Na początku Eucharystii kanclerz łódzkiej Kurii ks. Andrzej Dąbrowski przeczytał list Papieża Jana Pawła II, skierowany do metropolity łódzkiego abp. Władysława Ziółka. „Wiadomość o śmierci bp. Bohdana Bejze napełniła mnie żalem, choć głęboko wierzę, że Bóg w swoim miłosierdziu przyjął go do swojej chwały - napisał Papież. - Znałem go od dawna, jeszcze z czasów, gdy wykładałem na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Zawsze ceniłem jego wiedzę i wrażliwość, z jaką ją przekazywał kolejnym pokoleniom studentów. Tą duszpasterską wrażliwością odznaczał się także jako biskup pomocniczy w Łodzi. Potem dotknęła go choroba, która uniemożliwiła skuteczne spełnianie biskupiej posługi. Przyjmował ją jednak z godnością, oddaniem i wdzięcznością wobec wszystkich, którzy nie opuszczali go w tym trudnym doświadczeniu” - przypomniał Ojciec Święty. Odczytano też listy Prymasa Polski i Przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski.
Homilię o bardzo osobistym charakterze wygłosił bp Bronisław Dembowski. Przypomniał w niej swoje pierwsze spotkania z bp. Bejze, wspólne działania na polu nauki. „Jakże wiele zawdzięczam Tobie, Bohdanie, i tym rozmowom. Zwłaszcza, gdy zacząłeś pracować w ATK. Wtedy spotykaliśmy się najczęściej - mówił bp Dembowski. Byliśmy - jego przyjaciele i koledzy - bardzo z niego dumni. I cieszyliśmy się jego udziałem w pracach Soboru Watykańskiego II - przypominał Biskup-senior włocławski. - Niech ostatnimi słowami będzie hasło bp. Bohdana. Ono jest programem nie tylko dla niego, ale powinno w pewnym sensie być programem i naszego życia. «Dla chwały Bożej i pokoju na ziemi»”.
Biskupa Bejze pożegnał też w specjalnym słowie Nuncjusz Apostolski w Polsce abp Józef Kowalczyk. Żegnali go również przedstawiciele jego macierzystej uczelni - Akademii Teologii Katolickiej (obecnie UKSW) oraz prezydenci Łodzi oraz Pabianic.
Po Mszy św. ciało śp. bp. Bejze zostało złożone w krypcie Kapituły Archikatedralnej na Starym Cmentarzu św. Józefa w Łodzi.