Zwołujący ostatni Sobór św. Jan XXIII nie wyznaczył pod obrady żadnego konkretnego tematu, lecz zaprosił biskupów z całego świata do przedłożenia Stolicy Apostolskiej swych priorytetów. Dla przyszłych zaś ojców soborowych poszukiwanie całościowej wizji Kościoła zdawało się najpilniejszym zadaniem, jakie należało podjąć. Wspominający tamte czasy Joseph Ratzinger przywołuje postać sędziwego biskupa Ratyzbony Buchbergera, który na przedsoborowym zebraniu Konferencji Episkopatu Niemiec, miał powiedzieć następujące zdanie: „Na Soborze musicie mówić przede wszystkim o Bogu”.

W dzisiejszym kryzysie, który dotknął Kościół, można dostrzec kryzys Boga. Tymczasem Sobór Watykański II chciał swoją naukę o Kościele włączyć w naukę o Bogu i tej nauce całkowicie przyporządkować. Sobór zamierzał przedstawić eklezjologię w dosłownym tego słowa znaczeniu „teologiczną”.

Sobór uczy, że „Kościół jest prawdziwie obecny we wszystkich prawowitych miejscowych zrzeszeniach wiernych, które trwając przy swoich pasterzach..., nazywane są Kościołami” (KK 2). Tak więc aby jakaś gmina była Kościołem, musi być „prawowita”, by zaś była prawowita, musi „trwać przy swoich pasterzach”. Oznacza to, że żadna grupa ludzi nie może sama stać się Kościołem. Nikt nie może sam się ochrzcić oraz przyjąć innych sakramentów. Kościoła nie można „zrobić”, można go tylko otrzymać, stamtąd gdzie on już istnieje, z sakramentalnej wspólnoty Ciała Chrystusowego, przenikającego przez dzieje świata. Termin communio, którym jakiś czas po Soborze zaczęto określać Kościół, ma obok wymiaru eklezjologicznego także wymiar sakramentalny, który wyraźnie dochodzi do głosu w Pierwszym Liście św. Pawła do Koryntian: „Kielich błogosławieństwa, który błogosławimy, czyż nie jest udziałem (tzn. communio) we Krwi Chrystusa? Chleb, który łamiemy, czyż nie jest udziałem (communio) w Ciele Chrystusa? Ponieważ jeden jest chleb, przeto my, liczni, tworzymy jedno ciało” (1 Kor 10,16-17).

Chrztu, przez który zostajemy włączeni w communio z Chrystusem, nie przyjmujemy od Kościoła lokalnego, ale powszechnego. W chrzcie Kościół powszechny zawsze wyprzedza Kościół lokalny i tworzy go. Podobnie Eucharystia nie powstaje z Kościoła lokalnego. W każdym Kościele lokalnym biskup miejsca reprezentuje jeden, święty powszechny i apostolski Kościół. Jeśli więc gromadzimy się w niedzielę na Eucharystii jako prawowita wspólnota, w naszym zgromadzeniu jest obecny Kościół katolicki (powszechny), który jest Ciałem Chrystusa („przeto my, liczni, tworzymy jedno ciało”) i dlatego też jest święty.

W pierwszej fazie po Soborze dominującym pojęciem na określenie Kościoła powszechnego było pojęcie „Ludu Bożego”. Wyraża ono fundamentalną równość wszystkich ochrzczonych. Błędem jest natomiast mówienie o tym, jakoby „lud Boży”, rozumiany w sensie socjologicznym, musiał odgrywać jakąś dominującą rolę, tak jak to ma miejsce w demokracji. Według Ratzingera, umieszczanie „ludu Bożego” na jednej płaszczyźnie z pojęciami takimi, jak: „lud francuski” czy też „lud niemiecki” jest nie tylko mylące, ale stanowi wręcz uzurpację. Jakie więc jest, zgodne z Soborem, rozumienie tego terminu? Sformułowanie „lud Boży” mówi o pokrewieństwie z Bogiem, o relacji do Boga i o związku między Nim a społecznością określaną tym mianem. Patrząc czysto empirycznie, trzeba powiedzieć, że żaden lud nie jest „ludem Bożym”. Starożytny Izrael jest określany tym terminem tylko wtedy, jeśli jest zwrócony ku Panu, a nie sam w sobie. Także chrześcijanie nie są, tak po prostu, Ludem Bożym. Jesteśmy Ludem Bożym tylko dlatego, że „wywodzimy się z ukrzyżowanego i zmartwychwstałego Ciała Chrystusa”. Stajemy się nim tylko w żywej relacji z Chrystusem i tylko w tym kontekście ma to sens. Sobór ukazał pięknie tą zależność, łącząc kategorię Kościoła jako „ludu Bożego” z kategorią Kościoła jako sakramentu. Wierność Soborowi wymaga zachowania obu wyżej wymienionych pojęć, tj. Kościoła: jako sakramentu i jako Ludu Bożego.

Słowo hierarchia (źródło wielu medialnych nieporozumień), zdaniem Papieża Seniora, nie powinno być rozumiane jako „święte panowanie” (np. tak jak oligarchia – rządy oligarchów) ale jako „święte źródło”. W Księdze Rodzaju czytamy: „Na początku Bóg stworzył niebo i ziemię” (gr. en arche – Rdz 1,1). Tak jak Bóg jest źródłem wszelkiego stworzenia z zasady, tak jest On nieustannie źródłem Kościoła. Dlatego inaczej trzeba widzieć także istotę kapłaństwa. Kapłaństwo nie jest klasą panującą, która w Kościele forsuje surową dyscyplinę, lecz więzią Kościoła z Panem przez sakramenty – bo bez kapłaństwa nie ma sakramentów, a bez sakramentów nie ma Kościoła. Ostatecznie więc Kościół powszechny, w który wierzymy jest sakramentalną komunią Boga z ludźmi, której założycielem i głową nie jest ani papież z biskupami i księżmi, ani też jakaś demokratyczna wspólnota, ale Jezus Chrystus.