Placówka powstała z inicjatywy proboszcza parafii katedralnej, ks. kan. Marka Rumińskiego, przy współudziale niemieckiej Fundacji „Renovabis”, działającej przy Episkopacie Niemiec i niosącej pomoc Kościołowi katolickiemu Europy Środkowej.
Niefortunne okoliczności sprawiły, że gospodarz spotkania - ks. Marek Rumiński nie mógł uczestniczyć w tej ważnej dla niego uroczystości, ponieważ uległ wypadkowi i w tym czasie przebywał w szpitalu. Pod jego adresem padło jednak wiele ciepłych słów i wyrażono uznanie za zrealizowanie planów i doprowadzenie dzieła do finału. Odczytano list Księdza Proboszcza, skierowany do gości biorących udział w spotkaniu, w którym powołał się on na przesłanie pozostawione nam przez Ojca Świętego Jana Pawła II, wzywające m. in. do tego, by ludzie nauki, kultury i sztuki integrowali się w strukturach jednoczącej się Europy. Ks. Rumiński wyraził pragnienie, aby Piwnica pod Świętymi Janami służyła zarówno umacnianiu więzi parafialnej, miejskiej, także międzynarodowej - europejskiej, jak i edukacji oraz promowaniu wartości chrześcijańskich wszystkich grup wiekowych. W ramach działalności Piwnicy mają odbywać się koncerty muzyki kameralnej, wystawy, projekcje filmów, warsztaty artystyczne dla dzieci, także spotkania formacyjne i rodzinne; ma być to również miejsce czytania prasy. Ksiądz Proboszcz, czerpiąc ze swego ponad 10-letniego doświadczenia duszpasterskiego w Niemczech oraz współpracując z Ośrodkiem Duszpasterstwa Zagranicznego Diecezji Toruńskiej, zakłada możliwość spotkań z udziałem zagranicznych grup pielgrzymkowych, w tym sprawowanie niemieckojęzycznej Mszy św., odprawianej w bazylice katedralnej, a także organizowanie spotkań z cyklu „Wschód - Zachód”, które w oparciu o odwołanie się do wspólnych korzeni chrześcijańskiej Europy, przyczynią się do umocnienia więzi między wspólnotami zjednoczonej Europy.
Biskup toruński Andrzej Suski serdecznie powitał zebranych gości, w tym Konsula Generalnego RFN w Gdańsku - Detlofa-Wilhelma von Berg oraz prezesa Fundacji „Renovabis” z Freisingu - dr. Gerharda Alberta, jak również przedstawicieli władz samorządowych, miejskich i konserwatorskich. Podziękował za pomoc sponsorom oraz tym wszystkim, dzięki którym podjęte prace umożliwiły otwarcie nowego ośrodka kultury. Podkreślił w nich udział naszych sąsiadów z Zachodu, którzy wcześniej udzielili swojej pomocy m.in. przy powołaniu do życia Centrum Dialogu Społecznego. Odnosząc się do tej współpracy, Ksiądz Biskup powiedział: „Toruń jest miastem dialogu, ma to wpisane w swoją tradycję”. Wyraził też nadzieję na „budowę nowych mostów przyjaźni i relacji międzyludzkich”, byśmy mogli w tym duchu prowadzić rozmowy dla dobra wspólnego Kościoła. „Dzięki takim inicjatywom nie mówimy już o pojednaniu, lecz o współpracy” - skonstatował bp A. Suski.
Zbigniew Fiderewicz, zastępca prezydenta miasta Torunia, wskazał na potrzebę powoływania tego typu ośrodków w naszym mieście, zwłaszcza dla dzieci i młodzieży. W imieniu władz miasta ofiarował placówce wykonany techniką akwarelową obraz, przedstawiający panoramę Torunia. Piwnica otrzymała też w darze od sponsorów współczesny witraż.
Ważne i znaczące słowa padły ze strony niemieckich gości, przybyłych do Torunia na tę uroczystość. Konsul Generalny z naciskiem zaznaczył, że dostrzega, ile Polska może dać Niemcom w sferze ducha i religii. Nazwał nasz kraj „wyspą żywej wiary”, której społeczeństwo, zwłaszcza w odniesieniu do ostatnich przeżyć związanych z odejściem Pasterza Kościoła powszechnego, naszego Rodaka, pokazało, jak silny może być naród w swojej wierze. Wyraził też nadzieję, że przesłanie Jana Pawła II pociągnie społeczeństwo niemieckie, szczególnie jego młodzież, która „budzi się w poszukiwaniu wyższych wartości”.
Także wypowiedź dr. Gerharda Alberta z „Renovabis” była wielce wymowna. Fundacja, powołana w 1994 r., której nazwa pochodzi od pierwszego słowa Psalmu „Odnawiam oblicze ziemi”, służy pogłębianiu współpracy i przyjaźni polsko-niemieckiej oraz ma przybliżać Niemcom kulturę i religię narodu, któremu - jak powiedział dr Albert - „przysporzyliśmy wiele cierpień w przeszłości”. Usłyszeliśmy też słowa wdzięczności, wypowiedziane w imieniu narodu niemieckiego, za pontyfikat Jana Pawła II, za wytrwałe dążenie Karola Wojtyły do pojednania, począwszy od momentu, gdy był on jednym ze współautorów Listu Biskupów Polskich, skierowanego do Episkopatu Niemiec w 1965 r. (padły wówczas słynne słowa „Przebaczamy i prosimy o przebaczenie”...). Prezes „Renovabis” przypomniał też wystąpienie kard. Wojtyły w 1978 r. w Kolonii, gdzie apelował o wzajemne zbliżenie, poznanie i czerpanie ze skarbnicy wiary i kultury, która jest naszym wspólnym dziedzictwem.
Nasi goście z Niemiec nie wiedzieli jeszcze wówczas, że za parę dni nowym papieżem Benedyktem XVI zostanie ich rodak, kard. Joseph Ratzinger, który niewątpliwie podczas swego pontyfikatu odegra znaczącą rolę w rozwoju duchowości narodu niemieckiego.
Dalsza część uroczystości odbyła się przy ul. Żeglarskiej 16. Po odsłonięciu tablicy pamiątkowej na zewnątrz budynku, nowo otwartą Piwnicę pod Świętymi Janami poświęcił bp Andrzej Suski. Są to dwa pomieszczenia, gdzie w nowoczesny sposób zaadaptowano wnętrze, nie rezygnując jednak z wyeksponowania gotyckich zrębów kamienicy (sklepienia i lica ścian ze średniowieczną cegłą). Prace remontowe trwały 9 miesięcy; „tyle czasu, ile potrzeba na narodzenie się nowego dzieła” - żartowała inż. arch. Lucyna Czyżniewska, pełniąca nadzór konserwatorski nad pracami przy obiekcie. Jak wspomina, Piwnica znajdowała się wcześniej w opłakanym stanie; zasypana mokrą ziemią, zawalona betonowymi płytami, z siatką wiszących na wierzchu instalacji elektrycznych i kanalizacyjnych.
Powstało miłe, estetyczne wnętrze, posiadające swoją atmosferę. Jego ściany ozdobiono malowanymi na desce wizerunkami świętych. Są to zaplecki zdekompletowanych stall katedralnych, które przywróciła do życia konserwator Anna Bystroń-Kwiatkowska. Dwaj patroni Piwnicy: św. Jan Chrzciciel i św. Jan Ewangelista strzegą wnętrza, spoglądając z pięknego witraża, wykonanego w znanej z dobrej tradycji pracowni Józefa Kozioła.