duchowej i naukowej. Kard. Stefan Wyszyński podał jeszcze jeden powód takiej decyzji Episkopatu:

Nie mogliśmy powierzyć odczytu na Akademii w Rzymie żadnemu historykowi w kraju, gdyż nie ma pewności, czy dostałby paszport. Obawa całkowicie uzasadniona, na moim przykładzie.

Potem rozprawił się z zarzutem, jakoby kierował Polskę na Zachód. Prymas Tysiąclecia podkreślił, że zbyt bardzo szanuje swój naród, by miał go kierować gdziekolwiek. Natomiast nie można zaprzeczać faktom, że cała historia dziesięciu wieków istnienia państwa polskiego wywodzi się i jest ściśle związana z kulturą łacińsko-rzymską, a więc kulturą zachodnią. Stąd też w okresie Milenium, w swoich przemówieniach musiał często odwoływać się do tej tradycji. Ponadto każdy obywatel, pisał Ksiądz Prymas, ma prawo do wolności światopoglądowej (w tym mieści się wybór takiej a nie innej kultury) i politycznej (wybór orientacji politycznej).

W kolejnych dwóch częściach zabrał głos w sprawie zarzutów, że biskupi polscy wysłali list do Episkopatów świata bez porozumienia z Rządem i w ten sposób weszli w jego kompetencje oraz nie przesłali tekstów listów do władz. Kard. Wyszyński przypomniał, że listy były pisane przez biskupów do biskupów, a nie do ministrów spraw zagranicznych, czy do przedstawicielstw, uprawnionych do działań zobowiązujących. Była to, i taka była intencja, wymiana myśli pomiędzy biskupami. Zdziwienie Prymasa Polski wywołał zarzut o niedostarczeniu treści listów do Rządu. Pisze więc, że do tej pory nigdy nie stawiano takiego żądania, nawet w Porozumieniu. Ponadto postulat taki jest niezgodny z Konstytucją, która gwarantuje wolność korespondencji.

Ten moment Ksiądz Prymas wykorzystał do osobistej skargi:

To prawo w stosunku do mnie jest stale naruszane, gdyż wszystkie listy do mnie skierowane są otwierane, a mnóstwo listów i depesz wprost mi nie doręczono.

Z kolei kard. Stefan Wyszyński przedstawił Gomułce echa listów. Podkreślił przede wszystkim, że prawie wszędzie dobrze odczytano intencje autorów - polskich biskupów jako listy o charakterze religijnym i milenijnym. Ksiądz Prymas nie powiedział tego wprost, ale przecież łatwo wyczuć w tym miejscu żal, że gdzie jak gdzie, ale w Polsce nie powinno być problemów z odczytaniem zamiarów polskich biskupów. Podobnie było także z odczytaniem treści listów. W listach do Prymasa Tysiąclecia i artykułach publikowanych w prasie zachodniej (wyłączywszy rewizjonistyczną) podkreślano, że list (...) do biskupów niemieckich jest potwierdzeniem znanego stanowiska biskupów polskich, zajętego ostatnio w Olsztynie i Wrocławiu. Widać tu zgodność stanowiska Episkopatu i Rządu w sprawie granicy Polski na Zachodzie. I znowu gdzieś jest tu nie wyrażony w słowach żal, iż wszędzie to widzą tylko nie w Polsce.

W świetle niewątpliwego przysłużenia się biskupów polskich dobrej opinii Polski w całym świecie kard. Stefan Wyszyński ocenił działania Rządu:

Szkodliwość tej akcji dla Polaków nabrała jeszcze ostrzejszych wymiarów, gdy Szef Gabinetu premiera ogłosił swój komunikat, usiłując uzasadnić odmowę paszportu Prymasowi na uroczystości milenijne w Rzymie. Argumenty zawarte w tym komunikacie są tak szokujące, że współczesny człowiek, który coraz bardziej uważa cały glob i przestworza za swoją ojczyznę (por. Encyklika Jana XXIII "Pacem in terris"), nie może tego zrozumieć.

Na tle polemiki w sprawie milenijnych listów kard. Stefan Wyszyński poczynił jeszcze trzy spostrzeżenia.

Pierwsze dotyczyło monopolu opinii środków społecznego przekazu, cenzury prewencyjnej. O szkodach wyrządzanych w ten sposób nie tylko Polakom, ale także Rządowi Ksiądz Prymas pisał, ilustrując problem doniesieniami z Soboru Watykańskiego II. Następne dotyczyło taktyki upatrywania wszędzie wrogów PRL, wmawiania w ludzi wrogości i mnożenie takich wrogów.

W końcu przedstawił sprawę Ziem Zachodnich tak, jak jest widziana przez Kościół niemiecki. W tym miejscu pisał m.in.:

Według życzliwych wyjaśnień kard. Doafnera z Monachium Niemcy nie są podatni na argumenty historyczne, którymi uzasadniamy nasze prawa do Ziem Zachodnich. Natomiast - co Kardynał z naciskiem podkreślił - są wrażliwi na argumenty: 1) że Niemcy wyrządziły wielką krzywdę Polsce w czasie wojny; 2) że Ziemie Zachodnie dla Polski to sprawa być albo nie być naszej państwowości. - Wyjaśnienia te pochodzą od człowieka, który jest bardzo Polsce życzliwy, przekazuję do wiadomości Pana Sekretarza.

Na zakończenie Prymas Tysiąclecia napisał:

Sądzę, że największą korzyścią - obok wartości religijnych - z wymiany listów między biskupami polskimi i niemieckimi jest to, że biskupi polscy spowodowali przyznanie się do win popełnionych przez naród niemiecki wobec narodu polskiego. Jest to niełatwa spowiedź dla Niemców, a jednak miała miejsce, szeroko się rozeszła po świecie, i była przyjęta z nadzieją przez ludzi zabiegających o utrzymanie pokoju światowego.